В последние месяцы 1943 года ситуация еще раз изменилась в пользу американских лодок. Численность подводного флота продолжала расти, так как темпы строительства лодок превышали уровень потерь. Японцы упрямо продолжали нацеливать свои лодки на военные корабли, игнорируя торговые суда. Но при этом численность японского подводного флота быстро сокращалась, тем более что часто японские лодки использовались в качестве транспортов для снабжения изолированных гарнизонов. Одним из последних крупных успехов японских лодок стало потопление американской подводной лодки «Корвина» в ноябре 1943 года. Американцы добились гораздо большего. Впервые американский подводный флот нанес серьезный удар по потоку сырья, идущему в японскую метрополию из стран Великой Восточно-Азиатской Сферы Сопроцветания. В 1943 году было потоплено более 1500000 GRT торговых судов, что снизило японский импорт на 15 %. Лишь в отношении танкеров положение японцев оставалось относительно благополучным, но и это закончилось довольно быстро. К концу 1943 года многие ошибки американского командования были исправлены. В Лусонском проливе регулярно патрулировали подводные лодки, и командование осознало значение танкеров для японской военной машины. Теперь они стали целью номер один. Подводники имели все основания для гордости. Замешательство и разочарование, царившие год назад, сменились уверенностью в конечной победе. И большая заслуга в этом принадлежит таким людям, как «Маш» Мортон и Чарльз Локвуд.
В конце 1943 года американские лодки начали участвовать в спасении сбитых летчиков. В октябре 1943 года во время атак авианосной авиации против Уэйка первой из лодок такое задание получила «Скейт» Ю. МакКинни. Действия МакКинни стали просто хрестоматийным образцом, которому потом подражали все. Так как рядом с вражеской территорией легко можно было самому оказаться под ударом с воздуха, спасательные операции были крайне рискованными для подводников. МакКинни держал лодку в позиционном положении, когда над водой виднелась только рубка. На мостике стояли не более 4 человек. И все-таки один из офицеров «Скейта» был убит пулеметной очередью внезапно появившегося японского истребителя «Зеро». Но «Скейт» спас шестерых летчиков, включая командира авиагруппы «Лексингтона». Если бы не МакКинни, эти летчики могли попасть в плен или погибнуть. Эксперимент решили считать удачным, и позднее во время каждой операции авианосцев несколько подводных лодок выделялись для проведения спасательных работ. Всего за годы войны 86 подводных лодок подобрали 380 сбитых летчиков.
В ноябре 1943 года второй подводник получил Медаль почета конгресса, и тоже посмертно. Подводная лодка «Скалпин» была потоплена артогнем японским эсминцем «Ямагумо», но половина экипажа успела спастись. Командир 43-го дивизиона подводных лодок Кромвелл, находившийся на борту «Скалпина» в качестве представителя штаба, добровольно остался на тонущей лодке, так как опасался, что не выдержит пыток и выдаст секретные сведения. Моряки «Скалпина» были погружены на эскортные авианосцы «Уньё» и «Тюё», следовавшие в Японию. Японский конвой прошел через зону патрулирования американской подводной лодки «Сейлфиш». В свое время «Сейлфиш», тогда плававшая под названием «Сквалус», затонула из-за поломки механизмов. Именно «Скалпин» обнаружила затонувшую лодку и оставалась на месте аварии до прибытия спасательных судов. «Сквалус» была поднята и переименована в «Сейлфиш», но продолжала считаться несчастливой лодкой. Она обнаружила и потопила авианосец «Тюё». Это был первый японский авианосец, потопленный американской подводной лодкой. С чувством глубокого удовлетворения «Сейлфиш» вернулась в Пирл-Харбор. Экипаж был уверен, что рассеял мрачный призрак злосчастья, витающий над лодкой. Лишь после войны моряки узнали, что их торпеды погубили половину моряков, спасшихся со «Скалпина».
К концу первой половины 1944 года уже не осталось никаких сомнений в исходе Тихоокеанской войны. В ходе боя в Филиппинском море японский флот был разгромлен. 3 из 5 уцелевших японских эскадренных авианосцев были потоплены, причем 2 — подводными лодками. «Кавэлла» Косслера потопила «Сёкаку», а «Альбакор» Блэнчарда — «Тайхо». Вдобавок японцы понесли огромные потери в морской авиации, которая после этого перестала оказывать влияние на ход военных действий. Новое крупное морское сражение произошло в октябре в районе залива Лейте на Филиппинах, хотя его исход был предрешен заранее. К июню удары подводных лодок по танкерам вынудили японцев перевести главные силы своего флота в Лингга Роудз или Тави-Тави, поближе к нефтяным скважинам Борнео. Базирующиеся в Австралии подводные лодки следили за всеми перемещениями вражеских кораблей. Учитывая ненадежность японских шифров, можно сказать, что ни одна мышь на кораблях Императорского флота не могла пискнуть так, чтобы об этом не узнали американцы. Нехватка нефти вынудила японцев резко сократить программу подготовки пилотов авианосных самолетов. Именно это превратило упомянутое сражение в Филиппинском море в «Охоту на индюков у Марианских островов». (У нас ее иногда неправильно называют охотой на фазанов, забывая, что еще в XIX веке в Соединенных Штатах индейка была не только рождественским блюдом, но и гордой дикой птицей.) Охота за танкерами имела еще один побочный эффект. Для экономии тоннажа и времени японцы начали использовать сырую нефть месторождений острова Борнео вместо перегнанной нефти с Явы или Суматры. Но эта нефть содержала много летучих фракций, которые давали взрывоопасные пары. Именно это погубило авианосец «Тайхо» во время боя в Филиппинском море. Он затонул после попадания единственной торпеды, когда взорвались нефтяные пары из поврежденных топливных цистерн.
Хотя исход войны был уже ясен, это не означало, что бои стали менее ожесточенными. Среди американского командования начались споры относительно дальнейших действий. Адмирал Кинг хотел захватить остров Формоза и предоставить авиации и подводным лодкам окончательно поставить Японию на колени. В ретроспективе такой план выглядит очень удачным. Но против него резко выступил генерал Макартур, который считал себя обманутым. Ведь в этом случае он лишался возможности выполнить свою клятву «вернуться» на Филиппины. Под его давлением был принят план поэтапного наступления через Тихий океан. Следовало поочередно захватить Палау, Яп, Филиппины, Формозу, Иводзиму, Окинаву и готовить высадку непосредственно в Японию. Флот сумел добиться исключения некоторых операций из этого плана, но генеральное сражение в Вашингтоне проиграл. В результате подводные лодки вместо охоты за вражескими судами занялись выполнением различных мелких заданий. Война затянулась, что привело к ненужному кровопролитию. С этой точки зрения интересно было бы обсудить: так бы уж потребовались атомные бомбардировки, если бы авиация и подводные лодки получили новые базы на Марианских островах и Формозе?
К середине 1944 года японский торговый флот терял уже по 50 судов в месяц. Японский импорт сократился до опасных пределов.
Отчаянная ситуация потребовала от японцев отчаянных мер. Несмотря на уничтожение своей авианосной авиации, они решили дать бой американцам, использовав остатки флота. Но подводные лодки были готовы к любым действиям противника. Лодки Тихоокеанского флота перебазировались из Пирл-Харбора на Маджуро и Сайпан, что значительно сократило переходы к районам патрулирования. Лодки Азиатского флота тоже перешли на новую базу в Миос Вендли. В ходе боев за Филиппины 23 октября лодки «Дейс», «Дартер» и «Брим» потопили 2 японских тяжелых крейсера и так повредили еще 2, что они уже не были отремонтированы до конца войны. Через 2 дня подводные лодки перехватили разгромленное соединение адмирала Одзавы и потопили легкий крейсер и эсминец.
Несмотря на очевидную неспособность японцев к каким-либо активным действиям, кроме операций камикадзэ, американское командование продолжало настаивать на постепенном и осторожном методе наступления. Были захвачены Лусон, Иводзима и Окинава. Три ненужные и кровавые операции ни на один день не приблизили окончательную победу. Отчасти можно объяснить лишь захват Иводзимы. Этот остров послужил местом базирования истребителей, сопровождающих «Сверхкрепости» при налетах на японскую метрополию. Все это отвлекало подводные лодки от решения главной задачи — борьбы с вражеским судоходством. Подводники были разочарованы. Они считали, что войну можно выиграть и без таких жертв. Остатки японского флота были истреблены подводными лодками в открытом морс и авианосными самолетами в портах. В 1944 году американские подводные лодки отправили на дно 7 японских авианосцев и тяжело повредили еще один. За это же время авианосные самолеты потопили 4 авианосца и повредили один. С сентября 1944 по январь 1945 года тоннаж японского танкерного флота сократился с 700000 GRT до 200000 GRT. Доставлять нефть из Ост-Индии в Японию было просто не на чем.