Для самолетов, эксплуатировавшихся на средиземноморском и североафриканских театрах военных действий использовали иную схему окраски. Верхние и боковые поверхности самолета покрывали песочного цвета краской RLM 79 Santlbraun (FS 595В – 33434). а нижние поверхности выкрашивали краской RLM 78 Hellblau (FS 595В – 35352-35414). Некоторые самолеты из LG 1, которые воевали в Северной Африке, были дополнительно камуфлированы нерегулярными пятнами, сделанными оливково-зеленой краской RLM 80 Olivegruen (FS 595В – 34052) на верхней поверхности фюзеляжа и крыльев.

В зимний период верхние поверхности самолетов Ju 88 (главным образом Ju 88А и Ju 88С) выкрашивали белой смываемой краской.

Несколько самолетов было доработано в вариант Ju-88A-6/U, предназначенный для борьбы с судоходством. На самолетах установили поисковые РЛС FuG-200 «Xохентвейль». Гондола демонтировалась. Экипаж самолета состоял из трех человек. Самолет, что на снимке, действовал на Средиземноморье с базы в Южной Италии в 1943 г.

Еще один оснащенный РЛС FuG-200 «Хохентвейль» борец с кораблями Ju-88A-6/ U. Виден откинутый люк кабины и приставленная к нему стремянка. Самолеты Ju-88A-6/U активно действовали в Средиземном море и в Арктике, в меньшей степени их использовали у побережья Франции. Машины данного тина состояли па вооружении Kampfgruppe-606, которая базировалась в Бресте.

Истребители Ju-88C из VJKG-40 часто летали над Бискайским заливом, где охотились за британскими морскими самолетами, которые, в свою очередь, не давали спокойно плавать U-ботам. Позже V./KG-40 были переименована в 1-ю группу Zerstorergeschwader- 1, но задачи группы не изменились.

Истребители Ju-88C из V./KG-40.

Самолеты Ju 88А-6, состоявшие на вооружении KG 54 и применявшиеся для нарушения коммуникаций союзников на Средиземном море получили особенное дополнение к стандартному камуфляжу, состоявшее из извилистых линий, сделанных краской RLM 76 Hellgrau (FS 595В – 36473) на верхних поверхностях самолета. У ночных бомбардировщиков Ju 88 часто нижние поверхности фюзеляжа, крыльев и оперения покрывали черной краской RLM 22 Schwarz (FS 595В – 37038).

Совершенно по-иному камуфлировались ночные истребители Ju 88С, G, R. Первое время самолеты Ju 88 (Ju 88С-2 и С-4 первых выпусков) целиком выкрашивались черной краской RLM 22. С 1943 года был введен новый камуфляж. Согласно новой схеме, весь самолет выкрашивался RLM 76, а на верхних и боковых поверхностях фюзеляжа, крыльев и оперения делали нерегулярные пятна темно-серого RLM 74 Grau (FS 595В – 36086). фиолетово-серого RLM 75 Violet-Grau (FS 595В – 36122) цветов. Изредка использовали зелено-серую краску RLM 02 Grau (FS 595В – 36165). В конце войны вместо краски RLM 76 в качестве базовой была использована светло-серая краска RLM 77 Lichtgrau (FS 595В – 36493).

Знак государственной принадлежности – балочный крест (Balken Kreuz) – наносили на верхнюю и нижнюю поверхности крыльев, а также по бортам фюзеляжа. На киле рисовали свастику (Hakenkreuz).

На фюзеляж также наносили знаки принадлежности к части. Эмблемы частей обычно располагали в передней части фюзеляжа под фонарем кабины.

В августе 1939 года 88-й испытательный отряд (Erprobungskommando 88) был переформирован в 1-й дивизион 25-го бомбардировочного полка (I./KG 25 – 1. Gruppe/ Kampfgeschwader 25), который планировалось оснастить новыми бомбардировщиками Ju 88A-I, однако из-за недостаточных поставок в дивизион направили и предсерийные Ju 88А-0. Дислоцировался дивизион на аэродроме в Иевере. 22 сентября 1939 года изменили его название на I./KG 30. 26 сентября четыре Ju 88А вместе с девятью Не 111Р и Не 111Н из 1./KG 26) нанесли бомбовый удар по английским кораблям в Северном море. Унтерофицер Карл Франке (Francke) сообщил о попадании 500 кг бомбы в авианосец «Арк Ройал» («Ark Royal»), пилот другого Ju 88А доложил о попадании в линейный крейсер «Худ» («Hood»). Хотя корабли Королевского Военно-морского флота в действительности не получили ни одного повреждения, гитлеровская пропаганда раструбила о том, что немцам удалось потопить «Арк Ройал». Франке был награжден Железным крестом I и II классов и произведен в лейтенанты. Во время очередного боевого вылета немцы потеряли гидроплан Do 18D, сбитый пикирующим бомбардировщиком Blackburn «Skua» с «потопленного» авианосца «Арк Ройал». 9 октября 21 Ju 88А и 127 Не 111Р и Н из KG 26 и LG 1 (LG – сокращение or Lehrgeschwader – учебный полк) совершили боевой вылет с целью атаковать английский флот, который предположительно находился на полпути между Шетландскими островами и побережьем Норвегии (район банки Викингов). Однако корабли противника обнаружить так и не удалось. Из полета не вернулся бомбардировщик Ju 88А оберлейтенанта А.Коля (Kohl). Вероятно у самолета отказали двигатели. Этот самолет открыл счет потерям Ju 88. 16 октября Юнкерсы из I./KG 30 атаковали английские корабли, стоявшие в заливе Фирс-оф-Форс. Главной целью бомбардировщиков был линейный крейсер «Худ», направляющийся в Росит. Когда немецкие бомбардировщики достигли порта, то выяснилось, что «Худ» встал в док. Как вспоминает командир I./KG 30 капитан Хельмут Поле (Pohle), экипажам было приказано не атаковать корабль, находящийся в доке. Дело в том, что в это время Германия пыталась заключить с Великобританией мир, а атака на док могла повлечь за собой жертвы среди гражданского населения, что было нежелательно. Поэтому была атакована запасная цель – легкие крейсера «Эдинбург» («Edinburgh»), «Саутхемптон»

(«Southampton») и эскадренный миноносец «Мухаук» («Mohawk»). Во время пикирования разрушился фонарь кабины самолета капитана Поле, а вскоре (14:45) его Ju 88А был сбит английским Supermarine «Spitfire» Mk. 1A из 602-го дивизиона RAF, пилотированным капитаном Г.Пинкертоном (Pinkerton). Поле попал в плен. В четырех милях к северу, около Порт-Сетон, истребители из 603-го дивизиона RAF сбили еще один Ju 88А (4D+DH) из I./KG (1-я эскадрилья KG 30). Экипаж сбитого самолета подобрал траулер «Дейспринг» («Dayspring»), а сам бомбардировщик вскоре подняли со дна. Английский пилот, сбивший Юнкерса, был награжден. Еще один Ju 88А. пилотируемый лейтенантом X. фон Райзеном (von Reisen), получил повреждения. но Райзен сумел дотянуть до аэродрома в Вестерлянде на острове Силт. На следующий день четыре Ju 88А из I./KG 30 под руководством нового командира дивизиона капитана А.Дёна (Doehn) совершили налет на военно-морскую базу в Скапа Флоу. На этот раз немцам удалось тяжело повредить учебный корабль (бывший броненосец) «Айрон Дюк» («Iron Duke»). Один из Юнкерсов был сбит зенитной артиллерией англичан и рухнул на остров Хой. 3 декабря 1939 года из разведывательного полета над Англией не вернулся Ju 88А из 3.(F)/I22 (F – сокращение от Fernautklaerungsgruppe – группа дальней разведки). 3 февраля 1940 года английский тральщик, патрулировавший район Морей Фирс сбил самолет из 2./ KG 30, пилотированный командиром эскадрильи капитаном X.Розенталем (Rosenthal). Экипаж самолета попал в плен. Еще через шесть дней 2./KG 30 потеряла еще один Ju 88А. В феврале и марте самолеты I./KG 30 и II./K.G 30 атаковали английские морские пути. 29 марта 1940 года корабельная зенитная артиллерия англичан сбила самолет оберлейтенанта Р.Квандта (Quandt). Весной 1940 года в бой вступили новые части, оснащенные бомбардировщиками Ju 88А. 11. KG 30 был сформирован 1 декабря 1939 года в Барте, а I1I./KG 30 – 1 января 1940 года. Всего на вооружении KG 30 находилось 84 самолета Ju 88А. На стадии перевооружения находились и другие полки, в том числе KG 4, KG 51 и LG 1. Подготовка экипажей шла в учебной части – Lehrgruppe 88.