Перспектива продвижения фашизма на восток никак не устраивала советское руководство. Определенные шаги на дипломатическом уровне предпринимались и ранее. И вот 25 сентября 1939 года на советско-германских переговорах об урегулировании польской проблемы СССР настоял на включении Литвы в сферу своих интересов. Это положение было закреплено в дополнительном секретном протоколе к германо-советскому договору о дружбе и границе от 28 сентября 1939 года. Наверное, это цинично — решать судьбу государства за его спиной. Но такова политическая реальность тех лет. Именно таким образом (в отличие от Чехословакии) Литву почти на два года удалось сберечь от фашистов.
Добившись признания Прибалтики сферой своего влияния, СССР уже 10 октября заключает с Литвой договор о взаимопомощи. При этом Литве были переданы только что освобожденные от поляков Вильно и Виленская область. Взамен СССР получил право размещать войска, военные и военно-морские базы. Впрочем, войск в июле 1940 года в Литву было введено немного — порядка 60 тысяч человек на все три прибалтийских государства. При этом Красная Армия имела строжайшее предписание ни в коем случае не вмешиваться в политическую жизнь страны или оказывать какое-либо давление на органы местной власти.
Зато на политическом уровне действия предпринимались более чем активные. 14 июня 1940 года СССР предъявил Литве ультиматум, обвинив ее в нарушении договора о взаимопомощи. Тут же возник вопрос о смене правительства. Через два дня такие же ультиматумы были предъявлены Латвии и Эстонии.
Требования Москвы были выполнены. Созданные в Литве, Латвии и Эстонии новые правительства состояли из дружественно настроенных к СССР политических деятелей. Вышедшие из подполья коммунистические партии заняли ведущее положение в общественной жизни. На стихийно возникающих массовых митингах выдвигались требования не только соблюдать договоры о взаимопомощи с СССР, но и провозгласить в прибалтийских республиках советскую власть с последующим вхождением в состав СССР. 14–15 июля в Эстонии, Латвии и Литве состоялись выборы в новые верховные органы власти. Менее чем через неделю, 21 июля 1940 года, вновь избранные парламенты обратились в Москву с просьбами о принятии прибалтийских республик в Советский Союз. Обращения были удовлетворены 7-й сессией Верховного Совета СССР, и 3 августа — Литва, 5 августа — Латвия, и 6 августа — Эстония стали советскими республиками.
Рейх отреагировал незамедлительно. Летом 1940 года по заданию немецко-фашистской разведки в Литву нелегально прибыл бывший посол буржуазной Литвы в Германии полковник Казимир Шкирпа. Этот визит положил начало деятельности организованного контрреволюционного подполья.
Общая граница, хорошо налаженные связи дали возможность Германии основательно внедриться в экономику Литвы. К моменту прихода частей Красной Армии в Литве имелось около 300 немецких предприятий, в том числе 49 мастерских и фабрик, лесопильные и кирпичные заводы, электростанции, автомобильные базы, 88 торговых точек и т. п. Когда в Литву вошли войска Красной Армии, часть немецких предприятий стала использоваться спецслужбами фашистской Германии как базы для конспиративной разведывательной работы.
Учитывая, что далеко не все местные жители были в восторге от вхождения Литвы в состав СССР, националисты имели неплохую базу для пополнения своих рядов. В ноябре 1940 году под руководством и при активном участии германских спецслужб была создана подпольная организация «Фронт литовских активистов», которая объединяла таутининков, христианских демократов, шаулисов. Во главе Фронта стал полковник Шкирпа.
Указания по разоружению Литвы:
«…разоружать по всей стране красную милицию, сотрудников ГПУ, арестовывать их и ликвидировать:
— арестовать всех комиссаров, политруков и прочих, на кого опирается советский режим;
— уничтожить центр и отделы компартии, арестовать всех активных членов этой партии и ее подразделений;
— заставить евреев бежать из Литвы;
— занять важнейшие учреждения в центре и в провинции — предприятия, ж. д. станции, центральный почто-телеграф, крупные склады;
— устраивать всевозможные препятствия для отступающей Красной Армии, нападать из-за угла и разоружать эти части».
21 мая 1941 года в документах Восточно-прусского управления германской военной разведки (Абвер-2) отмечалось: «Восстания в странах Прибалтики подготовлены, и на них можно надежно положиться. Подпольное повстанческое движение в своем развитии прогрессирует настолько, что доставляет известные трудности удержать его участников от преждевременных акций. Им направлено распоряжение начать действия только тогда, когда немецкие войска, продвигаясь вперед, приблизятся к соответствующей местности с тем, чтобы русские войска не могли участников восстания обезвредить».
«…C первых дней установления советской власти в Литве все националистические организации ушли в глубокое подполье, откуда продолжали активно вести антисоветскую работу. За время с июля 1940 года по май 1941 года НКГБ Литовской ССР вскрыто 75 нелегальных организаций и групп.
«Пенктойи колона» (Пятая колонна) — фашистская организация литовских националистов, созданная в конце 1940 года немецкой разведкой. Руководители — немец Патас (репатриировался в марте 1941 года в Германию) и отставной капитан бывшей литовской армии Жадвидас Освальдас (скрылся). Состав — бывшие шаулисы, отставные офицеры литовской армии, полицейские, кулаки. «Цель — подготовка вооруженного восстания в момент начала войны Германии с СССР, совершение диверсионных актов на наиболее важных в стратегическом отношении объектах и захват их в руки организации. При аресте изъяты боевые винтовки, гранаты, взрывчатые вещества, патроны, листовки».
Сохранился перевод одной из этих листовок.
19.03. 1941 года.
Борись!.. Час освобождения Литвы уже близок. Когда начнется поход с Запада, Вы в этот же момент будете информированы… В это время в городах, местечках и деревнях порабощенной Литвы должны возникнуть местные восстания, точнее говоря, взятие власти в свои руки. Сразу надо арестовать местных коммунистов и других предателей Литвы, чтобы они не избежали расплаты за свои действия (предатели будут только тогда помилованы, когда они сумеют доказать, что они ликвидировали хотя бы по одному еврею)… Там, где вы еще не подготовлены, организуйтесь маленькими тайными группами. Когда начнутся военные действия, в тылу будут выброшены парашютисты. Немедленно установите с ними связь и помогайте им… Через деревни и города будет маршировать немецкая армия. В ее рядах будет много знакомых Вам соплеменников. Встречайте всех одинаково мило и сердечно, оказывайте им нужную помощь… Уже сейчас «информируйте» евреев, что их судьба ясна, поэтому пусть сегодня же убираются из Литвы. В решительный момент берите их имущество в свои руки, чтобы ничего не пропало».
Но пока «убираться из Литвы» пришлось не евреям, а той части населения, которая не имела местных корней. В соответствии с советско-германским соглашением от 10 января 1941 года из Литовской ССР по каналу репатриации в период с 3 февраля по 25 марта было передано в Германию 50 260 человек немцев, литовцев, поляков, латышей и эстонцев. Это несколько стабилизировало ситуацию, но не решило проблему националистического подполья коренным образом.
Из докладной записки Народного комиссара государственной безопасности ЛССР от 12 мая 1941 года:
«За последние месяцы в республике значительно растет активная враждебная деятельность. Этому способствует непосредственная близость границы и подрывная деятельность германских разведывательных органов.
За февраль — март — апрель 1941 года органами НКГБ в Литве арестовано 262 человека.
Следственным путем установлено, что повстанческие ячейки в уездах республики создаются немцами через так называемый «Литовский комитет», откуда непосредственно исходит руководство, директивы, материальная помощь и снабжение оружием. В распространяемых листовках намечаются даты восстания, приуроченные к военным действиям между Германией и СССР».