В конце 1680-х годов, Петр, высокий, здоровый, своевольный и весьма умный молодой человек, становится важной и активной личностью в политической ситуации. В январе 1689 года он женился на Евдокии Лопухиной, молодой дворянке, которая была выбрана для него его матерью и к которой ок никогда не питал никакой привязанности. Он начал выказывать наконец неустойчивый интерес к делам государства и в 1688 году стал посещать заседания боярской Думы, совета помещиков и высокопоставленных должностных лиц, который должен был давать советы правителю. Дальше уже невозможно было утверждать, что он еще не дорос до управления царством. Кроме того, две плохо организованные кампании против Крыма в 1687 и 1689 годах поколебали престиж и самоуверенность режима Софьи. Однако было ясно, что без борьбы она власть не отдаст. Она уже приняла титул самодержицы, демонстративно уравняв себя таким образом непосредственно с Петром и Иваном. В январе 1684 года она организовала брак Ивана с девицей из влиятельной семьи Салтыковых, надеясь, что это может быстро привести к рождению сына и, таким образом, разрушит надежды Петра на восхождение на трон, то есть продлит ее собственную власть. В 1687 году были даже предложения от некоторых из ее сторонников совершить государственный переворот, что сделало бы возможной ее коронацию как правительницы.

К лету 1689 года борьба между Софьей и ее сводным братом становилась неизбежной. После полуночи 7 августа Петр был внезапно разбужен новостью, что стрельцы уже на пути из Москвы, чтобы захватить и уничтожить его. В приступе ужаса он выпрыгнул из своей постели, нашел убежище в близлежащем лесу, где торопливо оделся, а затем для большей безопасности проделал еще около сорока миль, чтобы спрятаться в Троице-Сергиевом монастыре. Почти месяц Нарышкины со своими сторонниками, укрепившись в монастыре, наращивали свои силы. С другой стороны, стрельцы были теперь разделены и неуверены в своей позиции. Постепенно Софья начала терять их поддержку, а наряду с этим и поддержку других сторонников. В начале сентября ее вынудили уйти в Новодевичий женский монастырь за пределы Кремля, предав на суд Петра советников, которые были больше других связаны с ее режимом. Голицын был сослан на дальний север, где он провел четверть века до своей смерти в 1714 году, непрощенный несмотря на постоянные прошения.

Петр, всего лишь семнадцати лет от роду, играл не очень активную роль в этой борьбе. Он скорее был ее символом, центром сплочения одной из противоборствующих сторон, чем реальным участником. Он теперь правил в России без чьих бы то ни было возражений: при самой искренней привязанности к сводному брату, Иван ничего не значил. Но он по-прежнему не управлял, и прежде всего потому, что сам не желал этого. В следующие пять лет управление находилось в руках его матери, женщины посредственных способностей, и ряда традиционно мыслящих бояр. Из них дядя Петра, Лев Нарышкин, и князь Борис Голицын, дальний родственник свергнутого министра Софьи, были наиболее важными. Смена режима принесла во многих отношениях решительную консервативную реакцию, уводившую далеко от подлинной борьбы за прогресс, которая велась при Софье и Голицыне. Иезуиты были почти сразу удалены из России. Когда патриарх Иоаким, сам будучи врагом перемен и иностранцев, умер в марте 1690 года, его преемником стал против воли Петра безграмотный и в высшей степени консервативный Адриан, митрополит Казанский. Российские договоры с внешним миром, особенно с Польшей, стали подвергаться более строгому контролю, чем в 1680-х годах.

Однако государственные дела для молодого царя по-прежнему не шли ни в какое сравнение с военными, тем более с увлечением военно-морским флотом и экспериментами, которые буквально очаровали, полностью завладели им. В 1688 году он с безумным энтузиазмом начал судостроительные эксперименты в Переяславле на Плещеевом озере, приблизительно в 200 милях от Москвы. Его страсть к этой работе была такой сильной, что он принял в ней большое участие, работая своими собственными руками, а весной 1689 года без малейшего сожаления бросил свою молодую жену, предавшись этому занятию. Впрочем, вскоре он вынужден был возвратиться в Москву для участия в поминальной службе на годовщину смерти царя Федора, но как только представилась возможность, сбежал из столицы, и когда вернулся в Переяславль, то был восхищен, обнаружив, что три строившихся маленьких судна уже почти готовы. Об этом он сообщил своей матери: «Я радовался, как Ной радовался оливковой ветви»[9]. С 1691 года и далее его эксперименты в судостроении постоянно расширялись. Солдаты одного из его «потешных полков», Преображенского, использовались как обычные плотники для этой работы. Российских специалистов в этой области еще не существовало, но Тиммерман и голландский торговец Адольф Хоутман завербовали судостроителей в Нидерландах — первый обдуманный и запланированный ввоз Петром иностранных техников в Россию. Настолько был он поглощен судостроением и так мал был его интерес к политическим вопросам, что в 1692 году он отказался возвратиться в Москву, чтобы принять важное персидское посольство. Только специальная поездка Нарышкина и Бориса Голицына в только что отстроенный временный домик, в котором Петр жил в окрестностях Переяславля, контролируя работу над своими судами, смогли заставить его изменить решение. В 1693 и 1694 годах он нанес два визита в Архангельск, где впервые увидел море и жизнь морского порта. Эта поездка стала одним из поворотных моментов в его жизни и безоговорочно закрепила намерение, которое давно сформировалось в его голове — создать Российский флот. В 1693 году он заложил своими собственными руками киль военного корабля в Архангельске и отдал приказы относительно приобретения большого фрегата в Голландии. Его прибытие туда в следующем году привело к широчайшей вербовке ремесленников разных специальностей для осуществления программы судостроения. С этого времени Петр потерял интерес к своим ранним незначительным усилиям на Плещеевом озере. Он направил свой взгляд выше и стремился к созданию мореходного флота. Пока еще не было у него более или менее ясного представления, как такой флот мог бы использоваться и какую мог бы приносить пользу России. Для него это была все еще гигантская и дорогая игрушка; но это была игрушка, которую он желал иметь почти неистово. Эта страсть, в значительной степени иррациональная и в определенном смысле детская, должна была стать впоследствии одним из доминирующих аспектов его жизни.

Адмиралом своего флота, когда он будет построен, Петр предполагал назначить человека, который ближе, чем кто-либо другой, стоял к нему в 1690-х годах, ближайшего друга всей своей жизни. Это был Франц Лефорт. Уроженец Женевы (где улица рядом с православной церковью до сих пор носит его имя), Лефорт жил в Немецкой слободе Москвы с 1676 года. Он не отличался глубиной интеллекта. У него не было ничего такого, что можно было бы назвать политической программой, никаких планов реформы или модернизации жизни России. Тем не менее его личные качества, его открытые и обаятельные манеры и его способности пьяницы и волокиты сделали его популярным в Слободе. С 1690 года его влияние на Петра стало очень большим. Назначив его адмиралом, царь построил для него дворец, который своими украшениями, золоченой кожей, шелками, дамасскими и китайскими циновками и даже своей величиной предвосхищал проявления бросающейся в глаза роскоши, которой так увлекались правители России в XVIII веке. Лефорт, кажется, весьма сильно был расположен к Петру; а его собственная добрая натура возбуждала в царе более сильную и искреннюю привязанность, чем он чувствовал к кому-либо из своих соратников.

Лефорт не был единственным иностранцем, имевшим влияние на царя в эти годы. Более взрослый, благоразумный и более ответственный человек, шотландец Патрик Гордон, с 1661 года офицер на российской службе, сыграл не менее важную роль в его жизни. Во время кризиса 1689 года Гордон и другие иностранные офицеры покинули Софью, что помогло перевесить силы в пользу Петра; и в марте следующего года Петр сделал Гордону невиданный комплимент, отобедав в его доме в Слободе. Ни один прежний царь не сделал бы подобного шага. Очевидно, что Петр сознательно хотел продемонстрировать свое равнодушие, если не открытую враждебность, к обычаям и традициям старины.