Жестоким инквизитором был и новгородский архиепископ Феодосий Яновский, действовавший против раскольников вместе с Преображенским приказом и Тайной канцелярией. А местоблюститель патриаршего престола Стефан Яворский вслед за епископом Питиримом в своём произведении «Камень веры» пытался теоретически обосновать необходимость жестоких гонений против «врагов» церкви, отмечая, что в народе часто бывают споры о вере — «пререкования и противословия». Осуждая тех, кто считал кровавый террор несовместимым с «кротостью церкви», он доказывал необходимость и «спасительность» смертной казни для церковных противников, ссылаясь при этом на опыт католической инквизиции. «Опыт показывает, — писал он, — что многие еретики, как донатисты, манахеи, альбигойцы и пр., оружием истреблялись»²². Он приводил также высказывания одного из столпов церкви — Августина о необходимости казнить еретиков. Подобно католическим инквизиторам Стефан доказывал, что церковь, предавая еретиков смерти, заботится прежде всего о спасении их души. «Если праведно убивать человекоубийц, злодеев, чародеев, — говорил он, — то тем более еретиков, которые паче разбойников душу убивают и в царстве мятеж всенародный творят»²³. Призывая церковных мятежников к покаянию, Стефан грозил им, что в случае отказа «церковь оружие своё очистит, лук свой напряжёт и возбудит сердца властелинов на месть расколу… И тогда достойную месть лютой кончиной воспримите»²⁴.

Инквизиторской жестокостью по отношению к противникам государственной церкви проникнут и «Духовный регламент», составленный архиепископом Феофаном Прокоповичем и утверждённый Петром в 1720 г. Людей, порвавших с официальной церковью, Духовный регламент называет «лютыми неприятелями, государству и государю непрестанно зломыслящими». Для борьбы с раскольниками регламент также предписывал наказывать их смертью и разорением их жилищ. Он мобилизовал для этого не только служителей культа, но и все население, обязывая всех доносить на раскольников церкви. За доносы «доводчикам» было обещано вознаграждение. Регламент считал, что лучшее средство распознать раскольников — это церковное причастие. За нехождение к исповеди и причастию назначались штрафы. Для раскольников ввели особое платье, которое должно было посрамить их в глазах народа. Особые штрафы назначены были за ношение бороды: раскольники считали бороду существенным признаком «истинного» православия.

Феофан создал также особый институт духовных инквизиторов, которые должны были «с прилежнотщательным радением» следить за деятельностью епархиальных архиереев по борьбе с расколом. Первым протоинквизитором был назначен игумен московского Данилова монастыря Пафнутий. С 1721 г. дела об антицерковных выступлениях велись непосредственно и во вновь организованном Синоде — высшем органе по управлению делами православной церкви. Если требовался допрос «с пристрастием», то обвиняемых посылали в Сыскной приказ. На основании утверждённых в 1722 г. «Докладных пунктов Синода» Сыскной приказ обязан был оказывать Синоду помощь в его борьбе с церковными противниками. Так, Синод отправил в 1743 г. в Сыскной приказ крестьянина села Покровского Полуекта Никитина, обвинив его в том, что он-де «злейший враг церкви и благочестия противник». Несмотря на преклонный возраст Никитина (ему было 70 лет), его подвергли пыткам — подняли на дыбу и били кнутом. Никитин умер под пытками, не раскаявшись в том, в чем обвиняли его духовные власти. Таким же пыткам подвергли крестьянина Павла Сахарова, который во время насильственного причастия выплюнул «святые дары». Его отослали в «крепких кандалах» в московский Высокопетровский монастырь, дважды пытали, а затем за «богохульство и противность» приговорили к сожжению.

Раскольников, бежавших в Сибирь, ловили и отправляли на вечную каторгу в Рогервик (порт на берегу Балтийского моря), раскольничьи поселения, монастыри и скиты громили, «дабы и след того места не знаем был». Мощи, чтимые раскольниками, и могильные памятники раскольнических учителей истреблялись.

В 1722 г. Синод направил в Выговскую пустынь монаха Неофита для расправы с раскольниками. Другой представитель Синода, монах Иосиф Решилов разгромил стародубских раскольников на Украине. Даже представители светской власти называли монаха Решилова развратником, хищником, наглым проходимцем и грабителем Стародубского края. Представители Синода обладали большими полномочиями и наводили ужас на население. За укрывательство и защиту раскольников синодальные инквизиторы наказывали как «за противность власти». Жестокая расправа Решилова с крестьянами была причиной крестьянских восстаний. Поэтому Сенат хотел пресечь деятельность этого инквизитора, но Синод не дал его в обиду²⁵. Большой воинский отряд в 1735 г. перешёл польскую границу и вторично разгромил крупнейшее раскольничье поселение Ветку. Были сожжены дома ветковских крестьян, монастырские постройки, церковь. Инквизиторы захватили свыше 13 тысяч раскольников и отправили их в глубь России. Раскольнический учитель Варлаам был заключён под крепким караулом в нижегородский Печерский монастырь, чтобы он как сказано в решении, не мог «рассевать плевелы своего учения».

В синодальной канцелярии содержали раскольников в таких условиях, что многие из них не выдерживали тяжести заключения, болели и умирали. Чтобы разгрузить свою тюрьму, Синод в январе 1732 г. велел 173 заключённых синодальной канцелярии разослать по монастырям для содержания «в цепях и железах и в трудах монастырских неисходно».

Полномочия церковных властей по борьбе с расколом все расширялись. При епископах были организованы особые мирские суды по раскольническим делам, следствие по этим делам велось в Приказе церковных дел. По настоянию Синода раскольнические дела были причислены к «злодейственным», «понеже, — как сказано в указе, — раскольничья прелесть упрямства наполненная, правоверию противна и злодейственна»²⁷.

Особо важные дела рассматривались в Канцелярии тайных розыскных дел, но и тут на допросы и пытки являлись представители Синода. Так, в декабре 1720 г. Тайная канцелярия вела следствие о раскольнике Якове Семенове. Присутствовавший при допросах архимандрит Александро - Невского монастыря Феодосий предложил Семёнова нещадно бить кнутом и, сослав в Соловецкий монастырь, держать в земляной тюрьме «до кончины жизни неисходно». Так и было сделано. В распоряжение Синода для борьбы с раскольниками предоставлялись воинские отряды. Кроме того, повсеместно рассылались синодские указы о выделении в распоряжение епархиальных властей воинских команд.

Для усиления борьбы с церковными противниками Синод издал в 1721 г. особые «Пункты для вразумления раскольников», составленные архимандритом Заиконоспасского монастыря Феофилактом Лопатинским и архимандритом Златоустовского монастыря Антонием. В этих «пунктах» вновь была сделана ссылка на постановления Кормчей книги об еретиках и на необходимость их наказания по «градским» законам. Синод ссылался также на постановления церковного собора 1666/67 г. и на Уложение 1649 г. Гражданской власти оставалось только выполнять решения Синода о наказании еретиков.

При Синоде была организована в 1723 г. особая розыскная раскольническая канцелярия, во главе которой стояли инквизиторы — тверской архиепископ Феофилакт Лопатинский и иеромонах Афанасий Кондоиди. По данным Синода, из 190 тысяч записавшихся в раскол с 1716 по 1737 г. обращено в православие, бежало, сослано на каторгу и умерло в результате гонений 111 тысяч²⁸. Феофилакт составил особое руководство для церковников — «Обличение неправды раскольнической». В нём раскольники именовались «злокозненными и деревенскими мужиками».

В 1745 г. «Обличение» дополнил известный ростовский митрополит Арсений Мациевич. И он не жалел бранных слов по адресу раскольников, называя их «сатановерами», «хищными волками, душепогубительными бесами». Приводя примеры из Ветхого и Нового заветов, а также из церковной истории, Арсений доказывал право церкви на физическое уничтожение ее врагов. «Учение Христа, — говорил он, — даёт к тому достаточно оснований»²⁹. И сожжение раскольников как врагов церкви в этот период было далеко не редким явлением.