Однако ликование исследователей длилось недолго — до следующего дня. Воскресным утром 22 июня 1941 года по радио сообщили, что на Советский Союз напала фашистская Германия. То есть предупреждение старцев полностью подтвердилось. Потрясенные этим открытием, исследователи немедленно позвонили руководителю Узбекистана Усману Юсупову и рассказали ему о встрече со старцами. На что Юсупов буквально закричал, что надо было сразу же сообщить ему об этой встрече, а теперь уже поздно. «Я снимаю с себя всякую ответственность!» — заявил глава республики и бросил трубку.
В тот же день экспедиция была свернута. Гробницу Тимура привели в надлежащий порядок, однако череп великого правителя было решено переправить в Москву с тем, чтобы Герасимов все-таки восстановил внешний облик древнего правителя для истории.
В годы войны в Узбекистане нашли убежище сотни тысяч людей. Так, только одних детей за годы войны туда было эвакуировано около 200 тысяч, причем большая их часть была взята жить в узбекские семьи. Например, семья кузнеца Шаахмеда Шамахмудова взяла к себе 14 детей разных национальностей.
К концу 1941 года почти половина всех промышленных предприятий Ташкента перешла на полный или частичный выпуск военной продукции. Шараф Рашидов застал лишь начало этого процесса, поскольку тем же летом 41 — го (в августе) был призван в Красную Армию. Он был отправлен в пехотное училище, расположенное в столице Киргизии городе Фрунзе. И уже с первых же дней курсантов стали активно готовить к боевым реалиям: каждый день они совершали марш-броски в горах, учились стрелять, окапываться и т. д. Учеба должна была длиться около четырех месяцев, но все произошло куда быстрее. Уже в конце октября, из-за тяжелой ситуации на фронте, три батальона курсантов и весь сержантский состав Фрунзенской «пехотки» погрузили в эшелоны и отправили в действующую армию.
К тому моменту враг неумолимо рвался к Москве и Ленинграду. Ситуация складывалась тяжелая. Именно в этот момент Ставка Верховного Главнокомандования и приняла решение перебросить на московское и ленинградское направления свежие силы — соединения с Дальнего Востока и из Средней Азии. Отметим, что в годы войны на советско-германском фронте воевало более 330 тысяч узбеков. По этому показателю они занимали 7-е место среди других национальностей СССР. О героических деяниях воинов-узбеков, призванных на фронт, наглядно свидетельствуют цифры. Так, более 120 тысяч призывников из Узбекистана за мужество и героизм были награждены орденами и медалями. 282 воина-узбека были удостоены высокого звания Героя Советского Союза.
Рашидов тоже трусом не был и, будучи по сути необстрелянным новобранцем, вынужден был с ходу включиться в грандиозное сражение, развернувшееся на подступах к Москве в составе войск Северо-Западного фронта, который растянулся от озера Ильмень до озера Селигер. Причем ему, южанину, было особенно тяжело, поскольку морозы в те дни достигли отметки в 40 градусов (в Узбекистане таких морозов никогда не бывает). Однако Рашидов, как и тысячи других его земляков, плечом к плечу с представителями других народов СССР героически отражали атаки противника, прекрасно понимая, что значит для всей сражающейся страны падение Москвы. В январе 1942 года войска Северо-Западного фронта провели Торопецко-Холмскую операцию, в результате которой удалось прорвать оборону 16-й фашистской армии группы армий «Север» и продвинуться на 250 километров, обойдя с запада ржевско-вяземскую и глубоко охватить с юга демьянскую группировки противника. К тому времени Рашидов был выбран секретарем бюро ВЛКСМ батальона 38-й гвардейской дивизии. В архивах Министерства обороны СССР содержатся донесения о личной храбрости политрука Ш. Рашидова, проявленной им в боях. За это мужество в начале 1942 года он был награжден орденом Красной Звезды. Наград могло быть и больше, если бы не тяжелое осколочное ранение, которое Рашидов получил во время одного из боев.
Лечение Рашидов проходил вдали от фронта — в городе Ревда Свердловской области. После нескольких месяцев пребывания там медики пришли к выводу, что дальнейшее прохождение воинской службы для Рашидова невозможно, поскольку ранение дало осложнение на сердце. В итоге его комиссовали и вернули на родину, в Джизак, предписав выбрать себе работу поспокойнее. Однако время тогда отнюдь не располагало к созерцательной деятельности. И Рашидов устроился работать директором школы, в которой некогда сам учился. Поскольку в то время в Узбекистане ощущалась серьезная нехватка учителей (многие ушли на фронт), Рашидову пришлось совмещать директорскую должность с преподавательской. Как вспоминают очевидцы, Рашидов достаточно споро справлялся со своими обязанностями. Причем, все из-за той же нехватки педагогов, ему приходилось вести сразу несколько предметов: литературу, историю, русский язык. И у него это хорошо получалось, учитывая, что Рашидов обладал феноменальной памятью. Еще в молодости, когда он чуть ли не запоем читал книги по самым разным направлениям, он сумел обогатить свою память знанием многих интересных фактов и событий. Например, он знал множество разных легенд и преданий как из истории своего, так и других народов СССР. Теперь все это с лихвой пригодилось ему в его преподавательской деятельности.
Чуть меньше года Рашидов пробыл на посту директора школы. Затем, учитывая его предвоенный журналистский опыт, его вернули на прежнюю работу — назначили редактором все той же самаркандской областной газеты «Ленин йули» («Ленинский путь»). А спустя год — в июле 1944 года — Рашидов делает очередной шаг наверх: переходит на партийную работу. И это вполне объяснимо. Во-первых, в пору своего редакторства он проявил отменные качества руководителя, знающего людей и умеющего с ними работать, во-вторых — в те годы в партийных органах страны остро ощущалась нехватка опытных кадров, поэтому такие деятели, как Рашидов (молодые, амбициозные, да еще с фронтовым опытом) нужны были партии позарез. Все это и приводит к тому, что Рашидова назначают секретарем Самаркандского обкома ВКП(б), причем доверяют ему один из самых ответственных участков — подбор кадров. Все это было не случайно, а прямо вытекало из личностной характеристики Рашидова: ведь он не только хорошо разбирался в людях, но и умел налаживать с ними нужный контакт.
Отметим, что работа на этом посту самым существенным образом поможет Рашидову в его дальнейшей карьере: он наберется определенного опыта в партийных делах и познакомится с людьми, которые в скором времени помогут ему в дальнейшем восхождении на самый верх политического Олимпа.
Между тем возвышение Рашидова совпало с трагедией в его семье: 3 июля из жизни ушел его дядя Хамид Алимджан. В Узбекистане Алимджан был одним из самых влиятельных литераторов, с 1939 года возглавляя республиканский Союз писателей (в 1943 году он стал членом-корреспондентом Академии наук Узбекистана). Его перу принадлежали такие произведения, как поэмы «Айгуль и Бахтияр» (1938), «Симург» и «Край» (обе — 1939), «Счастье» (1940), «Зейнаб и Аман» (1941). Не менее плодотворно развивалась творческая карьера Алимджана и в годы войны, когда он написал еще целый ряд значительных произведений: сборник стихов «Возьми оружие в руки!» (1942), историческую драму «Муканна» (1943), поэму «Слезы Роксаны» (1944).
Смерти Алимджана сопутствовала нелепая случайность. В тот день он возвращался в Ташкент из области на грузовике. Причем ехал в кузове вместе с четырнадцатью своими коллегами-писателями. На одном из поворотов водитель не справился с управлением и грузовик перевернулся. Пострадали все, кто находился в кузове, получившие травмы различной тяжести. Однако только у одного человека эти травмы оказались несовместимы с жизнью — у Алимджана. На момент смерти ему было всего 34 года.
Для Рашидова гибель дяди была трагедией. Ведь именно этому человеку он был многим обязан, в том числе и тем, что литература стала одним из главных дел в его жизни. Поэтому, когда Рашидов станет руководителем Узбекистана, он много сделает для того, чтобы увековечить память о Хамиде Алимджане в республике. Но вернемся в середину 1940-х.