После окончания войны, получив за храбрость досрочно звание капитана 1 ранга, он принял активное участие в создании парового флота в России. Будучи командированным для этой цели в 1856 г. в Англию, в Лондоне он познакомился с главным кораблестроителем британского флота знаменитым Джоном Эдуардом Ридом, тесную связь с которым поддерживал потом долгие годы. Чуть позже А. А. Попов участвует в строительстве двенадцати винтовых клиперов и четырнадцати корветов, ставших основой русского крейсерского флота того времени. В 1859 г. А. А. Попов совершает длительный переход из Кронштадта в Японское море, где в плаваниях проводит несколько лет. В 1863 г., как уже отмечалось выше, А. А. Попов командует одной из эскадр, вышедших к американским берегам для демонстрации силы в поддержке Россией САСШ, после чего, сдав командование, он прибыл в Петербург, где целиком посвятил себя судостроению. В России в то время началось строительство броненосного флота.

В 1867 году, будучи членом Кораблестроительного отделения МТК, А. А. Попов вплотную принялся осуществлять свою идею постройки ,.монитора-крейсера". Затем он участвовал в создании множества кораблей, к наиболее известным из которых следует отнести броненосные фрегаты „Минин" и „Генерал-Адмирал", яхту „Ливадия" и черноморские броненосцы береговой обороны „Новгород" и „Киев" (позже переименован в „Вице-адмирал Попов"). Занимался А. А. Попов и переоборудованием в крейсера пароходов „Европа", „Азия" и „Африка". В 1891 году за свои заслуги он получил звание адмирала. Последние годы жизни А. А. Попов провел в Петербурге, где 6 марта 1898 года скончался.

Теоретический чертеж "монитора-крейсера" утвержденный в МТК 14 января 1869 г.

По предложению А. А. Попова решили обшить подводную часть монитора медными листами на деревянной подкладке для предотвращения обрастания его водорослями, что было весьма важно при крейсерстве. С увеличением размеров и водоизмещения весовая нагрузка корабля распределилась следующим образом: на корпус приходилось 3956 т (47,3 %), броню – 1178,7 (14 %), башни с броней – 500 т (6%), рангоут – 90 т (1 %), машины, котлы и уголь – 2328,51 т (27,9 %), прочие предметы – 319 т (3,9 %).

Оставался нерешенным вопрос и об образовании форштевня: делать ли его таранным или же нет, используя в качестве тарана выдвижные минные шесты в его подводной части. На наличии шестов настаивал начальник эскадры броненосных кораблей вице-адмирал Г. И. Бутаков. Внесенные изменения вынудили чертежную МТК приступить к составлению части чертежей заново, расчет же подводной медной обшивки поручили подпоручику А. В. Мордвинову.

На машины и уголь оставалось 2328 т. Этого веса хватало для того, чтобы снабдить монитор двумя горизонтальными трехцилиндровыми машинами общей мощностью 7500 л/с. Этой мощности по предварительным подсчетам хватало для достижения скорости 14-15 уз. На уголь (предполагался его расход в течение шести суток по 185 т) оставалось 1129 т.

В начале мая 1869 г. А. А. Попов вновь предложил увеличить водоизмещение монитора до 9665 т с расчетом увеличения запасов угля до 1800 т для большей автономности. По этой причине корпус вновь удлинили на 3 м, ширину увеличили на 0,6 м, а мощность машин довели до 9000 л/с. Следует отметить, что увеличение высоты надводного борта не последовало, но очень важным новшеством являлось введение броневых свесов, аналогичных свесам, бывшим на американских мониторах для предохранения корабля от таранного удара. В носовой части монитора А. А. Попов предложил для улучшения мореходных качеств устроить легкую надстройку длиной около 15 м по типу надстроек на строившихся башенных фрегатах типа "адмиралов".

Так в целом окончилось проектирование корабля. "Чертежи монитора "Крейсер" утверждаю", – последовала резолюция управляющего Морским министерством на журнале МТК. Вопрос же о выборе форштевня решили лишь в апреле 1870 г. в пользу минных шестов.

Предстоящее строительство монитора ставило перед Морским министерством и МТК довольно трудную задачу. Корпус "монитора-крейсера" в то время являлся весьма сложным техническим сооружением, и постройка его на заре железного судостроения была вовсе непростым делом. В мировой практике большее водоизмещение имели лишь знаменитый исполин английского инженера И. Брюнеля "Грейт Истерн", построенный в 1858 году, и несколько батарейных броненосцев британского флота. В России корабли подобного водоизмещения еще не строились.

С началом броненосного судостроения Морское министерство выбрало три направления в строительстве кораблей для флота. Первое заключалось в том, что корпус и машины строились за границей с последующим вооружением корабля в России. Это был наиболее простой путь, но он не способствовал развитию наших заводов и обогащению опытом судостроителей. К нему прибегли лишь при строительстве броненосной батареи "Первенец", которую заказали в Англии. Вторым способом являлось строительство корабля с "подряда". Корабль заказывали одному из частных заводов с поставкой ему в процессе работ от Морского министерства брони, орудий, механизмов и дельных вещей. Третьим являлся способ строительства "казенными средствами". В этом случае корабль строило непосредственно Морское министерство на одном из своих заводов, привлекая в качестве подрядчиков на изготовление различного оборудования множество заводов в России, а в исключительных случаях – и за границей.

От постройки корабля за границей отказались сразу же, так как к тому времени, построив у себя ряд кораблей для защиты Кронштадта, наши заводы имели уже достаточный опыт.

После этого Морское министерство объявило так называемые "торги" – конкурс на более выгодное размещение заказа, поместив в одном из приложений газеты "Санкт-Петербургские ведомости" объявление.

Незадолго до торгов, в начале февраля 1868 года, составленные чертежи и спецификацию корпуса МТК отправил в контору Санкт-Петербургского порта для ознакомления с ними представителей заводов.

На торгах, состоявшихся 20 февраля, взвесив свои возможности, оказались только три претендента: известный заводчик Митчель, построивший на Галерном островке батарею "Не тронь меня"; завод Карра и Макферсона, строивший трехбашенный фрегат "Адмирал Лазарев"; Невский завод Семянникова и Полетики, который строил двухбашенный фрегат "Адмирал Чичагов".

К концу февраля заводы подали свои соображения и предположительную стоимость постройки корпуса. Самая большая стоимость постройки оказалась у Митчеля – 1 млн. 375 тыс. рублей, а наименьшая у завода Карра и Макферсона – 1 млн 212 тыс. рублей. Видимо, частные предприниматели занижали истинную стоимость, так как цена, определенная в МТК, была большей. Причем сюда не входили расходы на эксплуатацию выделенного для строительства фрегатского эллинга на Галерном островке с примыкающими к нему плазом, мастерскими и кранами.

Несмотря на более выгодные условия, предложенные заводом Карра и Макферсона, МТК, ответственный за техническую сторону вопроса, вместе с управляющим Морским министерством адмиралом Н. К. Краббе настаивал на передаче заказа английскому заводчику Митчелю, давнему и опытному подрядчику министерства.

В пользу предоставления заказа Митчелю имелись следующие соображения. Успешную постройку нового броненосца нельзя было подчинить исключительно дешевизне, и, кроме того, завод Карра и Макферсона помимо строительства трехбашенного фрегата был загружен строительством большого плавучего дока, а завод Семянникова и Полетики – строительством трех фрегатов. Учитывалось и то, что Митчель являлся "серьезным предпринимателем и отличным техником", который уже изготовил два броненосных корабля и строил еще три. С заказом ему "монитора-крейсера" наша промышленность получила бы "серьезного наставника", рабочие и техники, бывшие в Морском министерстве, в процессе строительства приобрели бы большой опыт. Немаловажным являлось и то, что через Митчеля МТК мог получить из заграницы многие новшества в постройке броненосных судов, и как преуспевающий капиталист, он не ограничивал Морское министерство в уплате денег строго определенными сроками.