По существу, весь комплекс двусторонних связей с Россией, и шире — СНГ, Тбилиси рассматривал, прежде всего, в интересах получения односторонних выгод в процессе восстановления суверенитета своей территории. Тбилиси постоянно выражал недовольство действиями российских миротворцев, пытаясь возложить на них не свойственные им функции по принуждению Абхазии к принятию выдвигаемых Грузией условий урегулирования. Грузия проводила политику последовательного вытеснения российских Вооруженных сил, максимального сокращения не только военного, но и политического присутствия России в регионе. Грузия обвиняла и продолжает обвинять Россию в пристрастности и требует вывода российского миротворческого контингента, считая, что его присутствие является дестабилизирующим фактором. Кремль не раз заявлял о недопущении военного решения абхазского и югоосетинского конфликтов, тем более что почти все жители этих республик являются гражданами Российской Федерации. Из всех стран СНГ именно Грузия поддерживает наиболее тесные отношения с США и объявила о своих намерениях вступить в НАТО. В 1997 г. парламент Грузии принял «Концепцию укрепления стабильности общественной жизни, государственного суверенитета и безопасности, восстановления территориальной целостности Грузии». В этом документе конструктивная роль европейских институтов противопоставлялась «имперской» политике РФ. В 1999 г. грузинский президент Э. Шеварднадзе провозгласил европейское направление грузинской внешней политики как приоритетное. В начале 1999 г. Грузия была принята в Совет Европы, несмотря на неурегулированность двух межэтнических конфликтов.[29]

Требование грузинского руководства вывести российские базы с территории Грузии, согласно Стамбульским соглашениям 1999 г. — одна из наиболее острых проблем российско-грузинских отношений. В 2005 г. было заключено соглашение о порядке вывода российских военных баз. В ноябре 2007 г. Россия досрочно завершила полный вывод войск из Грузии. Российские военные базы в Грузии играли стабилизирующую роль в закавказском регионе. Посол Грузии при ООН Реваз Адамия обвинил Россию в геноциде и этнических чистках в Абхазии. По словам дипломата, в грузино-абхазском вооруженном конфликте российские войска принимали активное участие на стороне абхазских сил, поскольку 300 тыс. грузин были вынуждены покинуть регион, а 10 тыс. погибли во время военных действий. Это заявление дипломата было сделано после того, как в ходе консультаций между постоянными членами Совета Безопасности ООН Россия отказалась поддержать «план Бодена», предусматривающий федерализацию Грузии и начало переговоров между Тбилиси и Сухумом о разграничении предметов ведения и конституционных полномочий.

15 февраля 2006 г. парламент Грузии принял постановление, в котором обвинил Россию в аннексии грузинской территории и поручил правительству пересмотреть Дагомысские соглашения 1992 г., предусматривающие создание смешанной контрольной комиссии по урегулированию югоосетинского конфликта и ввод российских миротворцев в зону конфликта. Передать в международные организации материалы, доказывающие невыполнение российскими миротворческими силами взятых на себя обязательств и разработать новый мандат для замены российских военных миротворческим контингентом из других стран. За проект постановления проголосовали все 179 депутатов грузинского парламента.[30]

В конце марта 2006 г. отношения между Грузией и Россией осложнились «винным скандалом» — запретом, введенным Россией на импорт грузинских вин. В середине июля 2006 г. парламент Грузии принял резолюцию, требующую вывода российских миротворческих сил из Абхазии и Южной Осетии. Министерство иностранных дел РФ выразило сомнение в том, что Тбилиси намерено мирным путем разрешать конфликтную ситуацию в Абхазии и Южной Осетии, подчеркнув, что российские миротворцы являются гарантами невозобновления там боевых действий.

Осенью 2006 г. произошло самое серьёзное обострение отношений между Грузией и Россией, вызванное «шпионским скандалом». Грузинские спецслужбы задержали 27 сентября 2006 г. нескольких российских военнослужащих, проходивших службу в Группе российских войск в Закавказье, по подозрению в шпионской деятельности. По словам главы МВД Грузии Вано Мерабишвили, «задержанные вели разведывательную деятельность на территории Грузии и планировали осуществить провокации». Еще один российский офицер, сотрудник ГРУ, как заявил министр, «в настоящее время скрывается в штабе Группы российских войск в Закавказье (ГРВЗ), территория которого пользуется дипломатической неприкосновенностью».[31]

В ответ Посольство РФ в Тбилиси прекратило прием заявлений граждан Грузии на получение российских виз, из Грузии в Москву для консультаций был отозван посол РФ. Россия провела эвакуацию семей сотрудников посольства и военнослужащих и перевела российские войска в Грузии на усиленное положение. Министерство транспорта Российской Федерации заявило о приостановлении авиационного, автомобильного, морского и железнодорожного сообщения с Грузией. Министерство связи и массовых коммуникаций РФ прекратило доставку почты в Грузию, включая почтовые переводы. Российские власти начали выборочную депортацию грузинских граждан.

На консультативном заседании Совбеза ООН по Грузии, состоявшегося по просьбе России, Москва заявила о том, что Тбилиси целенаправленно нагнетает «напряженность в зоне грузино-абхазского конфликта путем ряда провокационных действий, которые достигли своей кульминации в последние сутки и привели к аресту нескольких российских военнослужащих».[32] А 2 октября 2006 г. представители ОБСЕ передали задержанных российских военнослужащих представителям России на взлетной полосе аэропорта Тбилиси.

Весной 2008 г. над Абхазией было сбито 6 грузинских беспилотных самолётов-разведчиков (20 апреля, 4 мая — 2 БПЛА, 8 мая, 12 мая — 2 БПЛА). Грузия обвинила в этом Россию. 10 июля 2008 г. Грузия отозвала своего посла в РФ в связи с появлением российских самолётов над территорией Южной Осетии. В конце июля — начале августа происходила эскалация грузино-югоосетинского конфликта. Регулярно шли перестрелки и огневые налеты разной степени интенсивности. Мирные жители Южной Осетии в массовом порядке стали покидать зону конфликта. 8 августа 2008 г. Грузия начала боевые действия в зоне грузино-осетинского конфликта. Грузия предприняла попытку навязать Южной Осетии силовое решение конфликта, вызвав этим российское вмешательство.

7 марта 2008 г. парламент Абхазии направил в Госдуму России обращение с предложением рассмотреть вопрос о признании Республики Абхазия как независимого, суверенного государства. 21 марта 2008 г. Государственная дума РФ обратилась к федеральному правительству и президенту с просьбой рассмотреть возможности юридического признания Абхазии и Южной Осетии. Российские депутаты определили следующие условия, позволяющие это сделать: вступление Грузии в НАТО и ее военно-политическая агрессия против де-факто государств Южного Кавказа. В свою очередь, в конце марта Михаил Саакашвили предложил Абхазии неограниченную автономию в составе Грузии, полный федерализм, гарантии безопасного и мирного развития в рамках единого государства и широкое представительство в центральных органах власти Грузии. И если обращение Госдумы России было воспринято в Абхазии «на ура», то в ответ на предложение М. Саакашвили президент Республики Сергей Багапш заявил, что ни о какой автономии в составе Грузии и речи быть не может.

2–4 апреля 2008 г. в Бухаресте прошел очередной саммит НАТО, на котором обсуждалось присоединение Грузии и Украины к «Плану действия по членству» (Membership Action Plan-MAP). Хотя итоговое коммюнике и зафиксировало североатлантические перспективы Грузии, фактически она «пролетела» мимо МАР. Было принято решение перенести этот вопрос на декабрьский саммит НАТО. В целом, саммит продемонстрировал, что далеко не все на Западе желают членства Грузии в НАТО. Между тем, яростное стремление Грузии поскорее присоединиться к Альянсу вызвало обеспокоенность в российских политических кругах.