Альбигойские крестовые походы положили конец открытому сопротивлению, но число еретиков не уменьшалось, только стало труднее обнаруживать их, так как они стали тщательнее скрываться. Мы уже видели, как неумело действовали местные прелаты. Ведь те духовные лица, которым следовало подавить ересь, должны были провести дело через три неизбежные ступени: обнаружение виновного, доказательство виновности и, наконец, наказание.

Епископы ожидали, пока народная молва не указывала им на отдельного человека или на целую группу людей как на зараженных ересью. Когда виновность подозреваемого была выяснена, редко находили внешние доказательства его вины, ибо сектанты очень старательно исполняли все обряды; с другой стороны, духовенство, мало сведущее в богословии, обыкновенно было не в состоянии добиться признания у людей, привыкших к умственной работе.

Пытка еще не применялась в судебной практике; но дикое применение ордалий, к которым так часто прибегали, показывает, насколько духовенство чувствовало себя бессильным перед лицом новых обязанностей. Даже сам св. Бернар одобрил эту меру, а Реймсский собор 1157 года узаконил применение ее в тех случаях, где подозревалась ересь. Одна бедная женщина, обвиненная в катаризме, была лишена пищи, пока на исповеди она не убедила священника в своей невиновности и не получила совета подвергнуться испытанию раскаленным железом, но она выиграла только то, что подвергла себя дважды действию огня: сначала раскаленного железа, а потом костра. Но мало-помалу, под влиянием римского права, этот судебный прием потерял уважение в глазах церкви. Иннокентий III официально запретил его в 1212 году, после того, как епископ Страсбургский Генрих Веринген применил ордалию, чтобы уличить огромное число еретиков. Латеранский собор 1215 года, следуя примеру Александра III и Луция III, запретил лицам духовного звания участвовать в Божьем суде любого рода. Невежественные прелаты были поставлены в крайнее затруднение: как же тогда узнать правду? Это, на их взгляд, сильно усложнило судопроизводство.

Тем не менее существовала общая система розыска и постоянного следствия для раскрытия преступлений, в том числе и ереси. Так как применение этой системы породило инквизицию, нам следует остановиться на ней. Идея правильного розыска нарушителей закона была свойственна как гражданскому, так и каноническому суду. В империи Карла Великого специальные чиновники объезжали империю, собирая справки обо всех случаях беспорядков, преступлений, несправедливости; они имели право суда над мирянами и духовными лицами. Капетинги во Франции приняли аналогичную систему расследования. Следствия против людей, казавшихся подозрительными населению, породили систему Большого жюри — прототипа папской инквизиции в первоначальном виде.

Инквизиция подражала практике, существовавшей с X века: прибывавший в приход епископ избирал из уважаемых людей нескольких, которые давали клятву открыть без страха и лицеприятия все, что они знали или узнают впоследствии о преступлениях или злодеяниях, требующих следствия. Был составлен длинный вопросный лист, которым руководствовались епископы при выборе этих священных свидетелей. В 1184 году в Вероне папа Луций III по настоянию Фридриха Барбароссы с одобрения епископов издал декреталий (постановление в виде послания), в котором потребовал от всех суверенов присяги в том, что они будут помогать церкви в преследовании ереси, и приказал всем архиепископам и епископам или их представителям посещать раз или два в год все приходы, где было малейшее подозрение на существовании ереси; они должны были от нескольких людей хорошей репутации или даже всех жителей получить клятву, что они выдадут всякого подозреваемого в ереси. Все, отказавшиеся дать такую клятву, должны быть осуждены и наказаны как еретики. Прелат должен вызывать к себе подозреваемых и, если они не могут оправдаться, наказывать их по своему усмотрению. Упорствующие еретики, отказывающиеся отречься и вернуться в лоно церкви, а также снова впавшие в ересь после отречения от нее, должны быть переданы в руки светской власти для наказания. Покровителям ереси было отказано в праве быть адвокатами или свидетелями и занимать какую-либо общественную должность.

В Авиньоне в 1209 году собор под председательством папского легата Гуго принял ряд мер, в сущности подтверждавших декреталий папы Луция III. Кроме того, приходских священников обязали присоединиться к мирянам, священным свидетелям или к местным расследователям ереси. Эта система, утвержденная в 1215 году собором в Монпелье, вызвала многочисленные преследования и костры. В 1215 году Латеранский собор еще раз подтвердил инструкции Луция III. Собор решил, что все епископы, которые будут небрежно исполнять свои обязанности, должны быть смещены с кафедр.

Эта угроза, однако, не оказала желательного действия. Правда, то там то сям появлялись фанатики вроде Фулька Тулузского или Генриха Страсбургского, которые все свои силы клали на подавление ереси, но большинство прелатов не делало ничего для дела инквизиции. Мы и без свидетельства современника Луки Тюи знаем, что большинство епископов относились к искоренению ереси без чрезмерного рвения, а многие обращали ее в источник доходов. Когда их упрекали в бездеятельности, они отвечали: «Как осуждать людей, которые не уличены в преступлении и не признаются в нем?»

Папы образовывали время от времени нечто вроде инквизиции легатов, своих прямых полномочных представителей. По мере расширения юрисдикции пап легаты сделались полезными орудиями вмешательства папы в дела епархий — они принимали решающее участие в преследовании еретиков. В сентябре 1209 года собор в Тулузе принял канон, предписывавший всем архиепископам, епископам и независимым аббатам привлекать к борьбе с ересью «священных свидетелей» — такая должность была учреждена в епархиях согласно решению Нарбоннского собора 1227 года. В последующие годы необходимость «священных свидетелей» подтверждали соборы в Арле в 1234 году, в Туре в 1239 году, в Безье в 1246 году и в Альби в 1254 году. В эти же годы были и отдельные случаи, когда учреждались инквизиции легатов. В 1237 году инквизиторы Тулузы действовали с полномочиями легатов. В 1239 году Григорий IX предписал тулузским инквизиторам следовать указаниям его легата, в обход прав епископов.

Общественное мнение господствующих классов Европы требовало, чтобы ересь была во что бы то ни стало уничтожена. Однако, когда кончилось открытое сопротивление, желанная цель оказалась дальше, чем когда-либо прежде. Еретики прикрывались плащом верности католичеству, а когда случайно открывалось их гнездо, судье обыкновенно не хватало подготовки и ловкости, чтобы вырвать у них признание. При отсутствии открытого противостояния было довольно трудно раскрыть тайные мысли сектантов; для этого требовались специально подготовленные люди, единственным делом которых было бы исследование чужих убеждений.

Нищенствующие ордена вполне годились для работы, которая была не под силу епископским судам. Ведь необходимы были постоянные суды исключительно для подавления ереси, совершенно изъятые из-под влияния местных страстей и личных счетов. Следователями и судьями должны были стать люди, специально подготовленные для раскрытия и обращения еретиков. Огромная популярность нищенствующих монахов обеспечивала усердное содействие населения, на какое не могли рассчитывать епископы, обычно находившиеся во враждебных отношениях со своими духовными чадами. Нищенствующие ордена были особенно преданы папству, и они сделали из инквизиции могущественное орудие для увеличения влияния Рима и уничтожения последних остатков независимости местных церквей.

Постепенно совершенствовалось и светское законодательство против ереси. В Англии и в Арагоне уже в XII веке появились соответствующие эдикты. Император Генрих VI в 1194 году предписал отбирать имущество еретиков, накладывать на них суровые наказания, разрушать их дома и подвергать крупным штрафам общины и отдельных лиц, если они не будут содействовать их задержанию; в 1210 году эти предписания были подтверждены Оттоном IV. В 1217 году граф Русельона объявил еретиков вне закона; в 1228 году король Арагонский последовал его примеру. Французский король Людовик VIII предписал за ересь конфискацию имущества и лишение всех прав, а государственные чиновники получили приказание карать всех, кто будет уличен в ереси. Подействовавшим в 1227 году статутам Флоренции епископ во всех случаях преследования ереси должен был действовать совместно с городской администрацией. В Милане в 1228 году были приняты новые законы по настоянию папского легата Готфрида; еретиков надлежало изгнать из пределов республики, дома их разрушить, имущество конфисковать; крупному штрафу подвергался каждый человек, давший им пристанище.