В башкирских восстаниях 1745 и 1755 гг. против феодально-крепостнического гнёта, осложнённого ещё национальными притеснениями, также наблюдался протест против насильственной христианизации. В воззваниях предводителя восстания 1755 г. Батырши указывалось на невыносимое положение мусульман, на тяжёлые условия работы на заводах. Батырша призывал насильственно крещённых башкир выступать заодно с «истинными мусульманами»⁷.

Для расширения миссионерской деятельности православной церкви в 1738 г. при свияжском Богородицком монастыре была организована Новокрещенская контора. Она ставила своей целью «умножение христианского закона» среди мусульманского населения Поволжья «для вятщего утверждения в вере». Это была настоящая инквизиторская организация. Наделённая большими полномочиями, контора насаждала православие среди народов нерусской национальности не стесняясь в средствах. Новокрещенская контора действовала до 1764 г., т.е. 26 лет, и за эти годы вызвала всеобщую ненависть и возмущение. Посылаемые в татарские и башкирские деревни священники-миссионеры, эти, по словам В. И. Ленина, «жандармы во Христе» под видом «спасения неверных душ» проводили политику угнетения нерусских народов. Они заставляли их креститься, подвергали смертельным побоям, разоряли их хозяйства, а доносчиков награждали. Руководивший Новокрещенской конторой архимандрит Сильвестр старался оправдать кровавый террор, проводившийся его инквизиторами. Но возмущение деятельностью Сильвестра было так велико, что Синод был вынужден назначить вместо него другого. Не лучше был и новый инквизитор Лука Конашевич. Он разрушал татарские мечети, на их месте строил церкви, подвергал татар-мусульман жестоким наказаниям, заточал в тюрьмы, разорял их дома и деревни. Синод поддерживал своего ставленника, проклиная мусульман и мусульманское учение, называя Магомета «самым студным лживым пророком» (указ от 24 декабря 1750 г.). Деятельность Луки Конашевича вызвала глубокое возмущение. Татары писали в своих жалобах, что если их будут и дальше принуждать креститься, они оставят свои дома и деревни и уйдут в леса. Луку Конашевича перевели в Белгород епископом, но память об этом жестоком инквизиторе осталась надолго. В народном предании рассказывается, что Лука Конашевич стремился всех татар превратить в русских и что по жалобе татар министры осерчали на него и сослали в Сибирь⁸.

Не меньшее возмущение вызвала деятельность другого представителя Синода, стоявшего во главе Новокрещенской конторы, епископа Дмитрия Сеченова. Татары и башкиры жаловались, что Сеченов силой принуждал их креститься, погружая в купель связанными, держал многих в тюрьме под караулом в кандалах и колодках и подвергал мучительным побоям. Действуя на основании указа Синода от 14 февраля 1743 г., Сеченов сжигал мусульманские кладбища и молельни, разорял крестьянские дома, рубил в них окна и двери, выламывал печи. В результате крестьяне пришли «в конечное разорение». С такими же жалобами обращались чуваши Ядринского и Курмышского уездов на инквизитора игумена Неофита, на курмышского протопопа Куприяна и др.⁹, но эти жалобы успеха не имели: Синод своих инквизиторов не давал в обиду. Действуя огнём и мечом, Сеченов за один год сумел обратить в православие свыше 17 тысяч татар. Его перевели в Нижний Новгород, и здесь за четыре года он заставил принять православие более 30 тысяч человек. За свою «деятельность» и за поддержку Екатерины II во время дворцового переворота этот инквизитор был щедро награждён: он получил в личное владение тысячу душ крепостных, богатые денежные подарки и стал первоприсутствующим членом Синода¹⁰.

Центром насильственной христианизации татар был также казанский архиерейский дом, которому в середине XVIII в. принадлежало до четырехсот населённых пунктов.

Пропаганда ислама и тем более обращение в мусульманство запрещались под страхом смерти. Нельзя было строить новые мечети, старые же разрушались. Только при епископе Луке Конашевиче за 1738-1758 гг. из 536 мечетей Казанской губернии было разрушено 418. В Сибири из 133 мечетей осталось 35¹¹. Детей татар и башкир, обратившихся в ислам, отбирали у родителей и раздавали новокрещенам. На татар и чувашей миссионеры напускали воинские отряды — «обжорные команды», которые разоряли их постоями, чинили всяческие обиды. Крестившимся крестьянам нерусской национальности предоставлялись некоторые льготы: они освобождались от холопства, от уплаты податей (на три года), ими не могли более распоряжаться неправославные помещики. Зато подати некрещёных крестьян возрастали, что делало их положение ещё более тяжёлым. Крестьян - новокрещен поселяли в одном месте, некрещёных же татар выселяли, разоряя их хозяйство. На землях некрещёных татар организовывались новые монастыри — Спасо- Юнгинский, Седмиозерский, Раифский и др.

Протесты крестьян-мусульман против деятельности духовенства принимали различные формы: это были жалобы на священников в Синод и к правительству, восстания, в которых протест против насильственной христианизации сочетался часто с протестом против феодально-крепостнического гнёта. Кроме того, крестьяне-мусульмане непосредственно расправлялись с ненавистными им священниками, избивали и убивали их. Бывали случаи, когда крестьяне обращались за помощью к мусульманам, жившим за рубежом.

В 1751 г. татары подали жалобу на «несносные обиды», чинимые им митрополитом Сильвестром. Они писали, что Сильвестр крестил их насильно, держал их в оковах на монастырском дворе, вместе с жёнами и детьми, морил голодом, пока они не согласятся креститься. В Царевококшайском уезде крестьяне деревни Кошки обложили соломой избу, где находился с командой поп Георгий Давыдов, и подожгли ее. Миссионера спас подоспевший воинский отряд. В Вятской провинции крестьяне избили иеромонаха Вениамина Григоровича; его с трудом освободила из рук крестьян конвойная команда. Восставшая мордва убила миссионера Алексея Мокеева и пыталась убить также Дмитрия Сеченова. С дубьём и цепами напали чуваши на протопопа Георгия Давыдова¹².

Царские чиновники, борясь с массовым бегством и возмущениями крестьян нерусской национальности, в некоторых случаях пытались обуздать духовные власти, руководившие христианизацией. Так, в 1751 г. оренбургский губернатор просил Сенат запретить священникам крестить башкир силой, а также отсылать их в тобольскую консисторию. Он писал, что деятельность миссионеров разоряет башкир и наносит большой вред интересам помещиков и государства. С такими же требованиями обращались и уральские заводчики, так как бегство работных людей и насильственные меры духовенства неблагоприятно отражались на заводских работах. Правительство было вынуждено прислушаться к этим жалобам. В Казанскую губернию послали с особыми полномочиями подполковника Свечина и поручили ему проверить на месте причины разорения татар. В своём «Экстракте» о разорении крестьян, «восприявших закон греческий не по желанию, а по принуждению», Свечин писал, что священники-миссионеры ездили будто бы учить новокрещен закону божьему, на самом же деле собирали с новокрещен деньги, требовали продукты и пушнину, делали «прицепки» за незнание молитв, под угрозой ареста вымогали деньги. Чтобы заставить татар креститься, миссионеры рубили в крестьянских домах окна и двери, ломали печи, «без всякого милосердия» избивали плетьми, заковывали в кандалы, отправляли в тюрьму на тяжёлые монастырские работы¹³.

Доклад Свечина дал яркую картину ужасающего произвола и притеснений крестьян в связи с насильственной христианизацией. Грубо русификаторская политика и христианизация населения создавала почву для народных волнений. Опасаясь повторения крестьянских восстаний, правительство было вынуждено в апреле 1764 г. закрыть Новокрещенскую контору и перейти к более тонким методам христианизации и обрусения населения. С башкир и татар сложили недоимки, родителям вернули отобранных у них детей, попам-миссионерам предложили применять более мягкие меры для побуждения населения к крещению. Закрытие Новокрещенской конторы не приостановило, однако, насильственного обращения крестьян нерусской национальности в христианство и беззастенчивый грабёж со стороны миссионеров. В 1765 г. Синод был вынужден отметить, что миссионеры-священники ездили по новокрещенским жительствам с жёнами и детьми, собирали с крестьян деньги, скот, овчины, холсты и всякую живность. Новокрещены, не имея никакой защиты, отдавали миссионерам все, что те требовали, и совершенно разорялись 14. За время существования Новокрещенской конторы было обращено в христианство 409864 человека — цифра по тому времени огромная 15.