Модификация Ju 88А-13 задумывалась как штурмовик, в обязанности которого входила бы поддержка пехоты на поле боя.

Начиная с января 1942 года было переделано несколько серийных Ju 88А-4. Самолеты Ju 88А-13 получали дополнительное бронирование кабины, бензобаков и нижней поверхности мотогондол. Воздушные тормоза с таких самолетов снимали. На внутренних бомбодержателях можно было подвесить контейнеры AB 250. AB 500 или AB 1000 (цифра в наименовании означает массу бомб, находящихся в контейнере), заполненных маленькими бомбами SD 2 массой по 2 кг каждая. В бомбоотсеке предусматривалась подвеска для классических фугасных, зажигательных и осколочных бомб.

На бомбодержателях ЕТС 250 устанавливали контейнеры (так называемые Waffenbehaelter) с скорострельными пулеметами, предназначенными для поражения наземных целей. Использовали два типа контейнеров: WB-81A, в которых размещались три спаренные пулемета MG 81Z, или WB-8IB с идентичным вооружением, но пулеметы фиксировались под углом 15 гр к горизонту.

Ju 88А-13 в небольшом количестве использовался на Восточном фронте в 1942- 1944 годах.

Снимок времен Битвы за Британию одного бомбардировщика Ju-88 сделан из кабины другого. Ведомый Юнкерс атакует британский «Харрикейн». Истребитель с трудом разичим между мушкой и кольцом прицела пулемета MG-15.

Гримаса войны – ушлый англичанин перекачивает ручным насосом бензин из баков сбитого Ju-88 (самолет из KG-54) в бак своего кара. Юнкерс выполнил вынужденную посадку на брюхо под Тагмиром в Саесексе. Данного рода операции в Великобритании уголовно наказывались, но – быстро поднятое не считается упавшим! Особенно если никто не видит.

Опыт боевого применения самолета Ju 88 выявил необходимость усилить вооружение самолета пушкой. Пушка требовалась не только для борьбы с истребителями противника, но и для поражения наземных целей.

В полевых условиях переднюю установку оснащали пушкой MG FF. Она крепилась на неподвижном лфете справа от места бомбардира. При этом бомбоприцел Lotfe снимали с самолета. «Глаз жука» при этом замазывали краской или закрывали листовым железом. Боезапас – 120 выстрелов в дисковых магазинах – хранился в кабине самолета. Существовала возможность переделки всех типов Ju 88А, однако ей подвергались, главным образом, самолеты Ju 88А-4 и Ju 88А-5. Самолеты, оснащенные пушками, использовали во многих частях, в том числе в KG 54. 30, 76 и 77, LG 1 и в разведке.

Успех Ju 88А, оснащенного пушкой, склонили фирму Юнкерса к разработке серийной версии Ju 88А-14. Самолеты Ju 88А- 14 несли пушку не внутри кабины, а в гондоле под фюзеляжем. Пушка размещалась в передней части гондолы, а на месте бомбоприцела находился эжектор гильз. В полевых условиях было переделано несколько Ju 88А-4, от серийных машин переделки отличались способом крепления пушки.

Ju 88А-15 представлял собой бомбардировщик Ju 88А-4 (SL+PC. W.Nr 140561, самолет также носил обозначение прототипа Ju 88V60), с бомбоотсеком увеличенного объема. С самолета сняли бомбодержатели и гондолу. От прежнего оборудования оставили только бомбоприцел Lotfe и перископ. Сокращенное бортовое вооружение состояло из двух пулеметов MG 15 или MG 811 в задней установке и пулемета MG 811 в передней установке. В хвостовой части самолета предусматривалось место для неподвижно закрепленного пулемета Рейнметалл- Борзиг MG 17 калибра 7.92 мм. Серийно Ju 88А-15 не выпускался.

Данная модификация представляла собой дальнейшее развитие учебно-тренировочного самолета на базе Ju 88. В современной литературе, посвященной Ju 88А-16, трудно установить к какой конкретно модели относился этот самолет. Некоторые источники утверждают, что это была учебная модель для Ju-88, другие, более многочисленные источники утверждают, что А-16 был учебной машиной для Ju 88А-15

Боевой опыт применения самолетов Ju 88А-4 'I гор показал необходимость выпуска малой серии торпедоносцев, обозначенных как Ju 88А-17. На самолетах этого типа не было подкабинной гондолы. На некоторых самолетах серии устанавливали морской радиолокатор FuG 200 HohenUveil.

Самолет Ju 88 А-17 использовали в некоторых боевых частях, в том числе в KG 26, 76 и KueFlGr 506.

Во время работы над проектами самолетов Ju 85 и Ju 88 было создано два типа кабины пилота. Кроме классической, которую потом внедрили в производство, создали и полностью остекленную кабину без уступа в передней части. Кабину похожей конструкции в последствии использовали на самолете Do 217K. Такие самолеты получили обозначение Ju 85В и Ju 88В. Был построен полный макет кабины Ju 85В.

В 1939 году проектные работы нал самолетом Ju 88В продолжились. Для испытаний взяли планер от Ju 88А-1. на который установили двигатели Jumo 213 мощностью 1102 кВт/1500 л.с. и комплексную кабину. Однако в воздушном комиссариате решили продолжать выпуск Ju 88А и ограничиться только маленькой серией Ju 88В.

В 1940 году двигатели Jumo 213 заменили на радиальные (двойная звезда) 14- цилиндровые двигатели BMW 801МА мощностью 1176 кВт/1600 л.с.

Более шести месяцев, начиная с сентября 1940 г. бомбардировщики Ju-88 летали ночами бомбить Британию. Эти операции получили известность как «Ночные блитцы». На старт выруливает Ju-88 с четырьмя бомбами SC-250 на внешней подвеске.

Ju-88 с регистрацией «ЕЕ205» и опознавательными знаками RAF на оценочных испытаниях. Самолет был построен как Ju-88А-6 и снабжен устройством для резки тросов аэростатов награждения, за исключением этих устройств самолет полностью идентичен Ju-88 А-5.

Всего построили три прототипа: Ju 88V23 (D-ARYB. в последствии NK+AO), поднявшийся в небо 19 июня 1940 года, представлял собой бомбардировочную версию самолета, Ju 88V24 (D-ASGQ, в последствии NK-AP) – разведывательную версию, а Ju 88V25 (NK+AK) – версию тяжелого истребителя. Прототип V24 облегали 30 июля, а V25 – 26 сентября 1940 года. Эти три машины должны были стать эталонами трех серий: бомбардировщиков Ju 88В-1. разведчиков Ju 88В-2 и тяжелых истребителей Ju 88В-3.

Вооружение самолетов типа Ju 88В-3 (тяжелых истребителей) состояло из трех неподвижно установленных пулеметов MG 17 и пушки Маузер 151/20, также неподвижно закрепленной в правой передней части фюзеляжа. Ju 88В строили на базе фюзеляжа Ju 88А-1 и крыльев Ju 88А-5.

Во время испытаний обнаружилось, что Ju 88В не намного превосходит Ju 88А, поэтому RLM отказался от выпуска этого самолета. Было заказано только десять машин нуль-серии – Ju 88В-0. Эти самолеты строили на базе фюзеляжа Ju 88А-4, отличие заключалось в том, что хвостовая часть фюзеляжа была удлиненна, чтобы сохранить центровку самолета. Все самолеты планировали использовать в качестве разведчиков, поэтому на них не ставили бомбоприцелы, бомбодержатели и воздушные тормоза. В переднем бомбоотсеке оборудовали дополнительный бензобак, а в заднем установили три фотокамеры типа Robot, предназначенных для плоскостной и перспективной аэрофотосъемки. Две камеры разместили в левой части бомбоотсека, а одну – в правой. Вооружение самолета состояло из трех спаренных пулеметов MG 81Z в передней, задней и нижней установках. Самолеты Ju 88В- 0 использовали в разведывательной группе командования Люфтваффе (Aufklaerungsgruppe des Oberbefehlshabers der Luftwaffe), которая в 1940-1941 годах действуя с аэродромов в Мельце и Кракове-Раковицах производила разведывательные полеты над территорией Советского Союза. Самолеты Ju 88В использовали и в качестве опытных образцов, например Ju 88V27 и Ju 88V32.