Подрыв православной веры, русской народности и самодержавия церковь и правительство усматривали и в секте штундистов. Штундисты не признавали царя за помазанника божия, а власть считали злом, уклонялись от военной службы, агитировали за имущественное равенство. Представители церкви обвиняли последователей секты в том, что они воспитывают народ в духе неповиновения властям, подрывают веру в божественное происхождение царской власти, сеют недовольство церковью и духовенством. Штундистов ссылали на каторгу, в ссылку, отбирали у них детей и помещали в монастыри для воспитания в «православном духе»35.
В качестве примера расправы с этой сектой приведём такой эпизод, о котором сообщалось на орловском миссионерском съезде в 1901 г. В 80-х годах XIX в. по настоянию местного священника штундистов заперли в церкви, принесли стол, покрыли скатертью, поставили икону и стали подводить к ней. Тех, кто отказывался приложиться, пороли тут же, в церкви36. Одобряя эти меры, духовные власти считали, что карательные действия помогают казённой церкви укреплять ее господство над народом. Многим сектантам запрещалось отлучаться с места жительства, приобретать и арендовать земельные участии, их лишали права выбора в сельские общества. Сектантов выселяли в административном порядке, ссылали в Сибирь и Закавказье, а наиболее опасных заключали в монастырские тюрьмы.
На третьем миссионерском съезде, состоявшемся в Москве в 1897 г., духовенство потребовало учинить над сектантами вторую Варфоломеевскую ночь и применить к ним «сильные средства» — отбирать детей, конфисковывать имущество, лишать гражданских прав закрывать школы, где учатся их дети. Миссионеры настаивали, чтобы на фабриках и заводах производилась регистрация отношения рабочих к религии.
С такой же непримиримостью выступали священники - миссионеры на епархиальных съездах. Присутствовавший на орловском миссионерском съезде в 1901 г. редактор журнала «Миссионерское обозрение» В. М. Скворцов подчёркивал, что вопросы веры и церкви тесно связаны с интересами государственной власти. Он называл сектантов «паразитами» и доказывал, что среди сектантов якобы развиваются антигосударственные идеи, что они подрывают основы религии. Для ограждения «свободы» официальной церкви Скворцов настаивал на физической расправе с сектантами37. Участник съезда киевский миссионер С. М. Потехин восхвалял полицейские методы борьбы с сектантством. «Мы благословляем государственную власть в России, — говорил он, — которая, начиная с помазанника божия и кончая слугами его, всеми этими губернаторами, судьями, исправниками, становыми и урядниками… идёт на помощь церкви, препятствует свободе отпадения и совращения»38. Так же и воронежский миссионер Рождественский говорил о необходимости беспощадно использовать для борьбы с сектантством во имя «свободы» православия государственный меч.
Духовные власти и церковная печать жаловались вместе с тем на всеобщее падение религиозности народа, его «благочестия», говорили, что прежнее чувство почтительности к духовенству сменилось прямой враждой и озлоблением к нему. Многим священникам объявляли бойкот, требовали прекращения контрреволюционной пропаганды, их часто удаляли силой как дармоедов и прислужников помещиков и капиталистов. Само правительство устами председателя совета министров С. Витте должно было признать, что духовенство из духовных пастырей превратилось в агентов полицейского надзора и потеряло всякое доверие народа. «Глохнет, замирает церковная жизнь в деревне, с горечью признавал холмский епископ Евлогий, — заменяется фабрично - заводским легкомыслием и равнодушием к церкви».
Хотя крестьянство в 1905г. не было однородным и в его среде имелись глубокие классовые противоречия, недовольство помещичьим и церковным землевладением было единодушным. Крестьяне теряли веру в царя, в начальство, в старые порядки, якобы заведённые богом, в духовенство и религию. С первых шагов революционной борьбы крестьян против помещиков и правительства возникли также массовые выступления против церкви и духовенства. Крестьяне под влиянием большевистской агитации требовали конфискации наряду с помещичьими церковных и монастырских земель, захватывали их революционным путём, настаивали на отделении церкви от государства и школы от церкви, на отстранении духовенства от обучения и воспитания детей. На развитие антицерковных и атеистических идей большое влияние оказывала большевистская литература, получившая среди рабочих и крестьян широкое распространение. Особенное внимание обращалось на воспитание молодого поколения. Большевистская печать разъясняла, что молодым рабочим взамен религиозного воспитания необходимо знание общественной жизни и классовой борьбы39.
Отход масс от религии и церкви, бурно протекавший в годы первой русской революции, хотя и замедлился, но не прекратился и в годы массового террора. А в годы нового революционного подъёма он принял ещё большие размеры. Интересен с этой точки зрения отчёт обер-прокурора Синода за 1911-1912 гг. «Как черная туча надвигается на родную церковь… неверие, — писал он. — Наряду с неверием под вековые устои церкви подкапывается социализм, отрицающий бога и церковь и вместо благ небесных сулящий блага земные. Везде, где успела сложиться крупная промышленность, социализм пленяет себе в послушание множество трудящихся. Не ограничиваясь классом фабричных рабочих, социалисты стремятся оторвать от церкви и крестьянство»40.
Приведя далее отзывы епархиальных архиереев о распространении в ряде губерний «тлетворного духа отрицания», обер - прокурор говорит о том, что православие «находится в положении враждебных и дерзких нападений». Особенно пугало церковное начальство падение религиозности среди молодёжи, которая индифферентно относилась к вопросам религии, проявляла неуважение и кощунство к духовенству и религиозным обрядам и «открыто идёт в самый бесшабашный атеизм».
Одним из средств борьбы против развивающегося атеизма духовные власти считали усиление борьбы с социализмом. С этой целью в рабочих районах открывались специальные общества и миссии, где пропагандировались христианские взгляды на свободу и равенство, причём в угоду времени к интересам религии приспосабливалось даже учение об эволюции.
Наиболее непримиримые представители церкви призывали к открытой борьбе со всеми, защищавшими право на свободу совести. Так, профессор Киевской духовной академии священник Лященко взывал: «Все на врага! Вы, стоящие на страже господней, бейте тревогу! Воины, быстрее за оружие. Вот меч, вот шлем, вот щит! Тесней вокруг знамени, вперёд на врага Христа!»41
Падение религиозности беспокоило не только духовные власти, но и помещиков, видевших в религии одно из средств увода крестьянских масс от революционной борьбы. Защищая интересы дворян - помещиков, орловский предводитель дворянства М. А. Стахович выступил ещё в 1901 г. на орловском съезде с требованием отменить карательные меры за исповедание веры, предоставить народным массам свободу совести. Стахович говорил, что православная церковь, применяя насилие, сама становится частью государственного аппарата, что насилия растлевают самую православную церковь42. Выступление стаховичей, заинтересованных в «прочности религии», было разоблачено В. И. Лениным. Он показал, что стаховичи меньше всего интересовались свободой совести для народа, а защищали собственные интересы, «чтобы им можно было по - прежнему «есть сытно, спать спокойно и жить весело» на чужой счёт»43.
В период революционных событий 1905-1907 гг. социальный протест в сектантском движении XVIII-XIX ее. в значительной части уже исчез. Теперь сектантские вожаки убеждали своих единомышленников не примыкать к революционно настроенным массам, не участвовать в классовой борьбе. Они защищали царизм и требовали незыблемой монархии. Собравшись в июле 1905 г. на первый всероссийский съезд, молокане заявили о своих верноподданнических чувствах, заверяя самодержавие в своей лояльности. Такие же решения принимали на своих съездах баптисты, евангельские христиане и представители других сект, где главенствовали буржуазные элементы. В октябре 1905 г. руководители сект подписали политическую платформу «Союза свободы, правды и миролюбия» с требованием «незыблемости» монархии. О политической благонадёжности сектантов говорили и полицейские органы. Синод также вынужден был признать, что сектанты лояльно относятся к правительству и их нельзя обвинять в проповедовании каких - то «социалистических принципов», в чем их обвиняли прежде. Правительство было вынуждено пойти на ряд уступок по отношению к старообрядчеству и некоторым сектам, во главе которых стояли купцы и фабриканты.