Московских еретиков судил церковный собор 1504 г. По настоянию собора наиболее активных еретиков — Ивана Волка, Михаила Коноплева и Ивана Максимова сожгли в клетке в Москве, а Некраса Рукавова — в Новгороде, предварительно отрезав ему язык. Духовные инквизиторы во главе с митрополитом Симоном настояли ещё на сожжении юрьевского архимандрита Кассиана. Его брат Иван Черный бежал «в немцы».

Кровавый террор против участников антицерковного движения на этом не закончился. Иосиф продолжал выискивать их и предавать их суровому наказанию. Уступая Иосифу, царь Василий Иванович, как сообщает летопись, велел оставшихся еретиков «в темницы вметати до конца живота их».

После расправы с еретиками на соборе 1504 г. Иосиф стал знаменем воинствующей церкви — «презлых иосифлян», боровшихся с участниками антицерковного движения посредством духовного и светского меча. За заслуги перед светской властью и церковью Иосиф в 1591 г. был объявлен общерусским «святым».

После Иосифа во главе церковников, настаивавших на казнях противников церкви, стал московский митрополит Даниил. Пытаясь теоретически обосновать необходимость таких казней, Даниил в своих проповедях приводил слова Иоанна Златоуста, оправдывавшего казнь «по воле божьего человеколюбия», а также епископа Емесского Евсевия, учившего, что «убийство бога ради несть убийство». В обоснование своих инквизиционных взглядов Даниил ссылался и на блаженного Федорита, говорившего, что и Моисей велел убивать лжепророков. Даниил, как настоящий инквизитор, предлагал сеять вражду и раздоры среди противников церкви — «богонаученное коварство», чтобы с ними легче было разделаться. Участников антицерковного движения Даниил называл «хулителями имени божьего». Он доказывал, что еретики — враги не только церкви, но и государства. Запрещая общение с еретиками, Даниил старался вызвать к ним чувство «совершенной ненависти». Он убеждал правящие классы «воззревать против врагов божьих» (так он называл сторонников антицерковного движения) «божественной ревностью и проявлять к ним праведную ярость»⁷. Он подчёркивал также, что право судить еретиков и присуждать их к суровым наказаниям принадлежит церковной власти. Обязанность же светской власти — беспрекословно выполнять решения церковных соборов и церковных иерархов⁸.

Церковь обрушила свой меч и на так называемых нестяжателей Максима Грека и Вассиана Патрикеева. Максим Грек раньше сам выступал за смертную казнь еретикам. Так, он умолял церковный собор предать смертной казни Исаака Жидовина, смутившего, по его словам, Христову паству⁹. Но он был противником церковного землевладения и беспощадной эксплуатации трудившихся на церковно - монастырских землях крестьян. Вассиан Патрикеев, стоявший во главе боярской оппозиции, также обличал стяжательство монастырей, ибо владение землёй, по его словам, развращает монахов, заражает их «ненасытным сребролюбием». В своих произведениях Вассиан писал об эксплуатации монастырских крестьян, которые, по его словам, жили в последней нищете.

Вассиан и Максим Грек критиковали феодально-крепостнический быт церковных вотчин и стремились склонить великого князя к отчуждению церковных и монастырских земель, что и вызвало ненависть к ним церковных иерархов. Максим Грек предстал перед церковным собором в 1525 г. Его признали «злохулительным еретиком» и заключили в тюрьму Волоколамского монастыря. Максиму Греку запретили писать, мучили голодом, морозом и, как отмечает один источник, он «от дыма и от горести темничные был яко мёртв». В таких условиях Максим пробыл шесть лет. В 1531 г. он был привезён в оковах в Москву и предстал перед судом нового церковного собора. Здесь в его сочинениях нашли «хулу на господа бога и богородицу» и обвинили в том, что он составлял «писания хульные и еретические», критиковал церковные уставы и законы, что он еретик и чернокнижник. Церковный собор осудил Максима как «хульника и Священного писания тлителя» и сослал в оковах в Тверской Отрочь монастырь, где его заточили в каменный мешок.

В ереси обвинили и помощников Максима по исправлению книг — Михаила Медоварцева и Сильвана. Медоварцев был сослан в Коломну, а Сильван в Волоколамский монастырь, где его «уморили дымом». На этом же соборе еретиком был объявлен «князь - инок» Вассиан, противник церковного землевладения. Он также попал в каменный мешок Волоколамского монастыря и в «прегорчайшей темнице» умер от голода и дыма. Сделано это было по приказу митрополита Даниила.

Вскоре в руках инквизиторов оказался игумен Троицкого монастыря Артемий — противник церковной знати и церковного землевладения. Он писал об этом царю и умолял его в интересах самой церкви отобрать её имения. Артемия судил церковный собор 1553 г. Его обвинили в ереси и сослали в Соловецкий монастырь с предписанием «пребывать ему внутри монастыря с великой крепостью, в келье молчательной».

На церковном соборе 1554 г. как «безбожного еретика и отступника православной веры» осудили Матвея Башкина. Он считал, что рабство несовместимо с принципами истинного христианства, и говорил о необходимости уничтожить холопство, так как «Христос всех братией нарицает»¹⁰. Башкин подверг критике церковные каноны и догмы: отрицал божественное происхождение Иисуса, не признавал «угодников» и поклонения иконам. В выступлении Башкина против церкви и её догматов под религиозной оболочкой скрывался протест масс против закабаления и феодальной эксплуатации. Защищая устои феодально-крепостнического государства, церковные иерархи не могли простить Башкину его взглядов. Башкина подвергли пыткам и заставили признаться в еретичестве. Как передают некоторые источники, по приговору церковного собора Башкина посадили в деревянную клетку и сожгли. Его сторонники были разосланы по монастырям в строгое заключение¹¹.

Не прошло и года, как вновь собрались церковные иерархи. На этот раз они судили Феодосия Косого, выдающегося идеолога социальных низов середины XVI в. Феодосий Косой учил, что не следует повиноваться попам и властям, он звал угнетённые массы на борьбу за уничтожение церковного и светского гнёта и коренное переустройство общества. Церковный собор приговорил Феодосия к тяжкому наказанию, но ему удалось вырваться из цепких лап инквизиторов и бежать в Литву.

Кровавый террор по отношению к еретикам и другим противникам церкви получил широкое распространение и нашёл отражение в народном творчестве. В былине о Добрыне Никитиче рассказывается, например, как он «учил» жену свою Марию Игнатьевну — еретичку, безбожницу:

Сперва отсек руки и ноги, а затем голову. И этот язык не надобен, Знал он дела еретические¹².

По мере того как ограничивались феодальные права церкви, обязанность бороться с ересями принимала на себя государственная власть, осуждение же церковных противников по-прежнему производилось иерархами церкви. При содействии и по настоянию московских митрополитов Даниила и Макария «церковные мятежники» стали рассматриваться как государственные преступники. На борьбу с «обидящими церковь» государство ополчилось в контакте с представителями церкви. На стоглавом соборе 1551 г. епископы просили царя строго наказывать еретиков «градским» судом. Просьба церковных иерархов была выполнена. Царём был издан указ «о великой царской опале на еретиков по градским законам, а от святителей духовным запрещением»¹³. Наказание по делам об еретичестве по-прежнему устанавливалось церковным судом, светские же суды были их исполнителями. Г. К. Котошихин, живший в XVII в. и известный своим сочинением «О России в царствование Алексея Михайловича», так рассказывает о существовавшей в XVII в. системе террора по отношению к церковным противникам: «… а кого у них (т. е. в судах патриарха и церковных властей. — Е. Г.) за духовные дела… осудят на смерть, кто какую заслужил, и они, из дела выписав приговор свой, посылают с теми осуждёнными людьми в царский суд, и по тому их приговору из царского суда велят казнить без задержания, кто чего достоин». Пытки обвиняемых также производились по требованию духовных властей¹⁴.