Его сразу же отправили на подготовку к офицерскому чину в Итон Холл, Честер, откуда он был выпущен вторым лейтенантом. (Иногда ошибочно утверждают, что он окончил Хайз и Уорминстер). Оджукву вернулся домой и получил первое назначение в Пятый Батальон, расквартированный в Кано, Северная Нигерия. Через два года его произвели в капитаны и назначили в Штаб армии, расположенный в казармах Икеджи в Лагосе. Это было в 1960 году, в год независимости.

Для богатого холостяка-офицера армии — любимого детища Нигерии — жизнь была весьма приятной. В 1961 году Оджукву послали в школу пограничных войск Западной Африки в Теши, в соседней Гане, преподавателем тактики и военного права. Первым учеником в классе тактики был лейтенант Муртала Мохаммед.

Потом, в этом же году, капитан Оджукву вернулся в V Батальон в Кано, но вскоре получил звание майора и был направлен в Штаб I Бригады в Каруне. В этом же году он служил в Лулуабурге, провинция Касаи, Конго, с III Бригадой сил ООН по поддержанию мира (во время событий в Катанге). Именно тогда его кандидатуру наметили для дальнейшего военного обучения, и в 1962 году он поступил в Объединенное Штабное училище в Англии. В январе 1963 года ему присвоили звание подполковника, и в этом качестве он стал первым туземным Главным Интендантом нигерийской армии.

Именно на этой должности он приобрел решимость и опыт, которые впоследствии позволили ему уличить во лжи Британское правительство, заявившее, что перевозимое морским путем из Лондона в Лагос оружие, является только частью «обычных поставок».  

На посту Главного Интенданта он следовал правилу «покупать лучшее из того, что можно купить за предложенную цену, независимо от того, кто продает».   В результате этого, большинство старых контрактов о поставке оружия британскими фирмами было аннулировано, а новые контракты были заключены с продававшими по более выгодным ценам поставщиками из Голландии, Бельгии, Италии, Западной Германии и Израиля. Ко времени начала нынешней войны, Нигерийская армия зависела от Британии только в поставках парадной униформы и бронемашин.

Год спустя Оджукву вернулся в V Батальон, но на этот раз как его командир. Как раз в то время, когда он пребывал в Кано, в 1965 году молодой майор Нзеогву замышлял в Кадуне то, что стало январским переворотом 1966 года. Никто и никогда не высказывал предположений о том, что полковник Оджукву принимал участие или знал о перевороте. Заговорщики совершенно оставили его в покое. Во-первых, все считали, что он слишком уж был связан с истеблишментом, а во-вторых, что было гораздо важнее, общеизвестен был его склад ума, ума юриста, который сделал бы для него отвратительной саму мысль о бунте против законной власти.

Когда произошел январский переворот, Оджукву был одним из тех немногих, кто не растерялся. Пригласив на секретное совещание провинциального администратора и эмира Кано, он призвал их совместными усилиями удержать Кано и всю провинцию от беспорядков и кровопролития. Они добились успеха: в Кано мятежа не было. Буквально через несколько часов после этого он разговаривал по телефону с генералом Иронси, обещая поддержку — и свою, и Батальона — стороне, которая останется верной закону.

Через несколько дней, когда Иронси понадобился офицер из Восточной Области для назначения его Военным Губернатором этой Области, он призвал для выполнения этой работы полковника Оджукву.

В 23 года полковник Оджукву был назначен управлять своим собственным народом и пятью миллионами не Ибо в Восточной Области. Беззаботные дни были позади. Те, кто знал его раньше, говорили, что он колоссально изменился. Сначала под грузом ответственности за управление, а потом — народного лидерства, жизнерадостный армейский офицер уступил место человеку гораздо более сдержанному. Он все еще принимает очень всерьез свой пост, а не самого себя, как личность. Впереди его ждут, хотя он этого еще и не знает, резня мая 1966 года, еще один переворот, опять резня на расовой почве, ненависть, недоверие, нарушенные клятвы, решение пойти навстречу желанию народа и выйти из состава Нигерии, война, голод, клевета и возможно — смерть.

Но в январе 1966 года, после взятия власти все выглядело не так. Также как и полковники Фаджуйи и Эджоор, полковник Оджукву не стал терять много времени на борьбу с коррупцией и продажностью в общественной жизни Востока. Как и повсюду на Юге (но не на Севере) некоторые ведущие политики старого режима, пока шла генеральная уборка, сидели в тюрьме.

Даже убийства в Северной Нигерии не слишком ослабили его веру в Единую Нигерию. После того, как генерал Иронси получил заверения султана Сокото, что убийств больше не будет, полковник Оджукву воспользовался визитом своего друга эмира Кано в Нсукку, чтобы обратиться к своим сородичам, бежавшим с Севера, с призывом вернуться к своей работе. Потом ему пришлось горько пожалеть об этом, и угрызения совести из-за того, что многие из тех, кто последовал его совету, погибли в последовавшей резне, до сих пор мучают его.

В двух отношениях полковник Оджукву является личностью почти уникальной для сложившейся обстановки. Прежде всего, он не был скомпрометирован участием в коррумпированном правлении политиков, ведь нынешние политики в Лагосе — это в большинстве своем те люди, которые заправляли в старом политическом цирке, где личное обогащение путем перекачки общественных фондов было в порядке вещей. Кроме того, он не был вовлечен ни в один из военных переворотов, а большинство нынешних военных силачей, стоящих за спиной политиков Нигерии, принадлежит к той группе, которая осуществила кровавый переворот июля 1966 года.

Во-вторых, он сам по себе был богатым человеком. После смерти отца в 1966 году, он унаследовал обширные владения в Лагосе и других местах. Но не все наследство заключалось в недвижимости. У старого финансиста были крупные вклады в швейцарских банках, и перед смертью он посвятил своего второго сына во все их детали и дал к ним ключ. Если бы полковник Оджукву поступал так, как хотела Лагосская клика, то после июльского переворота мог бы все это сохранить и до сих пор бы исполнял свою должность. Но сделав то, что он сделал, Оджукву потерял все, что у него было в Лагосе, и все свое состояние в Нигерии. Что касается денежных средств за рубежом, то когда подошел критический момент, он настоял на том, чтобы все они до цента были потрачены для Биафры, прежде чем придется прибегнуть к старым фондам Восточной Области за границей. Его состояние оценивалось общей суммой в 8.000.000 фунтов.

Обстановка, сложившаяся после июльского переворота, была крайне тяжелой. Когда известия об убийствах солдат — выходцев с Востока в казармах Северной и Западной Нигерии дошли до их родных мест, страсти накалились. Безоружные, переодетые в гражданскую одежду, шедшие ночью и прятавшиеся днем первые группы офицеров и солдат начали пересекать Нигер и рассказывать о том, что произошло.

Для полковника Говона эта неделя была решающей. Уже приводились различные причины, по которым именно он был выбран лидером заговорщиков. Тот довод, что он просто был следующим по старшинству офицером, без сомнения несостоятелен. Данное им самим по радио 1 августа объяснение, что он был назначен большинством существующего Высшего Военного Совета, на Востоке не было принято во внимание. Во-первых, Совет не принимал решений большинством, а во-вторых, он и не собирался. Третья причина, которой объясняли избрание Говона, в частности, писатели-эмигранты, это то, что он был единственным человеком, который мог держать под контролем восставших.

Перед новым режимом стояли три срочные нерешенные проблемы: необходимость остановить убийства в армии, найти приемлемого для всех Верховного Главнокомандующего и определить, на какой основе может состояться будущее объединение четырех областей.

Полковник Оджукву, хотя и не был готов признать главенство полковника Говона, тем не менее ясно понимал, что если хоть что-то в Нигерии может быть спасено от разрушения, то ему придется для этого сотрудничать с новым режимом. Поэтому он предложил по телефону из Энугу собрать встречу представителей военных губернаторов, чтобы попытаться достичь соглашения о по крайней мере временном объединении региональных военных группировок, образовавшихся в результате переворота.