На рассвете 6 сентября лот, брошенный за борт, показал уменьшение глубины — это было верным признаком приближающихся флоридских отмелей, а значит, смертельной опасности. Матросы попытались поставить на обломки мачт оставшиеся паруса, но это оказалось абсолютно невозможно, шквальный ветер срывал их. Попытка отдать якорь также не удалась — он не мог зацепиться за песчаное дно, и галеон продолжало нести на мели. Внезапно «Санта Маргарита» ударилась о рифы и остановилась.

Когда немного рассвело, командир находившихся на судне солдат Бернардино де Луго заметил в одной лиге[2] от своего судна другой галеон. Это был галеон «Нуэстра сеньора де Аточа», на котором из мачт осталась только бизань. Пока де Луго следил за ним, он медленно затонул. Затем стала погружаться и «Санта Маргарита».

Днём, когда волнение на море немного улеглось, перед спасёнными предстала картина крушения. На волнах раскачивались многочисленные обломки кораблей, мешанина из снастей и такелажа, сундуков и ящиков. Шестьдесят семь (по другим данным шестьдесят восемь) человек нашли спасение на обломках «Санта Маргариты» и были подобраны небольшим судном с Ямайки. Уцелевшие люди были подняты на борт, где встретили пятерых спасённых с «Аточи»: двух юнг — Хуана Муньоса и Франсиско Нуньеса, матроса Андреса Лоренцо и двух рабов. Помощника капитана Джузеппе Херонимо нашли в океане на пятый день после крушения, дрейфовавшим на крышке палубного люка. Остальные сто двадцать человек погибли.

 Несколькими днями позже капитан маленького судна «Санта Каталина», Бартоломео Лопес, видел место крушения — корпус «Аточи», с обломком бизани, выступавшим из воды. Его матросы выловили сундук, плававший рядом, и, взломав его, нашли внутри серебро и золото. Это был сундук Гутьерре де Эспиносы, утонувшего капитана «Санта Маргариты».

Судьба третьего большого галеона флота была более «успешной». «Нуэстра Сеньора де Розарио», также потерявшая часть такелажа и мачт, была переброшена огромной волной через гряду рифов на отмель Драй-Тортугас. Те, кто находиллся на его борту, не могли поверить в своё спасение. Когда шторм немного стих, они смогли благополучно добраться до берега.

Флагманское судно флота «Нуэсгра Сеньора де Канделериа» смогло благополучно миновать рифы и с другими торговыми судами оказалось в глубоких водах Мексиканского залива

Из всего флота, вышедшего из Гаваны, погибло восемь кораблей, остальные благополучно пережили его, но потери оказались чрезвычайно велики. Погибло пятьсот пятьдесят человек. Самым большим ударом оказалось то, что на погибших судах находилась основная часть перевозившихся сокровищ. На дно пошло более двух миллионов песо.

Перенести потерю таких ценностей испанская казна не могла, поэтому в район гибели немедленно были направлены спасатели. Множество свидетелей, уцелевших после крушения, смогли с большей или меньшей достоверностью описать место гибели своих кораблей. Направленный к Драй Тортугас, капитан Гаспар де Варгас быстро обнаружил корпус «Розарио», который очень нелепо смотрелся на отмели. Обнаружена была и «Аточа», но Варгас смог поднять со дна лишь две пушки, а затем вернулся к «Розарио». Пока шла спасательная экспедиция, над районом гибели пронесся ещё один ураган, поэтому, когда испанцы снова вернулись к «Аточе», то не смогли её обнаружить — ландшафт был изменён до неузнаваемости, а волны разбили остатки галеона, торчавшие из воды.

Вице-король Новой Испании прислал Варгасу опытного инженера, Николаса де Кардоно, с рабами-ныряльщиками из Акапулько, а с острова Маргарита прибыли ловцы жемчуга. Сам маркиз Кадерейта прибыл на место гибели, чтобы проконтролировать ход работ. На ближайшем острове был поставлен лагерь, названный «Эль Кайо дель Маркес».

Несколько месяцев изнурительной работы принесли испанцам небольшой улов. Несмотря на то что обломки «Аточи» и «Санта Маргариты» были обнаружены, добраться до трюмов, в которых лежали сокровища, оказалось непосильной работой.

В 1625 году пропали Франциско де ла Лус и вся его команда, которые должны были поставить буй на месте кораблекрушений. В том же году в Гаване появился человек, который был готов компенсировать неудачи, испытанные Варгасом Им был Франсиско Нуньес Мелиан, служивший на Кубе королевским казначеем по религиозным приношениям Мелиан был чрезвычайно настойчив, изобретателен и азартен. Он заключил с Филиппом IV контракт на спасательные работы. По условиям контракта, он и корона получат треть поднятых сокровищ, а оставшаяся часть пойдёт на оплату подъёмных работ.

Мелиан изобрёл специальное приспособление в виде бронзового колокола, оборудованного сиденьями и иллюминаторами, который Мелиан отлил в Гаване. Оно стало подводной базой его ныряльщиков.

В мае 1626 года Мелиан со своим устройством появился на месте работ и приступил к поиску. Колокол медленно передвигали по дну, а ныряльщики рассматривали дно в поисках остатков кораблекрушений. 6 июня раб-ныряльщик Хуан Баньон поднял на борт первый серебряный слиток с «Санта Маргариты» и в награду получил свободу. После этого работа закипела. Испанцы подняли 350 серебряных слитков, несколько бронзовых пушек и множество медных изделий

В течение четырёх лет Мелиан умудрился трижды отбить нападение голландских каперов, подавил восстание индейцев и в итоге получил титул губернатора Венесуэлы. Спасение ценностей, между тем, продолжалось, однако уже с меньшим успехом Найти остатки «Аточи» и поднять её груз испанцы так и не смогли. После смерти Мелиана подъёмные работы практически свернули и забыли о сокровищах на долгие триста лет. К 1688 году, как отмечалось в официальных рапортах чиновников, точное местонахождение «Аточи» стало тайной даже для испанцев.

Прошло более трёхсот лет, прежде чем сокровища испанского флота, погибшего в 1622 году, снова заинтересовали профессиональных подводных исследователей. Тем кладоискателем, которому посчастливилось обрести все несметные сокровища испанцев, оказался Мэл Фишер.

В своё время он владел фермой по разведению цыплят, однако узнав о золоте испанских галеонов, он бросил всё и переквалифицировался в охотника за сокровищами. Первый опыт подъёма ценностей со дна моря оказался не вполне удачным. Работая вместе с известным подводным кладоискателем Кипом Вагнером, Фишер израсходовал практически всё своё состояние. Однако упорство принесло свои плоды, и при помощи сконструированного им специального приспособления, которое он назвал «почтовый ящик», ему удалось найти первые испанские дублоны.

В 1969 году Фишер начал шестнадцатилетний поиск сокровищ «Аточи» и «Санта Маргариты». В этом ему помогли отчёты экспедиции Мелиана, которые с большим трудом удалось заполучить в Севилье.

Весь период 1971—1972 годов прошёл в бесплодных поисках. Средств для подводных работ катастрофически не хватало. Только в мае 1973 года удача наконец улыбнулась Фишеру. Были найдены первые серебряные слитки и монеты. Вскоре их число превысило несколько тысяч. Среди них были монеты из Мехико, Потоси и Лимы. Одна невзрачная монета стала настоящей сенсацией. На ней чётко выделялась надпись — «NR», что означало «Nuervo Reino do Granada» — старинное название территории современной Колумбии. Она стала первой монетой, доказавшей, что монетный двор располагался еще и в Новой Гранаде, следовательно, она была уникальной и бесценной.

Среди других находок были самые различные предметы. Например, астролябия, изготовленная, по всей видимости, в 1560 году лиссабонским мастером Лопо Хомемом, маленькие чётки, украшенные золотом и кораллами, золотой диск весом 4,5 фунта, слитки серебра. Последние имели клейма, которые позволили в точности датировать их и, сравнив с грузовым манифестом погибших галеонов, доказать, что найденные ценности действительно располагались на борту галеонов, погибших в 1622 году.

Однако впечатление от удачных находок было порядком испорчено трагедией. 19 июня 1975 года, во время подводных работ, затонуло экспедиционное судно «Северный ветер». Восемь человек были выброшены в море, трое находившихся на нижней палубе — Дирк и Анджел Фишер и член команды Рик Гейдж — утонули.