Восстанавливались и перестраивались только те крепости, которые находились вблизи государственных границ. При этом их приводили в соответствие с военно-тактическими требованиями времени с учетом вооружения и тактики предполагаемого противника. Таким противником на северо-западных и западных границах Руси в XV—XVII вв. были главным образом Швеция, Литовское государство и Польша. Здесь можно было ожидать вторжения хорошо организованных армий, оснащенных мощной артиллерией и владеющих всеми видами осадной техники. Поэтому на этих границах строились каменные твердыни — крепости Псковско-Новгородской земли, Смоленский и Можайский кремли. Города получали мощные и современные оборонительные сооружения. Не менее совершенными и мощными каменными крепостями были усилены важнейшие центры Русского государства на Волге — Нижний Новгород, Казань и Астрахань.
Совсем иной характер носили укрепления за Уралом и на южных окраинах страны. В обширных, но малонаселенных и отсталых в социально-экономическом и военном отношениях областях Сибири строились деревянные крепости-остроги, которые вполне отвечали нуждам русской колонизации. На южных границах основным противником были татары, тактика которых состояла в стремительных и внезапных набегах. Артиллерии у них не было, и искусством осады они владели плохо. Чтобы вовремя остановить вторжение татар, здесь требовалось большое количество укреплений. При этом сами укрепления могли быть и не очень мощными.
В XVI—XVII вв. для борьбы с татарами на южной границе Руси создают сплошные оборонительные рубежи — Засечные черты. Создание таких оборонительных линий, как Змиевы валы и Засечные черты, было под силу только мощному государству. В X—XI вв. таким государством была Киевская Русь, в XVI—XVII вв. — Русское государство.
Первые попытки защитить южные границы Руси от татарских вторжений были предприняты еще в XIV в. при Иване Калите. Оборона строилась на создании засек (завалов леса), которые значительно затрудняли продвижение крупных военных сил. Засеки упоминаются в русских летописях еще в домонгольские времена. Так, временные засеки на путях продвижения противника сооружались псковичами в 1137—1139 гг. во время борьбы со Святославом Ольговичем («засекли осекы вси») и в 1216 г. во время войны владимирских князей с коалицией Мстислава ( «пути от Новгорода засекоша»).
В XV в. московские князья сосредотачивали оборону на реке Оке. Эта система обороны получила название «берег». В источниках нет указаний на существование здесь единой системы обороны. Известно только, что наиболее опасные «перелазы» были преграждены сваями, вбитыми в дно реки, а города, стоявшие на «берегу», — Коломна, Алексин, Перемышль, Таруса, Кашира, Серпухов, Калуга — были хорошо укреплены. Охрану «берега» несли полки береговой службы. Ее зарождение относится к 1472 г., когда при нашествии хана Ахмата Иван III расставил 180 тысяч войска на расстоянии в 150 верст вдоль Оки. С 1569 г. размещение полков на «берегу» становится обязательным и регулярным. С 1572 г. здесь ежегодно стоит пять полков, которые базируются в крупных городах: большой полк — в Серпухове, полк правой руки — в Тарусе (реже Алексине и на Мышеге), передовой — в Калуге, сторожевой — в Коломне, полк левой руки — в Кашире.
С 1599 г. береговая служба отменяется и полки начинают располагать южнее Оки. Это свидетельствует о создании новой оборонительной линии, проходившей южнее Оки, — Засечной черты. Черта возникла не сразу. Еще в XV—XVI вв. возле отдельных городов, подвергавшихся набегам, создавались лесные завалы. Там, где не было лесов, строились небольшие укрепления на дорогах и в наиболее опасных местах. Все эти засеки и укрепления и стали опорными пунктами в системе обороны Черты.
Засечная черта превращается в единую оборонительную линию, вероятно, только во второй половине XVI в. Она состояла из укрепленных городов, лесных и водных преград и специально возведенных крепостей. Все военное и административное управление Чертой сосредоточилось в Туле, имевшей важное стратегическое положение.
Засечная черта стала мощной преградой на пути татарских орд. С 1558 по 1596 г. набеги проходили почти ежегодно, но лишь во время одного из них татарам удалось проникнуть за Засечную черту: в 1571 г. Девлет-Гирей прорвал оборону Засечной черты, дошел до Москвы и сильно опустошил ее.
В начале XVII в. в России наступает Смутное время, за которым последовала польско-шведская интервенция. Основной упор в обороне государства был перенесен на западные границы. Здесь строились крепости различного значения и мощности. На северо-западе главными опорными пунктами стали Псков и Новгород. На западе была построена мощнейшая по тем временам крепость — Смоленск. Находясь на подступах к Москве, она играла важную стратегическую роль. В зависимости от того, в чьих руках она находилась, крепость Смоленск либо преграждала дорогу на Москву, либо служила плацдармом для продвижения врага.
Во время польско-шведской интервенции организация службы на Засечной черте приходит в упадок. Все войска были отозваны для борьбы с иноземными завоевателями и подавления крестьянских восстаний. Последний раз царь Василий Шуйский приказал поставить на Черте войска для борьбы с татарами в 1606 г., но и это сделать не удалось, так как силы потребовались для борьбы с восстанием Ивана Болотникова. Ослаблением охраны Черты не преминули воспользоваться татары. В 1607 и 1608 г. ногаи разоряли украинные и северские города, причем численность их армии иногда доходила до 100 тысяч всадников. С 1609 по 1616 г. (за исключением 1612 г.) татары ежегодно проникают за линию берега Оки, порой достигая окрестных районов Москвы. Изменилась и длительность татарских набегов. Вместо кратковременных налетов татары теперь грабят русские земли круглый год — как говорили современники, «живут без выхода».
Оборонительные линии юга Руси XVI—XVII вв. и основные дороги (шляхи), по которым татары совершали набеги на Русь
В 1613 г., вскоре после изгнания поляков из Москвы, возобновляется полковая служба на южных границах. Однако Русское государство, занятое войной с Польшей и Швецией, не могло выделить значительных сил. Так, в 1616 г. здесь находилось всего около 3 тысяч ратных людей. Положение несколько улучшилось в 20-х гг. XVII в., но к началу Смоленской войны (1632—1634) численность полков опять стала сокращаться, чем сразу же воспользовались татары. Набеги татар приводили не только к разорению русских земель, но и к дезертирству из-под Смоленска людей из южных уездов.
Поэтому для защиты южных границ от татар в 1635 г. разворачиваются грандиозные работы по сооружению оборонительных линий. Далеко на юг выдвинулась новая линия обороны — Белгородская черта. В 1638 г. начинаются работы по восстановлению и значительной модернизации старой Засечной черты. Не забыли и про укрепление Оки, которая снова привлекла внимание в связи с перестройкой Черты. В результате образовалось три линии обороны. В 30-х гг. XVII в. здесь было построено 10 новых городов-крепостей, в 40-х гг. — еще 18. Все эти мероприятия стали частью более широкой системы обороны юга, в которую также входили сторожевая и станичная службы, несение полковой пограничной службы, создание и заселение пограничных городов. Кроме того, правительство перешло к активным военным действиям против Крыма. В результате этих мероприятий начиная с 1648 г. уже не было отмечено сколько-нибудь крупных вторжений татар в пределы русских земель.
Засечная черта тянулась более или менее параллельно р. Оке между двумя большими лесными массивами: на западе — брянским, на востоке — мещерским. Последние были надежной преградой на пути конницы, и ни один татарский шлях не заходил в глубь них. Самым опасным был район Тула—Венев, где проходил Муравский шлях (в него в районе Ливен вливались Изюмский и Калмиусский шляхи), который шел прямо на Москву. Поэтому здесь была создана двойная линия укреплений с мощными военно-оборонительными сооружениями. Была значительно укреплена и сама Тула. При Василии III (1479—1533) Тула «переселилась» на более безопасный левый берег, где был заложен каменный кремль. Позднее около южных пределов города построили земляные укрепления, известные под названием «Завитай».