B5N2 («Акаги» и «Kara») — верхние стороны и борта зеленые (FS 595Ь *4092, *4062), нижние стороны серые.

B5N2 («Сорю» и «Хирю») — зелено-коричневый камуфляж, днище серое.

B5N2 («Сёкаку») — целиком выкрашены в серый, на верхней стороне крыльев и на фюзеляже зеленые пятна.

B5N2 («Дзуйкаку») — зеленый камуфляж на верхней стороне и бортах, серое днище.

У B5N2 порядковые номера находились на нижней стороне крыла. Номера были достаточно большого размера и дублировались на щитках шасси.

Все машины несли условные знаки, указывающие на принадлежность к той или иной части (алфавитно-цифровые коды на хвостовом оперении, цветные полосы на фюзеляже). Горизонтальная полоса на киле означала командирский самолет.

Самолеты 1-го дивизиона авианосцев:

«Акаги» — «АI-…» и одна красная полоса на фюзеляже.

«Кага» — «АII-…» и две красные полосы на фюзеляже.

Самолеты 2-го дивизиона авианосцев:

«Сорю» — «BI-…» и одна голубая полоса на фюзеляже.

«Хирю» — «BII-…» и две голубые полосы на фюзеляже.

Самолеты 4-го дивизиона авианосцев:

«Рюдзё» — «DI-…» и одна желтая полоса на фюзеляже.

«Сёхо» — «DII-…» и две желтые полосы на фюзеляже.

«Касуга Мару» — «DIII-…» и три желтые полосы на фюзеляже.

Горизонтальные полосы на киле означали:

Три полосы — машина командира кокутая (полка).

Две полосы — машина командира хикотая (эскадрильи).

Одна полоса — машина командира сётая (звена).

В середине 1943 года приняли темно-зеленый камуфляж (FS 595Ь *4079, *4092, *4086), а в конце войны (*4036, *4056, *4077, *4052). Нижнюю сторону крыльев и днище фюзеляжа красили в серый цвет (FS 595Ь *4441, *4424).

В 1943 году на переднюю кромку крыла нанесли желтые (FS 595Ь *3538, *3432) полосы быстрой идентификации. Все внутренние поверхности, доступные влиянию внешней среды покрывали бесцветным антикоррозионным лаком aotake shoku (FS 595b *5193, *4257).

Внутри кабины были выкрашены в зеленый цвет (FS 595Ь *4226, *4255, *4151).