Еще до наступления сумерек линкор «Витторио Венето» и тяжелый крейсер «Пола» получили повреждения от торпед, выпущенных английскими самолетами. Эти повреждения значительно снизили скорость хода итальянских кораблей. В вечерних сумерках к поврежденным кораблям вплотную подошли английские линкоры. Крейсер «Пола» и поспешившие к нему на выручку однотипные крейсеры «Зара» и «Фяуме» были расстреляны артиллерией английских линейных кораблей в течение буквально нескольких минут. Остальные итальянские крейсеры были добиты торпедами вражеских эсминцев. Ту же участь разделили 2 итальянских эсминца. Торпедированный ранее линкор «Витторио Венето» вместе с оставшимися в строю кораблями эскадры сумел уйти от англичан и благополучно вернуться на свою базу.
Удар англичан произвел на итальянцев такое впечатление, что впоследствии они отказались от всяких крупных наступательных действий против английского средиземноморского флота. В ходе происшедшего боя ярко проявилось отсутствие у итальянцев четкого взаимодействия между флотом и авиацией, а также неподготовленность их экипажей к ведению ночного боя.
Вскоре выяснилось, что итальянцы не могут справиться и с Грецией. Поэтому 6 апреля 1941 года немцы вынуждены были начать наступление на Балканы, которое закончилось эвакуацией английских войск из Греции на остров Крит и в Египет. В ходе эвакуации, продолжавшейся целых пять ночей, немцы потопили 26 транспортных судов противника. Из 53 тыс. человек англичане потеряли около 12 тыс. Кроме того, были уничтожены 2 английских эсминца.
После высадки немецких парашютных и посадочно-десантных войск на острове Крит немецкие моряки, используя реквизированные в Греции небольшие пароходы и моторно-парусные суда, 22 мая 1941 года попытались перебросить на Крит свои войска и технику морским путем. Эта попытка была отбита английскими крейсерами и эсминцами, причем немцы потеряли около 800 человек. Отдельные транспортные суда начали прибывать на остров Крит лишь после того, как немецким военно-воздушным силам удалось очистить от англичан все Эгейское море. Со 2 июня между Критом и Грецией было установлено регулярное морское сообщение. На моторно-парусных судах немцы сумели доставить на остров 2 танка, которые весьма пригодились им в борьбе с остатками войск противника. Итальянцы высадили довольно крупный десант на берегу залива Мирамбелас (восточная часть Крита). Три четверти английских войск, действовавших на Крите — свыше 16 тыс. человек, — были эвакуированы в Египет через расположенный на южном берегу Крита порт Хора-Сфакион.
В течение двух дней — 19 и 20 мая — несколькими последовательными ударами немецкой авиации был окончательно добит английский тяжелый крейсер «Йорк», еще ранее выведенный из строя итальянскими торпедными катерами. 22 мая в районе острова Крит немецкие бомбардировщики потопили английские легкие крейсеры «Глочестер» и «Фиджи», а 31 мая в районе западнее Александрии — крейсер ПВО «Калькутта».
В июле 1941 года англичане доставили подкрепления осажденному гарнизону Тобрука. Благодаря противодействию немецко-итальянской авиации противник понес при этом весьма чувствительные потери. Были потоплены: быстроходный минный заградитель «Латона», 2 эсминца, 22 небольших и 9 крупных судов противника; кроме того, еще 18 английским судам были нанесены более или менее серьезные повреждения.
В середине мая 1941 года был выведен из строя почти весь греческий флот, а уцелевшие корабли (1 крейсер, 6 эсминцев и несколько подводных лодок) ушли к англичанам. Немцы приступили к оборудованию на побережье Греции нескольких опорных пунктов; одновременно они организовали службу обеспечения и наладили сопровождение караванов. У важнейших портов на континенте, а также на многих островах Греции были установлены батареи береговой обороны.
24 июля 1941 года немецкие и итальянские самолеты атаковали английский конвой, шедший из Гибралтара на Мальту; при этом был потоплен один эсминец. В тот же самый день по этому конвою итальянские миноносцы, торпедные катера и подводные лодки нанесли еще один удар. Результаты были, однако, не из блестящих: только одна торпеда попала в цель, да и то поврежденный ею пароход сумел добраться до Мальты вместе с другими судами, входившими в состав конвоя. После наступления темноты одному итальянскому торпедному катеру удалось торпедировать английский эсминец из состава конвоя. На следующую ночь, неся большие потери, итальянские катера и подводные лодки-малютки проникли в порт Мальты и еще раз напали на пришедший туда конвой. К сожалению, атака снова оказалась безуспешной.
В конце сентября еще один шедший под сильной охраной караван английских судов подвергся ряду атак со стороны подводных лодок и самолетов-торпедоносцев. Находившаяся поблизости итальянская эскадра сумела своевременно уклониться от боя с превосходящими силами англичан. Итальянцы сообщали, что в этом бою ими был достигнут крупный успех. Однако позднее выяснилось, что они сильно преувеличили свои достижения: в действительности был потоплен всего один английский транспорт.
В последних числах сентября итальянские взрывающиеся катера, доставленные к месту действия на подводных лодках, ворвались в Гибралтарскую гавань и, по сообщениям экипажей, потопили 3 парохода, а 4-му причинили такие повреждения, что он был вынужден выброситься на берег.
В 1941 году, охраняя морские коммуникации, связывавшие немецко-итальянские войска в Африке с Италией, итальянский флот понес довольно большие потери. Были потоплены: крейсеры «Диаз» (25 февраля), «Да Барбиано» и «Ди Джуссано» (13 декабря), 6 эсминцев, 7 миноносцев, целый ряд небольших эскортных кораблей, а также значительное количество транспортных судов, шедших в составе различных конвоев. Здесь опять в полной мере проявилась недостаточная подготовленность итальянских моряков к действиям ночью. 16 апреля 4 английских эсминца, вышедшие с острова Мальта, уничтожили недалеко от островов Керкенна (в заливе Габес) целый конвой, шедший в составе 5 крупных транспортов и 3 итальянских эсминцев. 9 ноября 1941 года 2 английскими легкими крейсерами и 2 эсминцами, также вышедшими с Мальты, был полностью уничтожен еще один конвой. Несмотря на то что в составе этого конвоя шли 2 итальянских тяжелых крейсера и 4 эсминца, они не сумели отразить атаку англичан. Потеряв 2 эсминца и всех своих подзащитных, итальянские корабли ни с чем вернулись на свою базу.
Потери немецко-итальянских конвоев в греческих и албанских водах удерживались на относительно низком уровне. Основными причинами потерь здесь были минные заграждения, налеты самолетов и торпедные атаки подводных лодок. В этом районе итальянский военно-морской флот потерял 1 эсминец, 5 миноносцев и несколько мелких эскортных кораблей.
В начале апреля порт Массауа на Красном море был сдан англичанам. Находившиеся здесь итальянские корабли (6 эсминцев, 2 миноносца и несколько более мелких единиц) погибли во время налетов авиации противника или же были затоплены своими экипажами. Еще раньше в этом районе погиб 1 итальянский эсминец, неожиданно нарвавшийся на крупные силы англичан.
После неоднократных требований немецкого военно-морского представителя в Италии и многочисленных неудач итальянцев в Средиземном море немцы, наконец, перебросили сюда свои подводные лодки, торпедные катера, тральщики и самоходные баржи. Одновременно сюда же было доставлено большое количество мин, горючего и других военных материалов. В итальянском главном морском штабе была учреждена должность командующего морскими силами Германии, действующими на Средиземном море. Назначенный на этот пост вице-адмирал Вейхольд благодаря своей энергии и инициативности подчиненных ему командиров быстро добился активизации боевых действий на Средиземном море.
Теперь удары начали сыпаться уже на англичан. 12 ноября 1941 года подводная лодка капитан-лейтенанта Гуггенбергера потопила в 25 милях восточнее Гибралтара английский авианосец «Арк Ройал». Второй удар последовал 25 ноября, когда капитан-лейтенант фон Тизенгаузен тремя торпедами потопил в восточной части Средиземного моря английский линкор «Бархэм». В середине декабря немцы добились еще одной победы: их подводная лодка потопила легкий крейсер «Галатея». Одновременно немецкие торпедные катера провели успешное минирование подходов к Ла-Валлетте (остров Мальта).