В мае 1937 года экспериментальная эскадрилья была расформирована, а 1. и 3. Staffeln К/88 были полностью переоснащены Не 111 и тут же вступили в боевые действия, шедшие в стране Басков до конца июня. В ходе сражения за Бильбао К/88 потерял первые два Не 111, однако подробности не известны. Легион "Кондор" вернулся в эти места в конце июля, после окончания операции на центральном участке фронта. Оказалось, что теперь республиканцы располагают достаточным количеством истребителей, поэтому легионеры потеряли два Хейнкеля в бою с esquadrille de Chato 4^a Эспеса (Espes) и esquadrille de Mosca 3^a Евсеева над мостом Эль- Мусель 23 августа. Несколько дней спустя – 1 сентября – несколько Не 111 нанесли бомбовой удар по эсминцу "Чискар" ("Ciscar") и серьезно повредили корабль. В конце сентября К/88 попал в полосу неудач. 30 сентября один за другим в авиакатастрофу попало сразу три бомбардировщика Не 111, один из них пришлось в дальнейшем использовать на запчасти. Меньше повезло двум самолетам, попавшим в катастрофы 21 и 24 октября. Их пришлось списать. Эти инциденты были в большой степени связаны с тем, что как раз в это время осуществлялся переход всех бомбардировочных эскадрилий на Не 111. К концу октября Kommando 88 состоял из четырех эскадрилий по 12 Не 111В в каждой. Всего в отряде было более 50 Хейнкелей 111, в том числе 28 типа B-2.

9 марта в ходе выполнения обычного налета на республиканские аэродромы в Каспе (esquadrille de Mosca 1^а ) и Эскатроне (esquadrille de Mosca 4^a ) фашистские бомбардировщики были перехвачены И-16, пилот Клаберо (Clavero) из 4^а . Две очереди, пущенные республиканским истребителем вызвали детонацию бомб у одного из бомбардировщиков. Клаберо сообщал о том, что в тот раз ему удалось сбить два самолета, но документы немецкой стороны это не подтверждают. "Лопаты" сбросили бомбы на аэродром, но не причинили республиканским самолетам никакого ущерба, 27 марта фашисты совершили налет на аэродром Лерида и объявили об уничтожении четырех И-16 из esquadrille 4^а , но уже 2 апреля республиканцы расквитались с легионерами, нанеся ответный удар по их аэродрому в Альфаро, уничтожив два Не 111 и повредив еще пять. 17 апреля немцы провели два массированных налета на Картахену и Альмерию, которые были основными портами республиканцев в этом районе. Ценой одного бомбардировщика (самолет командира 1./К 88) нацисты потопили торпедный катер, повредили броненосец "Жеме I" ("Jaime I") и вызвали несколько пожаров в доках. На первый взгляд могло показаться, что налет был очень удачным, но на самом деле все обстояло совсем наоборот. Вся операция заняла три дня (15-18 апреля, прибытие с базы в район боевых действий, налет и возвращение на базу) и в ходе ее выполнения отряд потерял восемь машин (только один бомбардировщик был сбит республиканцами), а еще 16 самолетов получило повреждения! 25 апреля И-16 из esquadrille 3^а сбили в районе Валенсии три Не 111.

25 мая 1938 года республиканцы начали форсирование реки Эрбро. Почти вся тяжесть поддержки сухопутных войск легла на К/88. Задача осложнялась тем, что пополнение в составе 25 Не 111Е-1 начало прибывать только в начале июля и растянулось до сентября. Еще одна, и последняя, партия в 10 машин поступила в Легион "Кондор" в начале декабря 1939 года.

Битва над Эрбро продолжалась до ноября 1938 года и характеризовалась массированным применением авиации, в результате чего происходили многочисленные и яростные воздушные бои. В этих боях участвовали уже две части бомбардировщиков: немецкая К/88 и испанская Gruppo 10-G-25. Обе стороны несли тяжелые потери, хотя в К/88 потери были относительно не велики. Единственный потерянный He 111 был сбит пилотами esquadrille 4^а Ариаса (Arias). Только в бою в районе Реуса истребители Ариаса и esquadrille 5^а Перейры (Pereira) сообщили о четырех сбитых бомбардировщиках противника и повреждении пятого. Может показаться, что это завышенные данные, но в действительности на 23 декабря в обоих частях было всего 30 боеспособных Хейнкеля, из них 25 в К/88. Следовательно, франкисты потеряли сбитыми и поврежденными 19 бомбардировщиков из 24, немцы потеряли две машины сбитыми и восемь поврежденными. Последним делом, которым занимался К/88 в Испании было бомбардировка и демонстрационные полеты над Мадридом весной 1939 года. Все 30 самолетов барражировали над городом, не имевшим никакого воздушного прикрытия, сбрасывая бомбы по одной в разные районы Мадрида. Словно в отместку за наглость, в ходе одного такого полета, 12 марта, произошла самопроизвольная детонация бомб в самолете командира К/88 майора Херле (Haerle), весь экипаж погиб. 15 дней спустя Не 111 из Легиона "Кондор" совершили свой последний боевой вылет над Иберией, а еще через четыре дня трехлетняя война закончилась. Личный состав Легиона вернулся в Рейх, а самолеты остались в Испании. Из 95 самолетов Не 111B-1, B-2 и 35 Не 111E-1, посланных в Испанию, было потеряно 37 самолетов, из них 20 сбили республиканцы.