В XVII в. церковное и монастырское землевладение стало сильно ограничиваться, а в 1764 г. под влиянием массового крестьянского движения церковные имения вместе с населявшими их крестьянами были отобраны.

Секуляризация, т.е. отчуждение церковных и монастырских имений, проводилась не без сопротивления группы церковных иерархов. Возглавлял эту борьбу ростовский митрополит Арсений Мациевич, считавший, что в результате секуляризации церковь «в конец истребится». В 1763 г., когда подготовлялась секуляризация, Арсений открыто выступил против попыток отобрать у церкви ее имения. В соборной церкви он подверг проклятию «обидящих церкви», имея в виду Екатерину II, по распоряжению которой проводилась секуляризация. У Арсения было даже желание наложить всеобщий интердикт. Но его не поддержали другие иерархи из - за боязни репрессий. За строптивость и неповиновение Арсений жестоко поплатился. Его лишили архиерейского сана и сослали в заключение в Николаевско - Корельский монастырь под «крепкое смотрение». Но и в далёкой ссылке Арсений продолжал выступать против правительства, он сочинил особые молитвы о гонениях против церкви. В декабре 1767 г. Арсения расстригли и под именем Андрея Враля сослали на «вечное и безысходное содержание» в ревельский каземат, где он вскоре умер². «Вседомовное» отлучение применялось особенно часто начиная со второй половины XVII в., когда усилились покушения на церковные привилегии. Защищая свои богатства, церковь налагала запрещение на представителей гражданской власти, посягавших на них, а также на целые области, обвинённые в непослушании церкви. Так, в 1681 г. за «преобидение церковного притча» отлучили от церкви суздальского подьячего Толмачева. Ему не разрешалось посещать церковь, а священникам не велено было приходить к нему в дом с требами, а также иметь с ним какие-либо дела под угрозой отлучения³. В 1689 г. некоторые новгородские купцы и посадские люди хотели избавиться от подсудности митрополиту, связанной с уплатой пошлин, и с такой просьбой обратились в новгородский приказ. Новгородский митрополит Корнилий пожаловался московскому патриарху Иоакиму, и тот в гневе пригрозил новгородским купцам за непослушание и непокорство вечным проклятием и отлучением от церкви. Купцам пришлось смириться⁴.

В конце XVII в. царский чиновник, боярский сын Яков Елагин стал судить лиц, которые были ранее подсудны сибирскому митрополиту Павлу. Митрополит усмотрел в этом для себя «ругательство» и отлучил Елагина от церкви. Под страхом проклятия гражданам запрещено было всякое общение с опальным Елагиным, что было равносильно гражданской смерти. Елагину пришлось смириться и пойти к митрополиту на поклон. Отлучению подвергались не только рядовые чиновники, но и служилая аристократия, если она посягала на привилегии церкви. Так, в 1697 г. властный сибирский митрополит Игнатий за попытку лишить церковь доходов от судебных пошлин отлучил от церкви царского воеводу Андрея Нарышкина с семьёй и стольниками. Нарышкин жаловался царю, но, не найдя поддержки, вынужден был пойти к митрополиту с повинной⁵.

Частые отлучения и запечатывание церквей вносило расстройство в церковную жизнь, поэтому светская власть была вынуждена ограничить право церковных иерархов прибегать к этой мере. По требованию Петра I в текст архиерейской присяги было введено обещание применять отлучение только в исключительных случаях к явным преступникам, «разорителям заповедей божьих или церковным еретикам».

Изданный при Петре I в 1720 г. Духовный регламент пытался определить меру вины, требовавшей церковного проклятия. Анафему и отлучение разрешалось применять за выступления против церкви, ее обрядов и таинств, за «презрение к церкви и безбожие, явное ругательство и посмеяние закона божьего». В дополнение к этому церковному наказанию Духовный регламент ввёл ещё гражданские последствия отлучения, усилив этим его значение как устрашающего акта. Лица, подвергшиеся отлучению, лишались некоторых гражданских прав, не допускались к торговым делам, они были «словно арестованные». Ещё большим ограничениям подвергались лица, преданные анафеме. Духовный регламент сравнивал их с «убиенными», т.е. они лишались всех гражданских прав.

Широко использовалось отлучение и анафема в борьбе с народно-освободительным движением, с восстаниями против феодально - крепостнического гнёта и самодержавия.

Крестьянская война 1667-1671 гг. под предводительством Степана Разина была стихийным протестом народных масс против феодально-крепостнической эксплуатации. В восстании принимали активное участие не только русские, но и другие народы — башкиры, татары, чуваши, мари, мордва, стонавшие под двойным гнётом, крепостным и национальным. По призыву Разина восставшие убивали помещиков и их приказчиков, «сажали в воду» царских воевод, заковывали в «железа» ненавистных им дворян, громили их имения, уничтожали крепостные акты, убивали священников. Разгромив восстание и предав его вождей «злой казни» — четвертованию, царь и патриарх шумно отпраздновали победу над восставшими. По словам К. Маркса, «царь был вне себя от радости, и по его приказу агнец божий, московский патриарх предал анафеме Стеньку (бунт его был направлен и против попов!)»⁶. В московском Успенском соборе в присутствии царя и духовенства отслужили благодарственный молебен по случаю разгрома восстания: «Покорал господь бог… врагов и крестопреступников». Торжественные молебствия были проведены повсеместно. Они должны были убедить народ, что на борьбу с восставшими мобилизованы не только царские войска, но и силы небесные. Чтобы внушить народу мысль о Разине как о злейшем враге царя и церкви, Разин — «пагубный волк, страх бога презревший, церковь возмутивший, крестное целование обругавший» — был предан церковной анафеме⁷. Однако несмотря на агитацию церкви и правительства народ сохранил память о Разине и его соратниках как о защитниках народа и борцах против феодального гнёта:

И хотя каждый год по церквам на Руси Человека того проклинают, Но приволжский народ о нём песни поёт И с почётом его вспоминает⁸.

Во второй половине XVIII в. крестьянское движение получило ещё больший размах. Крестьяне выступали против феодальной эксплуатации, против помещиков и священников, оправдывающих феодальный гнёт. Это движение проходило часто под царистскими лозунгами. Вожаки восстания, как «воры и клятвопреступники», призывавшие к неподчинению царской власти, предавались «великому отлучению».

Царскому проклятию подвергли и руководителя крестьянской войны 1773-1775 гг. Емельяна Пугачева. В разгар восстания, в августе 1774г., Синод распространил по церквам особое «увещевание», в котором Пугачев был назван орудием дьявола, поправшим веру и закон, последователем антихриста, ниспровергателем алтарей, разорителем церквей. Казанский архиепископ Вениамин Пуцек-Григорович, призывая крестьян соблюдать верность престолу и помещикам, предал Пугачева церковному проклятию как «нарушителя веры, хулителя и похитителя власти царской». После разгрома восстания церковные инквизиторы приняли участие в суде над его руководителем. Членами суда были епископ Крутицкий Самуил, суздальский епископ Геннадий, архимандрит московского Новоспасского монастыря Иоанн и протоиерей московского Архангельского собора Пётр Алексеев, известный своим доносом на русского просветителя Н. И. Новикова. В приговор суда были включены тексты из Священного писания, посредством которых церковники стремились доказать, что царская власть установлена богом и что восстание против неё - тягчайшее преступление против религии. Пугачев и его соратники по этому приговору, освящённому авторитетом церкви, были казнены четвертованием, а Синод особым определением предал их церковному проклятию⁹.

Анафема применялась также для защиты установленного при Петре I порядка престолонаследия и для утверждения якобы божественного происхождения царской власти. Тех, кто выступал против самодержавия, помимо сурового наказания подвергали ещё царскому проклятию. В 1718 г. майор Степан Глебов выступил против Петра I и его реформ и распространял против Петра и церкви «подмётные письма». Глебова пытали горячими угольями и раскалённым железом, били кнутом, а затем посадили на кол на Красной площади. Глебов умер в страшных мучениях лишь через два дня; уже после смерти ему отрубили голову. Через три года Пётр вновь вспомнил о своём враге. По его приказанию Синод предал Глебова проклятию, «яко лютейшего благочестия преступника и презирателя и богоненавистника».