Бесчеловечные поступки духовных властей, разорявших жилища и хозяйства крестьян и подвергавших их мучительным наказаниям, вызвали волну жалоб и протестов. Крестьяне писали о своих мучителях, что те «во всём жестоки, гневны, наглы, люты, яры, страшны, ненавистны, мерзки». Когда в 1761 г. сожглись 150 раскольников - заводских людей деревни Кузино Исетского округа Оренбургской губернии, правительственная комиссия была вынуждена признать, что причиной самосожжения были «непорядочные поступки» духовной консистории и разорения, чинимые священниками и командой⁴⁸.

На попа Сокольского и других представителей церкви, беспощадно расправлявшихся с крестьянами - раскольниками, жаловались также дворцовые власти, так как бегство и разорение крестьян подрывало дворцовое хозяйство. Эти жалобы, однако, успеха не имели49. Церковниками недовольны были также заводчики и управители казённых заводов. Они писали, что в результате преследований работные люди оставляли заводы, что заводские работы во многих местах останавливались и что казна терпит из-за этого большие убытки. Но бороться с церковными инквизиторами было трудно. «Убытки души больше всех убытков», обычно отвечали они. Правительство не только не осуждало духовные власти за бесчеловечную расправу с раскольниками, но защищало их от нападок светских властей. А для борьбы с самосожжением оно установило для их участников политическую смерть: самосожигателей, не сгоревших на кострах, клали на плаху, объявляли им смертный приговор, а затем, подняв с плахи, посылали в каторжные работы.

Самосожжения происходили также под влиянием агитации расколоучителей. Восхваляя самосожжение как искупительную жертву, как «новое крещение в огне», они старались уверить обманутых ими крестьян, что самосожжение является богоугодным делом, обещая за это царство небесное и райское блаженство. Сами же расколоучители, проповедуя вечную славу от «самоубийственных смертей», предпочитали спасаться от огня. В 1687 г. в скитах на реке Печёнке Тюменского уезда по наущению старцев на глазах ратных людей сожглось до трёхсот крестьян, старцы же, организовавшие сожжение, «выметались из окон»⁵⁰. Организатор «гари» в Палеостровском монастыре Емельян Иванов сам не сгорел, а, захватив монастырскую казну, бежал. В 1745 г. сожжение раскольников в местечке Лебедяны Каргопольского уезда организовал поп Ефим Иванов; сам же от огня скрылся. Под влиянием агитации расколоучителя Даниила Санникова в 1751 г. сгорело 70 крестьян деревни Гусевой Тюменского ведомства. Санников исчез, а затем появился в других местах, где также вёл агитацию среди крестьян за сожжение.

Не всегда раскольники, крестьяне и работные люди пассивно относились к «грабительству» и «разорению», которые чинили им представители церкви. Они оказывали им часто активное сопротивление. В 1687 г. крестьяне - раскольники, вооружённые ружьями и дрекольем и имевшие даже пушки, захватили Палеостровский монастырь в Челмужском погосте Олонецкого края, уничтожили церковную утварь, монастырские жалованные грамоты и купчие крепости, а игумена Феодосия с десятью монахами связали и бросили в погреб. Для освобождения монастыря был снаряжён большой воинский отряд во главе с протопопом. Восставшие крестьяне держали монастырь в осаде в течение шести недель. После отчаянного сопротивления осаждённые решили сжечь себя и монастырь. В огне сгорело около 2700 человек. В 1689 г. крестьяне - раскольники вновь захватили Палеостровский монастырь, на этот раз они владели им около девяти недель. Оказав воинскому отряду отчаянное сопротивление, во время которого было убито и ранено свыше 50 человек, крестьяне вторично подожгли монастырь, а себя предали сожжению⁵¹. В 1693 г. раскольники захватили церковь Пудожского погоста, изгнали священников и разграбили утварь. Для наказания восставших царский воевода Стрешнев послал воинскую команду с духовенством. Команде было велено сжечь крестьянские дома, а их самих отправить в тюрьму. Уйдя от отряда в деревню Строкино, крестьяне - раскольники заперлись в четырёх избах и после отчаянного сопротивления предали себя сожжению, понося церковь и духовенство, называя церковь «вертепом разбойников», а священников — «волками врата адова».

Ожесточённое сопротивление царским войскам оказали в 1738 г. крестьяне -раскольники деревни Шадрино Тобольской провинции. Они превратили свою деревню в настоящую крепость и яростно сопротивлялись воинской команде, во главе которой стоял воевода Шапошников. Видя своё бессилие в борьбе с царскими войсками, раскольники затем сожглись (в огне погибло более трёхсот человек). В деревне Шарташской около Екатеринбурга в июне 1761 г. 200 крестьян - раскольников встретили ножами, дубьём и кольем священников, отправившихся для борьбы с расколом, и хотели их убить. Церковников с трудом спасла воинская команда.

В результате жестокой расправы духовного ведомства с раскольниками в течение XVIII в. было сожжено 1733 человека, а всего самосожжению подвергло себя 10567 человек⁵². Многие крестьяне - раскольники бросали свои дома и бежали в глухие места, куда не доходили ещё церковные заказчики, а также за границу - в Польшу и Литву. Бегство крестьян и работных людей наносило серьёзный ущерб помещикам и заводчикам. Правительство было вынуждено принять некоторые меры против расправы духовных властей с работными людьми. В 1761 г. особым сенатским указом духовным командам был запрещён въезд в заводские посёлки, а гражданским властям предписывалось не оказывать больше духовным командам содействия в розыске раскольников. Екатеринбургская раскольническая контора была переведена в Тобольск, где духовные власти продолжали свою деятельность по борьбе с расколом. И все это делалось во имя торжества православия, для подавления свободы совести.

В феврале 1762 г. Раскольническая контора была закрыта, однако преследования раскольников не прекратились. После ликвидации Раскольнической конторы самосожжение перестало быть массовым явлением, однако в отдельных случаях оно продолжалось. И в этих случаях самосожжение было часто ответом на притеснения, которые чинились по отношению к раскольникам царскими чиновниками и духовными властями. В 1764 г. в деревню Любачи Новгородской губернии прибыла воинская команда во главе с монастырским игуменом. Они потребовали от крестьян, чтобы те перешли в православие. Крестьяне сопротивлялись команде в течение двух месяцев, а затем предали себя огню. В 1771 г., как сообщил ростовский епископ Афанасий, в Островском лесу Пошехоновского уезда сожглось 14 раскольников, а в 1787 г. 53 раскольника — взрослых и детей — нашли смерть в озере Сазыкуль Екатеринбургской губернии⁵³.

Отдельные случаи самосожжения наблюдались и в XIX в. Так, в 1812 г. на юге России крестьяне хутора Костенки в виде протеста против царской власти сожгли себя в пещере. В 1860 г. в Олонецкой губернии в срубе сгорело 15 человек, а в конце 1896 г. близ Тирасполя в Терновских плавнях Федор Ковалев заживо закопал 25 человек «ради их спасения и избавления от власти антихриста».

Суровые преследования раскольников осуждались прогрессивными деятелями того времени. Они писали, что «духовенство… исполнилось гордыней, вооружилось ненавистью и гневом, что оно свирепствует над народом, заставляет его итти в ссылку и даже на смерть». Даже некоторые представители духовенства вынуждены были признать, что безмерная строгость церковников, подвергавшая народ унижению, бесчестию, потере имущества, жён и детей, а часто и жизни, вызывала ненависть к духовенству и сопротивление⁵⁴.

Несмотря на сопротивление со стороны церкви, массовый террор к раскольникам стал ослабевать. К этому времени раскол перестал быть оппозиционным течением и в значительной степени утратил характер социального протеста против феодально - крепостнической эксплуатации. Идейное руководство расколом перешло в руки зажиточных элементов. Раскол превратился в одну из форм церковной организации, которой вершили эти зажиточные элементы. Несмотря на протесты духовенства, правительство было вынуждено ликвидировать Раскольническую контору и отпустить содержащихся в тюрьмах раскольников, освободить их от уплаты двойного подушного оклада. Это не мешало, впрочем, вновь возбуждать против людей, не желавших подчиниться господствующей церкви, жестокие преследования. Так, в августе 1799 г. в Новороссийской губернии около 30 духоборов были сосланы в Екатеринбург навечно в каторжную работу. Их велели содержать скованными и использовать на наитягчайших работах, чтобы они, как сказано в синодском указе, «отвергающие вышнюю власть на земле, восчувствовали, что есть на земле эта власть»⁵⁵.