В башне Соловецкого монастыря, носившей название Корожня, тюремные кельи были устроены на каждом этаже. Это были маленькие и тёмные каморки с небольшими отверстиями вместо двери, через которые узник с трудом мог пролезть внутрь. Ещё в XIX в. местные жители рассказывали о суровом режиме в этой тюрьме — заключённых морили дымом, замуровывали, пытали (для пыток служил нижний этаж башни). Тюрьма Соловецкого монастыря постоянно расширялась. В 1798 г. под тюрьму было приспособлено выстроенное ранее здание, а в 1842 г. и этого оказалось мало: для узников построили специальное трёхэтажное здание и особые казармы для тюремной охраны. В новой тюрьме в полуподземном нижнем этаже были небольшие чуланы, без лавок и окон, куда помещали особо важных преступников.

Среди монастырских тюрем первое место, особенно в XIX в., занимала тюрьма при суздальском Спасо-Евфимиевом монастыре, основанном около 1350 г. Эта тюрьма существовала с 1766 г. и с ростом антицерковного движения все время расширялась. В 1824 г. под тюрьму было переделано старое помещение духовной семинарии, находившееся за крепкими монастырскими стенами. В 1889 г. к тюрьме был присоединён каменный флигель на 22 одиночные камеры⁵.

Тюремные помещения были и в других монастырях — Антониево-Сийском на Северной Двине, Новгород-Северском, Кирилло-Белозерском и др. Кирилло-Белозерский монастырь, основанный в 1397 г., известен как место ссылки и заключения опальных бояр и церковников. Здесь побывали в XVI-XVII ее. князья Воротынские, Шереметьевы, Черкасские, советник Ивана IV Сильвестр, князь Шуйский, митрополит Иосиф, патриарх Никон. В монастыре была ещё особая тюрьма около Косой башни, в которую помещали за «слова и дела против царя», за «сумасбродство», за раскол и сектантство. В 1720 г. в эту тюрьму за «непристойные слова» попал Иван Губский — его велели содержать в кандалах и использовать на монастырской работе «до скончания века». Ещё в 1856 г. в этой тюрьме сидел лодзинский учитель Миневич, осуждённый в 1839 г. за «возмущение крестьян против правительства»⁶.

В петербургский Александро-Невский монастырь помещали особо важных раскольников, захваченных церковными следователями и доказчиками в разных местах. Следствие над ними вели синодальные инквизиторы. Отсюда узники часто попадали в Тайную канцелярию для «дознания истины», т.е. для пыток. Каменные мешки были и в московском Симонове монастыре. Женщин держали в тюрьмах таких монастырей, как суздальский Покровский, Долматовский, Кашинский, Иркутский, Рождественский и др. В Орловской губернии раскольников заточали в монастырь в селе Столбове Дмитровского уезда. Особое здание для «колодников» было выстроено в 1758 г. при московском Сретенском монастыре.

«Церковных мятежников» часто помещали в монастыри, где не было специальных тюремных зданий. Например, в 1760 г. в Берлюков монастырь был отправлен после наказания плетьми крепостной крестьянин Иван Варфаломеев «за богохульные и тяжко предерзостные хульные речи на евангелие». Он жил под караулом и выполнял самые тяжёлые монастырские работы⁷. Специальное помещение для узников имели и архиерейские дома. Например, в Коломенском епископском доме, как рассказывает Павел Алепский, была большая тюрьма с железными колодками для преступников. По условиям заключения эта тюрьма не уступала Соловецкой. Узников держали также в подвалах московских Успенского и Преображенского соборов⁸. В Троице-Сергиевой лавре, кроме подвала, имелись ещё особые кельи, без дверей, с одним лишь отверстием. В Москве подследственных содержали в тюрьме, устроенной в подвале консисторского архива, а также в особой палате Знаменского монастыря. В 1758 г. находившихся здесь колодников перевели в Сретенский монастырь, где для них было построено особое тюремное здание.

Отдалённость многих монастырей от населённых пунктов, высокие монастырские стены (например, в Суздальском Спасо-Евфимиевом монастыре стены были высотой свыше 27 метров, а толщиной 2 метра) и надёжная охрана делали невозможным побег из монастырских тюрем, и узники проводили в них часто всю жизнь «до скончания живота».

В монастырских тюрьмах режим был более суровый, чем в каторжных. Роль тюремщиков выполняли сами монахи, они же наблюдали за приставленными сторожами, а комендантом монастырской тюрьмы был архимандрит, обладавший неограниченной властью. Главным тюремщиком Спасо-Евфимиева монастыря был известный архимандрит Серафим Чичагов, в прошлом полковник царской армии. За организованный им жестокий тюремный режим его обласкал царь и назначил орловским архиепископом. Режим в Соловецкой тюрьме был также настолько суров, что в 1835 г. правительство назначило специальную ревизию этой тюрьмы, так как в обществе много говорили о бесчеловечных условиях содержания в ней узников. Проводивший ревизию жандармский полковник Озерецковский был вынужден признать, что узники Соловецкой тюрьмы несли наказание, значительно превышавшее их вины. В результате ревизии некоторые узники были освобождены, других из монастырской тюрьмы перевели в обычные кельи. Облегчение режима продолжалось, однако, недолго. Камеры Соловецкой тюрьмы вскоре вновь заполнились узниками.

В монастырскую тюрьму попадали и такие лица, как новгородский архиепископ и первый вице-президент Синода Феодосии Яновский — соперник и враг всесильного архиепископа Феофана Прокоповича. Феодосий Яновский боролся против ограничения церковной власти и подчинения ее государству, против попыток отобрать у церкви ее имения. Он говорил, что введение монастырских штатов 1701 г. является порабощением духовных пастырей, что «пасомые овцы власть над пастырями возымели» и что неожиданная смерть Петра I была небесной карой за присвоение им власти над духовенством. «Только коснулся он духовных дел и имений, — писал Феодосий, — как бог его взял». Особой присягой он обязал подчинённых ему служителей церкви бороться против ограничения церковной власти, против «тиранства над церковью». Феодосия обвинили в «злохулительных» словах против Екатерины I, в «предерзостных упротивностях», а также в расхищении церковных ценностей. 12 мая 1725 г. с Феодосия сняли архиепископский сан и вместо смертной казни сослали в Николаевско-Корельский монастырь. Здесь его поместили в каменную тюрьму под церковью, в которой предварительно был снят деревянный пол и разрушена печь. Камеру запечатали особой печатью, и узника стали называть «запечатанным старцем». Пищей ему служили хлеб и вода. Феодосий не выдержал тяжести заключения и вскоре умер⁹. Секретаря Феодосия Семёнова обвинили в том, что он знал о «злохулительных словах», которые произносил Феодосий, и не донёс на своего «владыку». За «укрывательство» ему отсекли голову¹⁰.

В 1661 г. ростовский митрополит Иона рассматривал дело о «церковных развратниках» — ростовском портном Богданове и его учениках, посадском человеке Федоре Логинове и огороднике Постникове. Их обвинили в том, что они не ходят в церковь, не выполняют церковных обрядов, оскорбляют иконы, мощи называют куклами, священников — мучителями, а патриарха Никона — лживым отцом, предтечей антихриста. По окончании следствия митрополит Иона передал обвиняемых светскому суду. По настоянию митрополита их подвергли допросу «с пристрастием», т.е. пытали. Во время жестоких пыток Богданов держался мужественно и не отказался от своих убеждений. За «неистовые речи и развратие церковного устава» Богданова отправили в Кандалажский монастырь на Кольском полуострове с предписанием держать с «великим бережением». Он был заключён в каменный мешок, где находился в кандалах, лишённый света, мучимый холодом и голодом.

У ростовского архиерея Георгия Дашкова были немалые «заслуги» перед самодержавием — он принимал активное участие в подавлении астраханского стрелецкого восстания 1706г. Но Дашков выступал против ограничения имущественных прав церкви, пытался восстановить патриаршество, возмущался всесильным Феофаном Прокоповичем, осуждая его жестокость. «Сколько людей погубил Феофан совершенно напрасно, — писал он, — измучил, сжёг медленным огнём, подверг пыткам и заточениям без всякого сострадания и сожаления». В 1734 г. Георгия Дашкова обвинили в выступлении против правительства, во взяточничестве и разорении епархии. Его лишили сана и сослали «под крепкое смотрение» в вологодский Спасо-Каменский монастырь на Кубенском озере, но и здесь Дашков не перестал осуждать правительство за ограничение им церковных привилегий. За «неспокойствие и подозрение» его отправили за 7000 километров в Нерчинский монастырь для содержания в одиночном заключении «до смерти, неисходно»¹¹.