Утром 23 ноября под Эль-Аден, во время бомбардировки союзных подразделений тридцаткой Ju 87 из I./StG I, II./StG 2 и II./StG 3, прикрываемых «мессершмиттами» Bf 109 и итальянскими «фиатами» G-50, произошло воздушное сражение с 23 «харрикейнами» из 229-го и 238-го дивизионов RAF. Истребители «оси» сбили семь британских самолетов, потеряв один «фиат» и шесть «юнкерсов» (экипажи, в которых пилотами были обер-лейтенант Кейдель и фельдфебель Веттер, погибли; командир эскадрильи б./StG 2 обер-лейтенант Эйер и двое других пилотов были ранены, а экипаж из Stab./StG 3 — пилот обер-лейтенант Краус — вернулся в часть только через три дня, преодолев линию фронта).
25 ноября над Тобруком был сбит зенитной артиллерией Ju 87 из I./StG 3. Пилот унтер-офицер Шафер попал в плен, однако вскоре сумел бежать и уже 3 декабря возвратился в свою часть. В конце операции «Крусейдер», 3 декабря 1941, в воздушном бою был ранен капитан Леонард Буссельт. В течение последних недель 1941 деятельность «штук» ограничивалась недостатком топлива. Ввиду нехватки ресурсов командование Африканского корпуса не смогло организовать контрнаступление, но войска закрепились на оборонительных позициях между Аджедабией и Мерса-эль-Брега. В это время пикировщики беспрерывно атаковали растянувшиеся по пустынному бездорожью колонны британской армии, стараясь замедлить их продвижение. 5 декабря произошел трагический случай, когда Ju 87 из I./StG 3 получил попадание… бомбой с летевшей выше «штуки» и взорвался в воздухе. 13 декабря зенитная артиллерия сбила Ju 87 из I./StG 3 (пилот фельдфебель Вое); другой пикировщик — из I./StG 1 — разбился в Дерне (пилот обер-фельдфебель Флейшман).
Ju 87 R-2/trop. из 4./StG 2 во время полета над пустыней, осень 1941.
Ju 87 В-1 из II./StG 1 в полете над Восточным фронтом осенью 1941.
Новый 1942 год начался потерей трех Ju 87, сбитых «киттихоками» из 3-го дивизиона RAF. Один из атаковавших «кертиссов» (пилот майор Чапман) был, в свою очередь, сбит бортстрелком одного из «юнкерсов». Бои приобрели еще более напряженный характер вместе с началом контрнаступления Роммеля (21 января). Ju 87, как всегда, висели над передним краем, поддерживая продвигающиеся сухопутные части немецкого Африканского корпуса. 24 января погиб экипаж фельдфебеля Хюбнера из I./StG 3, а другой (пилот обер-фельдфебель Клук) попал в плен. Тем временем Африку покинули самолеты I./StG 1 и II./StG 2. Единственными частями пикирующих бомбардировщиков на этом театре остались I. и IL/StG 3.
28 января Роммель вернул Бенгази, но в бою зенитной артиллерией был сбит Ju 87 из I./StG 3 (пилот унтер-офицер Рех и бортстрелок погибли).
3 февраля Африканский корпус застрял у оборонительных позиций британцев под Газалой, и фронт застыл здесь вплоть до конца мая 1942. Воздушные сражения, однако, продолжались и дальше, хотя и с меньшим напряжением. 27 марта 15 Ju 87 из I./StG 3, сопровождаемые десятью Bf 109, бомбардировали Тобрук. Командир I./StG 3 капитан Гельмут Науман был ранен в воздушном бою с южноафриканскими истребителями из 2-го дивизиона SAAF. 2 апреля 12 Ju 87 из I./StG 3, сопровождаемые 31 Bf 109 из JG 27, атаковали британский конвой на высоте Тобрука. Один пикировщик был сбит, а его экипаж (пилот лейтенант Ретдорф) спасли англичане. 11 апреля 18 15 Ju 87 из I./StG 3 атаковали транспортную колонну союзников в районе Сиди Мосур — Бир Хабекс. «Штуки» летели под эскортом 12 Bf 109 из I./JG 27 и еще восьми из II./JG 27. Немецкое соединение контратаковали семь «томахоков» из 4-го дивизиона SAAF. «Мессершмитты» сбили пять из них, потеряв один «Юнкерс» из I./StG 3 (пилот фельдфебель Нойман). 25 апреля 12 Ju 87 из I./StG 3 бомбили суда, стоящие в порту Тобрука. Одна «штука» совершила вынужденную посадку под Тмими (пилот лейтенант Рудольф Браун был ранен). «Мессершмитты» из JG 27, сопровождавшие пикирующие бомбардировщики, сбили восемь и тяжело повредили два союзных истребителя. 26 мая 1942 началось следующее наступление Роммеля. Оснащенная новыми «юнкерсами» Ju 87 D, III./StG 3 с большим успехом атаковала британские укрепления у Гот-эль-Улеб, которые были захвачены немцами 2 июня. «Штуки» сыграли значительную роль во взятии Бир-Хакейма 10 июня 1942. За эти успехи пришлось, однако, заплатить. Лейтенант Хубель и его бортстрелок погибли 4 июня, сбитые силами ПВО, и в тот же день южноафриканские истребители сбили самолет S7+AB (на нем погиб командир I./StG 3 капитан Генрих Эппен). 11 июня пикировщики из StG 3 провели три налета на союзные позиции под Эль-Адемом. 14 июня конвой, плывущий на Мальту, стал целью «юнкерсов» из StG 3, потерявшей во время атаки три машины (экипаж из III./StG 3 — пилот обер-фельдфебель Пантель — погиб, а две других «штуки» были сбиты над морем — их пилотами были обер-лейтенант Остер, командир эскадрильи 6./ StG 3, и унтер-офицер Купперс из П./ StG 3). Непрерывные атаки пикирующих бомбардировщиков на Тобрук внесли выдающийся вклад в захват Тобрука, сдавшегося 21 июня 1942.
Следующей целью был Мерса-Матрух. Во время большого танкового сражения, закончившегося успехом немцев, самолеты из StG 3 действовали отчаянно, доходя до самопожертвования. Капитан Пашковски (Patschkowski), командир эскадрильи в III./StG 3, был сбит, но сумел возвратиться в свою часть после трех дней скитаний по пустыне.
Ju 87 D-1 на Восточном фронте осенью 1942. Под крыльями на земле лежат дополнительные топливные баки вместимостью 300 л.
Ju 87 В-2 в действии на Восточном фронте летом 1941.
1 июля 1942 началась первая битва под Эль-Аламейном. Ju 87 вновь, как и всегда, висели над передним краем, поддерживая немецкое наступление. 3 июля I./StG 3 потеряла три экипажа: лейтенант Йозеф Венигман и обер-лейтенант Шувара (Schuwara) погибли, а фельдфебель Шпис попал в плен. 8 июля в воздушном бою погиб фельдфебель Ульрих из III./StG 3. 15 июля «штуки» провели четыре больших налета на союзные позиции под Эль-Аламейном. Один Ju 87 из I./StG 3 (пилот унтер-офицер Пекар) был сбит зенитным огнем — экипаж погиб. На следующий день «штуки» провели очередные четыре налета. 17 июля самолет из III./ StG 3, поврежденный союзными истребителями, совершил вынужденную посадку на своей территории, а его пилот (обер-лейтенант Гобель) был ранен. Три других пикировщика получили повреждения на земле во время атаки «киттихоков» из 250-го дивизиона RAF на аэродром в Бир-эль-Абд 19 июля 1942.
В конце августа произошла следующая попытка взломать оборону союзников, однако в сражении под Алам-эль-Хальфой немецкие войска были остановлены. 31 августа II./StG 3 потеряла еще два экипажа: унтер-офицер Штольп и его бортстрелок погибли, а фельдфебель Уль со своим стрелком попали в плен. 6 сентября потери понесла I./StG 3 — один из экипажей, выпрыгнув на парашютах из горящей машины, попал в плен (пилот унтер-офицер Лотц). 14 сентября два Ju 87 из I./StG 3 столкнулись в воздухе над Куасабой — оба экипажа погибли (пилоты лейтенант Кениг и унтер-офицер Шнурр). 1 октября в воздушном бою погибли следующие два экипажа из III./StG 3 (пилоты унтер-офицер Ледхезер и унтер-офицер Лишке).
24 октября 1942 началась вторая и решающая битва под Эль-Аламейном. «Штуки» пытались, как обычно, действовать над передовыми позициями, однако из-за превосходства союзной авиации они не были так эффективны, как в предыдущих кампаниях. 26 октября «харрикейны» из 213-го дивизиона RAF сбили два Ju 87 из III./StG 3. Погиб командир эскадрильи капитан Курт Вальтер, у которого не раскрылся парашют. Другой пилот этой части — обер-лейтенант Линдорфер — был ранен. 27 октября во время вынужденной посадки в Эль-Даба разбился Ju 87 из II./StG 3 (погиб пилот унтер-офицер Эбнер). 31 октября в воздушном бою погиб обер-фельдфебель Борм из III./StG 3. Несмотря на самоотверженность экипажей пикирующих бомбардировщиков, они неоднократно были вынуждены сбрасывать бомбы далеко в стороне от целей — таким огромным было превосходство союзных истребителей. 3 ноября погиб обер-фельдфебель Опиц, сбитый истребителем 127-го дивизиона RAF. Другой экипаж из III./StG 3 получил многочисленные ранения.