Так как глубокая таинственность была существенной чертой деятельности инквизиции, то стало общим правилом, что показания и свидетелей и обвиняемых делались обязательно в присутствии двух беспристрастных людей, не принадлежавших к инквизиции, но приносивших клятву хранить в тайне все, что услышат. Инквизитор мог для этого пригласить любое лицо по своему усмотрению. Преимущественно такими представителями общества были лица духовного звания, обычно доминиканцы, «люди скромные и религиозные», которые вместе с нотариусом подписывали протокол показаний и удостоверяли его соответствие сказанному. Частое подтверждение этого правила папами и то, что оно было внесено в канонические законы, показывают, что ему придавали большое значение как средству придать судопроизводству беспристрастный вид.
Никто из посторонних не имел права присутствовать на суде; исключение делалось в течение нескольких лет только в Авиньоне, где в середине XIII века представители городских властей временно добились для себя и нескольких сеньоров права присутствовать при судоговорении. В других же местах несчастные, защищавшие перед судьями свою жизнь, были всецело в руках инквизитора и его креатур.
Все судопроизводство инквизиции, все вопросы и ответы записывались; всякий свидетель и всякий обвиняемый были обязаны удостоверить правильность своих показаний, когда они прочитывались им в конце допроса, и приговор основывался исключительно на показаниях, добытых таким путем. Поэтому особая нагрузка ложилась на нотариуса; иногда в помощь ему приглашались писцы, но он был обязан лично удостоверять все документы. Текущие дела судилища порождали груду бумаг; их все надо было переписывать для архивов; кроме того, инквизиции в разных местах постоянно обменивались копиями своих дел — все это была гигантская работа. Инквизитор мог и здесь потребовать бесплатной помощи любого подходящего для этого лица; но было опасно доверять ведение таких бумаг людям, не получившим специальной подготовки. Поэтому старались привлекать грамотных нищенствующих монахов — в идеале раньше бывших нотариусами. В городах, где происходили постоянные заседания, у инквизиции был свой штатный нотариус, получавший жалованье как должностное лицо. Климент V предписал, чтобы этот нотариус давал присягу перед епископом и перед инквизитором.
В 1235 году признания стали тщательно записывать в особые специальные книги. Инквизиторам было приказано сохранять все судопроизводство от первого вызова в суд до приговора. Этот указ неоднократно повторялся; кроме того, было предписано, чтобы со всех документов снимались копии и одна из них помещалась в безопасном месте или передавалась епископу. Книга приговоров тулузской инквизиции за 1308–1323 годы кончается перечнем 636 осужденных, расположенных в алфавитном порядке; против каждого имени сделаны ссылка на страницу, где оно упоминается, и краткое указание на наложенное на наказание и все в нем последовавшие изменения. Таким образом, если должностному лицу нужно было собрать сведения о жителях какого-нибудь поселка, то он сразу мог узнать, кто из жителей находился под подозрением и какое решение относительно него было принято. Первый попавшийся пример из этой книги показывает, насколько точны и подробны были первоначальные списки. В 1316 году была приведена на суд одна старуха; благодаря записям определили, что в 1268 году, то есть почти за полвека до этого, она отреклась от ереси и была воссоединена с церковью. Так как это увеличивало ее вину, несчастную приговорили провести остаток дней в оковах.
С течением времени инквизиция собрала огромный запас справок, которые не только увеличивали ее могущество, но и вызывали ужас людей. Имущество потомков еретиков подлежало конфискации, и тайны семейств, столь тщательно хранимые в архивах инквизиции, давали ей возможность, когда она это находила нужным, увеличивать свои доходы. Особенно ловко инквизиторы раскрывали предосудительные деяния предков тех людей, кто имел несчастье возбудить против себя их недовольство.
Когда нужно было поразить врага, списки нередко подделывали; при этом всякое постороннее лицо, имевшее у себя документы, относящиеся к судопроизводству инквизиции или к преследованию еретиков, подлежало отлучению от церкви. С другой стороны, люди, спокойствию которых эти документы угрожали, стремились их уничтожить. Около 1285 года в Каркассоне консулами города был раскрыт заговор, в котором участвовало несколько высокопоставленных духовных лиц, с целью уничтожения архивов инквизиции. Заговорщики подкупили одного из слуг инквизиции, Бернара Гаррика, который согласился сжечь архивы, но их разоблачили и примерно наказали. Один из них, адвокат по имени Гильем Гаррик, около тридцати лет томился без суда в тюрьме и был судим только в 1321 году.
Даже самые скромные служители инквизиции — сторожа, рассыльные, шпионы — наводили ужас на население. Эта служба была отвратительна честным горожанам, но она сулила выгоды и поэтому часто привлекала бродяг. Служители инквизиции не только были неподсудны светским судам, как и все служители церкви, но благодаря предоставленному Иннокентием IV в 1245 году инквизиторам праву отпускать своим слугам все грехи они были неподсудны даже и духовным судам. Всякое оскорбление, нанесенное служителям инквизиции, рассматривалось как действие, мешающее ее работе, и почти приравнивалось к ереси; если кто-нибудь осмеливался защищаться при нападении этих людей, его предавали суду, в котором они служили. Поставленные таким образом в исключительное положение, они могли делать с беззащитным народом все, что угодно; угрожая арестами и доносами, эти люди занимались откровенным вымогательством.
Этот общественный бич сделался еще страшнее, когда служителям инквизиции было разрешено носить оружие. И это при том, что ношение оружия было строго запрещено во всех мирных общинах. Уже с XI века оно было запрещено в Пистойе; в 1228 году его запретили в Вероне; в Болонье только рыцари и врачи имели право носить оружие и держать при себе одного вооруженного телохранителя. В Милане указ герцога Иоанна Галеаса в 1386 году запретил ношение оружия, но позволил епископам вооружать служителей, живущих под одной с ними кровлей. В Париже постановлением 1288 года было запрещено ношение отточенных ножей, шпаг и тому подобного оружия. В Бокере указ 1320 года грозит различными наказаниями, в том числе отнятием руки, всякому, кто будет носить оружие; исключение было сделано для путешественников: им разрешалось иметь шпаги и кортики. Эти законы принесли огромную пользу цивилизации, но они были сведены почти на нет, когда инквизитор получал право вооружать, кого хотел, и, кроме того, ограждать своих слуг привилегиями и неприкосновенностью.
Климент V пытался навести порядок в этом деле, но его благие усилия не увенчались успехом. В 1321 году Иоанн XXII упрекал ломбардских инквизиторов в том, что они вызвали беспорядки и волнения в Болонье, так как вооруженными слугами были у них отъявленные висельники, которые совершали убийства и угнетали жителей. В 1337 году папский нунций архиепископ Эмбрена Бертран лично убедился, что разрешения, данные инквизитором на ношение оружия, были причиной волнений во Флоренции и угрожали безопасности горожан; он запретил местному инквизитору иметь при себе более двенадцати вооруженных слуг; тем не менее девять лет спустя новый инквизитор брат Пьеро ди Аквила был обвинен в продаже разрешений носить оружие более чем двумстам пятидесяти лицам, что дало ему около тысячи флоринов золотом.
Право отменять все местные статуты, неблагоприятные инквизиции, а также обязанность всех светских должностных лиц по первому требованию помогать инквизиции поставили ее выше государства. Инквизитор мог потребовать от любого должностного лица дать присягу в послушании и в случае отказа отлучить его от церкви, а то и обвинить в ереси. В 1329 году Генрих де Шамэ, инквизитор Каркассона, обратился к Филиппу Валуа с просьбой подтвердить привилегии инквизиции; король ответил указом, которым объявлял, что все герцоги, графы, бароны, сенешали, прево, уездные и земские судьи, кастеляны, приставы и другие судебные чины обязаны повиноваться инквизиторам и их комиссарам; они должны были арестовывать и содержать в тюрьме всех еретиков и подозреваемых в ереси и равным образом оказывать инквизиторам, их комиссарам и гонцам, в пределах своей судебной власти, помощь и покровительство во всем, что касается задач инквизиции. Когда общественный чиновник медлил оказать содействие, то тотчас же он подвергался наказанию. Так, в 1303 году вице-подестат, то есть заместитель главы городской администрации, Бонрико ди Буска отказался дать людей в помощь представителям миланской инквизиции, и его тотчас приговорили к штрафу в сто имперских су, которые он должен был уплатить в пять дней.