Другое звено эскадрильи атаковало сухой док № 1. Сам док получил два попадания, а в эсминец «Dowries» попали три 250-кг бомбы. Солярка из пробитых баков эсминца загорелась, пожар охватил все вокруг. В 9:15 в док начала поступать вода. При этом из-под эсминца «Cassin» выпали упоры и эсминец опрокинулся на бок. По мере того, как вода поднималась, пожар отступал вверх, продолжая распространяться по площади.

Следом атаковала группа пикирующих бомбардировщиков 1-й эскадрильи с «Хирю». Командовал группой капитан Сюн Накагава. Группа из 9 самолетов атаковала в 4:37 (9:07) линкор «Nevada». Из пяти сброшенных бомб две поразили корабль, а три разорвались в опасной близости от борта. Первая бомба массой 250 кг пробила палубу в районе 15-го шпангоута. Взрывом бомбы разрушило сравнительно тонкие на баке палубы линкора. От взрыва загорелось топливо в баке, расположенном в районе 7-го шпангоута. Во внешней обшивке борта образовалась небольшая пробоина. Ударную силу волны во многом смягчили два соседних пустых топливных бака.

Другая бомба пробила борт и вышла наружу в районе второй палубы, после чего взорвалась на уровне воды. Взрывом разрушило сварной шов обшивки вдоль ватерлинии. В образовавшуюся щель устремилась вода, которая затопила множество помещений на носу.

Третья бомба рикошетировала и взорвалась на второй палубе в районе 28-го шпангоута. Взрыв не причинил больших повреждений, но вызвал пожар в башне ГК № 1. Огонь удалось потушить лишь через два дня. Частично распространение огня удалось сдержать, затопив правые помещения корпуса.

Затем атаковало 24-е звено пикирующих бомбардировщиков с «Хирю» под командованием капитана Накагавы. Их целью стал линкор «California». Взрывы бомб подожгли разлитую вокруг корабля солярку.

23-е звено фельдфебеля Йосюкавы с «Хирю» сбросило бомбы на линкор «Nevada». В 4:40 (9:10) бомбы попали в находящийся в плавающем доке YFD-2 эсминец «Shaw». Это были три 250-кг бомбы. Одна из них прошила боевой мостик и подожгла топливо, вытекающее из разбитых баков. Пожар распространялся и охватил погреб пятидюймовых снарядов. В 5:00 (9:30) снаряды взорвались, в результате весь нос эсминца оказался разрушен.

В 9:10 «Nevada» села правым бортом на мель в районе Хоспитал-Пойнт. Капитан Фрэнсис У. Скэнленд, бывший на берегу, прибыл на борт линкора и принял командование.

В 10:45 буксиры оттянули линкор в западную часть бухты. Носовая часть линкора и боевая рубка были сильно повреждены. Эсминец «Helm» в 4:45 (9:15) был атакован двумя пикирующими бомбардировщиками с «Хирю». Взрывы бомб разрушили обшивку на борту эсминца. В пробоину хлынула вода, затопившая носовую часть эсминца.

25-е и 26-е звено с «Хирю» атаковали в 4:50 (9:20) крейсер «Honolulu», стоявший у кнехта № 21. Бомбы, сброшенные пикировщиками, разорвались возле борта. Одна из них упала на берег и взорвалась в 5 метрах от корпуса в районе 40-го шпангоута.

Пикирующие бомбардировщики с «Акаги» обрушили удар на американские корабли, стоявшие у восточного берега острова Форд.

Капитан Чихая с первой эскадрильей в 4:35 (9:05) атаковал линкор «Maryland». Густые клубы черного дыма, шедшие с горящих линкоров «Arizona» и «West Virginia», заслонили цель.

Другая эскадрилья под командованием капитана Абэ в 4:38 (9:08) атаковали корабли у западного берега острова Форд. 25-е звено имело целью базу гидросамолетов «Curtiss». Во время атаки зенитная артиллерия базы сбила самолет сержанта Гото. Японский пилот направил горящую машину на корабль и врезался в подъемный кран правого борта. Два других бомбардировщика воздержались от атаки опасной цели, а нанесли удар по крейсеру «Raleigh». Первая бомба попала в корму крейсера в район 112-го шпангоута неподалеку от топливного бака. Другая бомба легла в 90 метрах от левого борта.

Одно звено атаковало корабли, стоящие в заливе Уэст-Лох. Целью самолетов стала плавучая мастерская АЕ-1 «Руго».

Первая эскадрилья с «Каги» под командованием капитана Макино атаковала сухой док № 1 и стоящие в нем корабли. В 4:32 (9:02) японцы начали бомбить линкор «Pennsylvania». Рвущиеся в районе входа в док бомбы обеспокоили капитана линкора капитана Чарльза Кука. Кук боялся, что вода хлынет потоком через разбитые ворота и начнет бросать корабли, в первую очередь легкие эсминцы. Линкор, который тоже стоял всего лишь на кильблоках мог также сместиться и смять стоящие перед ним эсминцы.

В 4:37 (9:07) сброшенная с большой высоты бомба попала в линкор в районе 83-го шпангоута. Удар пришелся на правый борт на лодочную палубу. Однако взрыв причинил лишь незначительные повреждения.

Обратный маршрут японской эскадры после налета на Перл-Харбор.

Горящие эсминцы, стоящие перед линкором, заставили заполнить док водой.

Другая эскадрилья с «Каги» под командованием капитана Огавы, атаковала линию линкоров. В этот момент ветер разогнал дым над «West Virginia», и именно этот линкор стал объектом атаки.

Сброшенные самолетами второго эшелона бомбы разорвались между «Ogala» и «Helena», причинив обоим кораблям дальнейшие повреждения. Подоспевшие буксиры, которые имели задачей отбуксировать «Ogala» к сухому доку, опоздали.

В 9:30 корабль накренился на борт на 20°. Командир корабля капитан Ферлонг отдал приказ команде покинуть судно. Около 10:00 «Ogala» перевернулась и легла на левый борт на дно в районе набережной 1010.

Крейсер «Saint Louis», стоявший у кнехта В-17 на противоположной от «Honolulu» набережной, снялся с якорей. Во время налета японцев на «Honolulu» крейсер огнем зенитных пушек сумел сбить один японский самолет. Вскоре крейсер начал движение в сторону перевернувшегося линкора «Oklahoma».

В 5:34 (10:04) еще одна японская малая субмарина, сумевшая проникнуть на базу, выпустила в сторону «Saint Louis» две торпеды. Капитан крейсера капитан Руд заметил торпеды по правому борту и приказал изменить курс. Молниеносно принятое решение и энергично проведенный маневр спасли корабль. Торпеды прошли мимо и попали в коралловый риф у входа в канал.

Полковник Мицуо Фучида в поврежденном самолете все это время кружил над Перл-Харбором. Он координировал действия первого и второго эшелонов, указывая командирам частей наиболее важные цели, в том числе уцелевшие или мало поврежденные корабли.

В ходе полета он фотографировал акваторию и по радио передавал вице-адмиралу Нагумо о результатах действий летчиков.

В 5:15 (9:45) атака второго эшелона в целом завершилась. Фучида направил свой самолет на сборный пункт. Там он соединился с группой истребителей и вместе с ними лег на обратный курс.

Все самолеты, участвовавшие в налете на Перл-Харбор и авиабазы на Оаху, которые получили серьезные повреждения, направились в сторону Каэна-Пойнт, где приводнялись в районе острова Нихау. Там экипажи подбирала патрулирующая эти воды японская подводная лодка.

Линкор «Nevada» спустя несколько дней после налета.

Ударная эскадра вице-адмирала Нагумо находилась в 190 милях к северу от Оаху. Это сближение Нагумо провел по согласованию начальником штаба Кусакой, желая собрать как можно больше самолетов потративших топливо или получивших повреждения. Во время налета самолеты могли получить, например, пробоины бензобаков, и потерять много топлива, что сделало бы невозможным дальний перелет.

Около 5:40 (10:10) первые самолеты первого эшелона появились над авианосцами. Самолеты возвращались группами и поодиночке. Вскоре машины начали садиться на палубы авианосцев. Сильный боковой ветер и высокая волна затрудняли посадку. Палубные расчеты сбрасывали за борт сильно поврежденные самолеты, освобождая место для очередных машин.

Командиры частей по возвращении на авианосцы докладывали о ходе и результатах налета. Эта информация обрабатывалась и передавалась на «Акаги». Оперативный офицер Сего Масуда делал пометки на большой черной доске, подвешенной на рубке «Акаги». Около полудня приземлился самолет Мицуо Фучиды.