Из-за ограничений, наложенных SFOR и недостатка финансирования реактивные самолеты в воздух практически не поднимались. В 1997 г. посол США в Сараево Чарлз Кроуфорд сообщил, что общий налет всех (!) реактивных самолетов ВВС Республики сербской составил всего 2 часа. Первые крупные учения вооруженных сил Республики Сербской, к которым привлекались ВВС прошли 28 октября 1998 г. на полигоне Маняеца. В учениях «Sadejstvo» («Содействие») приняли учения сухопутные войска численностью до бригады, включая танки Т-55 и БМП М-90. Авиация была представлена двумя самолетами SOKO J-22 «Орао» и двумя самолетами J-21 «Ястреб». На учениях присутствовали представители ОБСЕ. По их словам самолеты не несли практических авиабомб (их использование на учениях запрещено действующими по отношению к Республике Сербской соглашениями), однако проход истребителей-бомбардировщиков на малой высоте выглядел впечатляюще.

Британские СВВП«Харриер» GR.7 в ходе операции «Делиберейт форс» применяли как корректируемые, так свободнопадающие авиабомбы.

Изображение, переданное 10-го сентября разведывательным ДПЛА «Предатор» после удара крылатыми ракетами «Томагавк» по сербскому узлу связи. Узел связи располагался на горе Лисна и обеспечивал радиокоммуникации сербов во всей западной Боснии. Разрушение узла связи сыграло едва ли не главную роль в наступлении хорватов в Србской Крайне.

Для ВВС Боснийско-Хорватской федерации ограничения были установлены на уровне 14 боевых вертолетов и 41 боевой вертолет. Основой подразделений боевых вертолетов послужили несколько Ми-24, полученных, вероятно, из Германии. В начале боснийской войны ни босняки, ни хорваты не имели военной авиации. Однако, в ходе войны правительство в Сараево, в обход эмбарго ООН на поставку военной техники в республики бывшей Югославии смогло закупить несколько вертолетов Ми-8 и Ми-17. Все вертолеты были оснащены гражданскими вариантами приемников спутниковой навигационной системы GPS. В ходе войны вертолеты совершили не менее 8000 вылетов на задания, главным образом на перевозку людей, включая раненых, и грузов в анклавы (и из анклавов) Сребреница, Зепа, Горажде, Бихач. Вертолеты часто подвергались обстрелу, примерно пять вертолетов было потеряно при выполнении боевых операций.

К началу операции «Союзническая сила» в составе ВВС Боснийско-Хорватской федерации имелось девять вертолетов Ми-8/Ми-8МТВ-1 и один Ми-17. Из восьми Ми-8 шесть принадлежало боснийцам и два – хорватам. Вертолеты Ми-17 предназначался для использования в качестве санитарного, еще один Ми-8МТВ-1 был оборудован для VIP-перевозок. В конце войны на «сером» рынке был приобретен легкий вертолет Ми-34, который использовался для первоначальной подготовки летчиков. В 1998 г. Боснии удалось подготовить 31 пилота вертолетов, половина из них прошла обучение в Пакистане.

По программе военной помощи в 1998 г. из США было поставлено 15 вертолетов Белл UH-1H. Для полетов на этих вертолетах в учебном центре Бюкебург армейской авиации Германии прошло подготовку 25 боснийских и хорватских летчиков, а также 29 техников. Все 15 вертолетов «Ирокез» базируются на авиабазе Раджловач (Сараево), вертолеты Ми-8 рассеяны по полевым аэродромам, Ми-34 попеременно базируется в Бихаче и Високо. Вертолеты также базируются в Тузле и Мостаре.

Самолетная компонента ВВС Боснийско-Хорватской федерации в годы войны была представлена легкомоторными машинами UTVA-75 и Пайпер РА-18 «Супер Куб»; после окончания боевых действий самолеты возвращены гражданским аэроклубам.

1992 г. Военно-транспортный самолет Трансалл С. 160 стал первым западным самолетом, совершившим посадку в Сараево, положив начало воздушному мосту, который просуществовал три года.

Штурмовики А-6E «Интрудер» из авиакрыла авианосца «Теодор Рузвельт» привлекались для нанесения ударов по объектам па территории Боснии летом 1993 г.

Принятие в июне 1991 г. декларации о независимости Хорватии вызвало резкую реакцию в Белграде. В сентябре Югославская народная армия предприняла попытку военным путем не допустить выхода Хорватии из состава федерации. Началась кровопролитная война между сербами и хорватами. Президент Хорватии Франьо Туджман обратился с призывом ко всем военнослужащим ЮНА хорватам по национальности покинуть свои части и перейти на службу своей родине. Процент хорватов и словенцев среди офицерского состава ЮНА был очень высок, в отдельных родах войск он достигал 80%. В Хорватию за несколько месяцев дезертировало из ЮНА почти 200 летчиков и 100 техников. При выводе войск Югославской народной армии с территории Хорватии сербам удалось или забрать с собой или вывести из строя все боевые летательные аппараты и вывести из строя инфраструктуру аэродромов. Попыткой восполнить недостаток материальной части стало принятие 3 сентября 1991 г. постановления правительства Хорватии о постановке на учет всех находящихся в республике летательных аппаратов, которые можно было бы использовать в военных целях. По аэроклубам и сельскохозяйственным авиапредприятиям удалось «наскрести» бипланы Ан-2 и легкомоторные самолеты UTVA-75 югославского производства. Из музейной коллекции был извлечен и восстановлен до пригодного к полетам состояния вертолет Белл 47J. До заключения в январе 1992 г. перемирия с сербами, хорваты потеряли в боевых операциях не менее двух самолетов Ан-2.

Перемирие с сербами не решило проблем Загреба: треть республики занимало самопровозглашенное государство – Србска Краина, продолжались бои в районе границы с Боснией. 4 января ВВС Хорватии пополнились угнанным из Сербии пилотом-хорватом истребителем МиГ-21бис-К еще два истребителя аналогичного типа перелетели в Хорватию 26 июня. Три самолета послужили основой для формирования на авиабазе Плесо 1-й истребительной эскадрильи, командиром которой стал подполковник Рудольф Перезин, ранее служивший в ВВС СФРЮ. Перезин стал первым летчиком-хорватом, дезертировавшим из ЮНА вместе с самолетом, 10 октября 1991 г. он угнал МиГ-21Р в Австрию.

Согласно принятой Генеральной Ассамблеей ООН 20 мая 1992 г. резолюции 757 вводилось эмбарго на поставку оружия и военной техники в абсолютно все республики бывшей Социалистической Федеративной Республики Югославия. Правительство Хорватии желало организовать собственные эффективные ВВС в максимально короткий срок. На закупку самолетов и вертолетов в обход санкций ООН был выделен специальный секретный фонд. Командующий ВВС генерал Имра Аготич получил распоряжение добывать технику любым способом, не думая о финансовой стороне дела. Менее чем за три года генерал Аготич под носом у UNPROFOR сумел создать самые боеспособные ВВС на Балканах, по своей оснащенности ВВС Хорватии уступали только ВВС Сербии, которые является прямыми наследниками ВВС СФРЮ. Трудно поверить, что командование UNPROFOR или комиссары ООН не знали о делах Аготича, просто строительство ВВС Хорватии – всего лишь один из многих примеров политики «двойных стандартов» – санкции ООН в отношении Сербии соблюдались очень жестко и эффективно.