Позднее инквизиция решила, что штрафы брать негоже, так как если обвиняемый — еретик, то все его имущество должно быть конфисковано, если же он невиновен, то он не должен быть наказан; впрочем, кроме еретиков, существовало еще множество сторонников и защитников ереси, на которых следовало накладывать штрафы. Таким образом, возможности для злоупотреблений остались — инквизиция никак не желала упускать свою выгоду.

От штрафов нельзя отделять замену наказаний уплатой известной суммы. В 1248 году папский духовник Альгизий приказал от имени Иннокентия IV освободить десять заключенных, сознавшихся в ереси, на том основании, что они пожертвовали крупные суммы на Святую землю. В том же году Иннокентий официально разрешил Альгизию снять наказание с нескольких еретиков без согласия инквизиторов. В 1249 году Альгизий был послан в Лангедок с полномочиями заменять наложенные инквизиторами наказания штрафами, предназначаемыми на нужды церкви и Святой земли. Инквизиторы не замедлили последовать этому примеру — они вовсю пользовались возможностью вымогать деньги у беззащитных жертв. Эта система сохранялась до последних дней инквизиции. Но не было случая, чтобы законным путем деньгами был выкуплен смертный приговор.

Особо благоприятный момент для сделки наступал, если кающийся умирал, не выполнив своей епитимии. Смерть не освобождала людей от инквизиции и отнюдь не смягчала ее преследований. На практике здесь следовало проводить различие между теми, кто умирал, смиренно выполняя свою епитимию, однако не успел довести ее до конца, и теми, кто добровольно не захотел подчиниться наказанию, но по букве закона невыполнение духовного наказания при любом раскладе влекло за собой обвинение в ереси, и безразлично, кого это касалось — живого или мертвого. Так, например, в 1329 году каркассонская инквизиция приказала вырыть и сжечь кости семи лиц, которые умерли в ереси, не исполнив наложенных на них епитимий; это, естественно, привело к конфискации их имущества и грозило их потомкам, кроме разорения, еще и ограничениями прав. Соборы Нарбонны и Альби предписали инквизиторам требовать удовлетворения от наследников тех, кто умер до суда, если они должны были быть осуждены на ношение крестов, а также от наследников тех, кто сознался и был осужден, но умер раньше, чем смог выполнить епитимию.

Есть что-то особенно отталкивающее в той алчности, с которой преследовали за пределами могилы тех, кто смиренно сознался, раскаялся и был принят в лоно матери-церкви; инквизиция не знала жалости и отбирала у наследников все до последнего гроша. Так, например, инквизитор Каркассона предписал пятилетнее паломничество в Святую землю некоему Жану Видалю; но тот умер, не успев выполнить епитимии. 21 марта 1252 года его наследники, вызванные на суд, показали под присягой, что все имущество покойного равнялось 20 ливрам, и обязались признать решение, которое вынесет инквизитор. Это решение было объявлено спустя пять месяцев — от наследников потребовали в качестве компенсации за невыполненное паломничества 20 ливров, то есть все состояние покойного. А вот другой случай. Раймунд Барбайра умер, не совершив нескольких паломничеств, к которым, равно как и к ношению крестов, он был присужден. Опись его имущества показала, что у него были следующие вещи: кровать, одежда, шкаф, несколько голов скота и 4 су; все это перешло к его родным. И вот 7 марта 1256 года инквизитор потребовал от наследников этого убогого имущества уплаты 40 су к Пасхе.

Другим источником доходов инквизиции, также породившим крупные злоупотребления, был залог. Чтобы получить разрешение на внесение залога, нужно было заручиться согласием инквизитора, который ничем не рисковал, назначая цену за свою снисходительность. Залог был скрытой формой взятки; бывало, что с его помощью смягчали наказание. Обычай выпускать обвиняемых под залог вошел в употребление с первых дней инквизиции; иногда под залог освобождали даже заключенных. Человек, получивший прощение после отречения от ереси, также должен был внести залог, обещая не впадать более в заблуждение. Так, например, в 1234 году знатный миланец Лантельмо внес 2000 ливров, а за двух флорентийских купцов друзья внесли 2000 серебряных марок. В 1244 году залог в 1000 ливров, обещая повиноваться приказаниям церкви, внес житель Флоренции; в 1252 году некто Гильем Рожер обязался, внеся в обеспечение 100 ливров, отплыть с первым кораблем в Святую землю и оставался там три года. Гарантия всегда требовалась денежная. Эти деньги шли на покрытие расходов инквизиции. По общему правилу к залогу можно было прибегнуть всегда, кроме тех случаев, когда тяжесть обвинения не оставляла сомнений. Инквизиторам запрещалось принимать залог от еретиков, вина которых и так влекла полную конфискацию имущества, но это правило соблюдалось плохо, и часто находили друзей обвиняемого, которые вносили залог ради хотя бы временного облегчения его участи.

Тюрьмы, куда инквизитор мог упечь своих мучеников, были ужасны, однако гораздо больше страха несчастным внушала угроза лишения имущества, занесенная, как дамоклов меч, над головой всех и каждого. Инквизиция была способна довести до нищеты любое семейство. Богатые люди довольно быстро поняли, что самым благоразумным для них будет заручиться расположением могущественных мздоимцев. В 1244 году доминиканский капитул Кагора приказал инквизиторам не брать подарки и подношения, которые подрывали доброе имя ордена; но эти запреты скоро канули в Лету. Так как инквизиция представляла свои отчеты только папской канцелярии, то ее служители мало боялись расследований, инициируемых местным духовенством. Не опасались они и гнева небесного, так как сами их служебные обязанности обеспечивали полное отпущение всех грехов, которые они совершали и в которых тут же исповедовались и раскаивались. Никакие угрызения совести не смущали их духа.

Только одно наказание чисто светского свойства входило в компетенцию инквизиции — в ее обязанности входило указание домов, оскверненных ересью и, следовательно, подлежащих уничтожению. Уже в самом начале формирования инквизиции, в 1166 году, предписывалось сносить все дома, где еретики находили приют. Такая норма содержалась в указах, изданных императором Генрихом VI в 1194 году, Оттоном IV в 1210 году и Фридрихом II в 1232 году. Она также была внесена в Веронский кодекс 1228 года — предписывалось разрушить те дома, владельцы которых в недельный срок не удалят из дома своих жильцов-еретиков. Такое же предписание было в статутах Флоренции. Во Франции Тулузский собор 1229 года постановил, что всякий дом, в котором приняли еретика, подлежит разрушению, и граф Раймунд в 1234 году дал этому постановлению силу закона. Пустырь, оставшийся на месте снесенного дома, считался проклятым и обычно служил для свалки нечистот, однако не возбранялось, за малым исключением, использовать камень, из которого состояли разрушенные стены, для нового строительства.

Во Франции королевские чиновники, ведавшие конфискацией, в конце концов начали протестовать против разрушения частной собственности — иногда очень крупной, поскольку приговоры инквизиции касались не только крестьянских хижин, но и замков вельмож. Во второй половине XIV столетия между представителями короля и инквизиторами возник длительный спор, который завершился тем, что Карл V, посоветовавшись с папой, опубликовал 19 октября 1378 года указы, отменившие такую карательную меру, как разрушение недвижимости.

Впрочем, в арсенале инквизиции оставалось достаточно наказаний. По указанию папы Григория IX всех, кто, будучи задержанным, отказывался от заблуждений из страха смерти, следовало заключать в тюрьму. Это указание было подтверждено позже и церковными соборами, и императорскими эдиктами. В первой половине XIII века еретики-рецидивисты еще не считались погибшими безвозвратно; их не передавали светской власти, которая штамповала смертные приговоры, но, как правило, приговаривали к пожизненному заключению, что, по версии инквизиции, было особой милостью по отношению к людям, потерявшим всякое право на снисхождение. Исключений не допускалось. Нарбоннский собор 1244 года объявил, что, если нет особой папской индульгенции, не следует щадить никого — даже отца ради детей, единственным кормильцем которых он был; ни возраст, ни болезнь не должны были влиять на смягчение приговора. В Лангедоке ввиду широкого распространения ереси в начале XIII века число осужденных было столь велико, что не хватало тюрем, а епископы постоянно говорили о невозможности прокормить всех заключенных. Дошло до трагикомедии: инквизиторам предписали вплоть до особого решения папы выносить относительно мягкие приговоры; впрочем, когда дело касалось случаев закоснелости в грехах и вероотступничества, пощады ждать все равно не приходилось. Но уже в 1246 году ситуация с тюрьмами, видимо, нормализовалась, и собор в Безье предписал заключать в тюрьму всех грешников; исключение делалось только для тех, у кого были маленькие дети, и лишь в случаях, если грехи их были невелики. Только одним решением, объявленным в Тулузе 19 февраля 1237 года, было приговорено к пожизненному заключению около тридцати человек, причем часть из них пришлось временно запереть в частных домах, поскольку местная тюрьма оказалась переполнена. Здесь же, в Тулузе, с 1246 по 1248 год было осуждено сто двадцать семь человек на пожизненное тюремное заключение, шесть на десять лет, шестнадцать на неопределенный срок, который мог как скостить, так и прибавить местный инквизитор; несколько позднее, согласно решению Нарбоннского собора, стали приговаривать только к пожизненному заключению, которое сделалось обычным наказанием для всех согрешивших — за исключением упорствующих еретиков, попадавших на костер.