Внутренняя бомбовая нагрузки на варианте Ju-88A-15 была доведена до 3000 кг.

Jn-88A-4 из III Gruppe/Lehrgeschwader-1. Самолет Ju-88A-4 – являлся основной бомбардировочной модификацией, ни самолете были установлены двигатели JUMO- 211J и крыло увеличенного размера.

Ju-88D из 2./Aufklarungsgruppe-22, Россия.

Прототипом серии Ju 88Р-1 был самолет Ju 88V54 (W.Nr. 1881), облетанный в 1942 году. Ju 88Р-1 характеризовался цельнометаллическим носом. В задний части подфюзеляжной гондолы, вмещавшей ВК 7.5 cm и 4 MG 81, располагалась и нижняя установка с MG 81Z. в задней установке монтировали два MG 811. а в передней части кабины было предусмотрено место для еще одного MG 811.

В начале 1943 года Ju 88Р-1 были испытаны в Опытной группе истребителей танков (Versuchkommando fuer Panzerbckampfung). В 1943 году Юнкерсы Ju 88Р-1 были направлены в 92-ю эскадрилью истребителей танков (Panzerjaeger Staffel 92). которая подчинялась командиру противотанковой авиации (Fuehrer der Panzerjaeger), а затем вошла в состав 111./ KG 1 Hindenburg.

Во время боевых вылетов выявился другой недостаток – низкая скорострельность, за один заход самолет мог произвести только два выстрела.

Ju-88B VI выполнил первый полет в начале 1940 г. Самолет представлял собой Ju-88A-I с совершенно новой носовой частью фюзеляжа.

Было построено порядка десятка предсерийных Ju-88B. которые использовались как дальние разведчики в интересах высшего командования вооруженных сил Германии.

Тяжелый истребитель Ju-88C-6 предназначался для использования днем и ночью.

Самолеты Ju 88Р-2 были переделаны из серийных Ju 88А-4. Переделка заключалась в установке в подфюзеляжной гондоле двух пушек ВК 3.7 cm калибра 37 мм. Пушки обладали достаточно хорошей практической скорострельностью – порядка 15 выстрелов в минуту. Кроме того, была улучшена противооткатная система. В задней части гондолы размещался спаренный пулемет MG 81Z. а в задней установке монтировали два MG 811. Кабину пилота защитили бронеплитами и бронестеклом.

Самолеты Ju 88Р-2 предназначались не только для борьбы с советскими танками. Другой целью для этих машин были американские бомбардировщики В-17 и В-24.

Самолеты Ju 88Р-3 отличались от Р-2 усиленным бронированием кабины пилота и мотогондол.

В 1944 году выпустили небольшую серию самолетов Ju 88Р-4, вооруженных пушкой ВК 5 cm калибра 50 мм. Как и прежде, пушку разместили под фюзеляжем. В задней установке монтировали пулемет MG 131. Под крыльями самолетов устанавливали бомбодержатели ЕТС.

Эта модификация была создана в ответ на необходимость иметь более современный тяжелый истребитель.

Самолет Ju 88R-1 представлял собой дальнейшее развитие самолета Ju 88С-6, Вместо двигателей Jumo 211 на самолет Ju 88R-1 установили двигатели BMW 801МА мощностью 1176 кВт/1600 л.с. другой отличительной чертой этого самолета были широкие створки, закрывающие убранные шасси. У самолетов поздних выпусков была усилена система охлаждения, поскольку опыт эксплуатации выявил перегрев двигателей.

Схема вооружения самолетов Ju 88R-1 была похожа на ту, что применяли на Ju 88С-6. Вместо пулеметов MG 81 устанавливали крупнокалиберные MG 131. Некоторые машины оснащались Schraege Musik. На самолетах использовали радары FuG 202 Lichtenstein ВС I и FuG 212 Lichtenstein С-1.

Турель с 13-мм пулеметом MG-131 па самолете Ju-88E-0, самолет переоборудован т Ju-88B-0. Ju-88E-O стал шагом в разработке Jn-188.

Ju-88P-3, вооруженный двумя 37-мм пушками в подфюзеляжном обтекателе.

Истребитель Ju-88G-I с радиолокатором SN-2 и устройством FiiG-227 «Фленсбург».

Самолеты этого типа сменили на конвейере предыдущую модель. Отличительной чертой самолетов Ju 88R-2 были двигатели BMW 801D мощностью 1250 кВт/1700 л.с. система охлаждения этих двигателей была переделана. Кабина была защищена дополнительной броней. Самолеты оснащались радарами FuG 202 Lichtenstein ВС и FuG 212 Lichtenstein С- 22. Дополнительно устанавливали устройство IFF типа FuG 25 и радиостанцию FuG 16 ZY. На выхлопные трубы самолетов устанавливали пламегасители.

Из-за нехватки двигателей BMW 801 (которые также ставили и на истребители Фокке-Вульф Fw 190А) выпуск самолетов Ju 88R-2 прекратили в начале 1944 года.

В середине 1942 года воздушный комиссариат приказал доработать серийный самолет Ju 88А-4. При этом основные элементы планера должны были быть сохранены. Построенный прототип Ju 88SV-I (Ju88V93) сохранил неизмененными фюзеляж и оперение бомбардировщика Ju 88А-4. Вместо двигателей Jumo 211 на самолет поставили BMW 801D. Вместо винтов VS-11 использовали трехлопастные VDM. Дополнительной модификацией было использование брони, защищающей кабину пилота, как это практиковалось на самолетах Ju 88С и Ju 88G. С самолетов сняли воздушные тормоза. автомат вывода из пикирования и бомбодержатели ЕТС. Самолет брал бомбы только на внутреннюю подвеску. Оборонительное вооружение состояло из пулемета MG 811, установленного в лобовом окне (этот пулемет обслуживал штурман). MG 131 в задней установке и MG 81Z в подфюзеляжной гондоле.

В Ju 88S были переделаны 146 бомбардировщиков Ju 88А-4 на заводе фирмы Хеншель (Берлин-Шёнефельд) и еще 30 Ju 88А- 4 переделали в мастерских Люфтганзы (DHL. Берлин-Штаакен).

Ju-88R-1 с РЛС FuG-202 ныне демонстрируется в музее RAFE

Ни самолете Ju-88G-7 стояли двигатели JUMO-213 с жидкостным охлаждением, выхлопные патрубки снабжены пламегасителями.

Ju 88S-1 был очередной модификацией самолета. Из конструкции убрали подфюзеляжную гондолу, оборонительное вооружение сократили до одного MG 131 в задней установке. Также уменьшили бронезашиту кабины пилота. На самолетах этой модификации вновь вернулись к внешней подвеске бомб – под крыльями установили бомбодержатели ЕТС 1000. В заднем бомбоотсеке можно было устанавливать дополнительный бензобак. Двигатели BMW 801D заменили на BMW 801G- 2, оснащенные устройством форсирования GM I. которое впрыскивало в топливную систему двигателя окись азота (N₂O). Ее впрыскивание позволяло поддерживать мощность двигателей на больших высотах. Баллоны с N₂O помещали в заднем бомбоотсеке. Использование GM 1 позволило увеличить скорость самолета на 45 км/ч, а потолок на 1400 метров. На самолеты устанавливали радары FuG 217 Neptun R-l, которые сообщали о том, что самолет попал в сферу действия локатора самолета противника. Радиооборудование дополняло устройство опознания «свой- чужой» FuG 25, радиоальтиметр FuG 101 и УКВ-радиостанция FuG 16ZY.