В начале сентября Зюсс заболел. В один из дней революции он был ранен в ногу, и запущенная рана дала серьезные осложнения. 10 октября его отец отправил всю семью в Прагу, где революционное движение было уже подавлено бомбардировкой.

Через двадцать дней после от'езда Зюсса главнокомандующий войсками Виндишгриц артиллерийской бомбардировкой подавил революцию в Вене. Покоритель Вены отдал приказ вешать всех, у кого имеется оружие. Началось торжество реакции. Военные суды увеличивали количество жертв защитников венской революции. Палачи работали без отдыха.

На престол вступил Франц-Иосиф I. В 1849 году он издал конституцию, общую для всех государств, включенных в Австро-Венгрию. В ответ на это венгерский сейм об'явил Венгрию независимым государством.

Австрийская контрреволюция не могла своими силами справиться с народным движением в Венгрии; Франц-Иосиф обратился за помощью к русскому царю Николаю I — оплоту мировой реакции. По приказу Николая в Венгрию были посланы войска под командой генерала Паскевича. Генерал, не жалея пороха и пуль, с чудовищной жестокостью расправился с венгерской революцией.

В ноябре 1848 года семья Зюсс вернулась в Вену. Эдуард Зюсс, оставшийся в Праге по болезни, начал посещать лекции в политехникуме. Болезненное состояние удручало его — рана на ноге не закрывалась.

В Богемском музее Зюсса привлекло собрание силурийских окаменелостей. Хранитель музея Дорницер дал ему первые серьезные об'яснения, разрешил открывать витрины, а летом 1849 года взял его с собой в геологическую экскурсию.

Вид остатков давно исчезнувшего морского населения, мысль о громадных переворотах, происшедших на земле, и сознание, что один удар молотка вскрывает перед ним создание, которого никто из смертных еще не видел, так овладели фантазией Зюсса, что заслонили все другие интересы. Как только зажила его рана, он стал проводить каждый свободный день где-либо в окрестностях Праги, богатой окаменелостями. Он писал отцу восторженные письма и старался раз'яснить ему, какими замечательными созданиями являются граптолиты, нежные морские животные, сохранившиеся в неясных очертаниях на сланцах Кухельбада. Но отца эти письма не очень увлекали. Он отвечал ему, что лучше заниматься химией и такими предметами, которые со временем пригодятся для кожевенного производства. Брат Фридрих сообщал Эдуарду свои опасения, что управляющий делами обманывает отца и что ему, Эдуарду, необходимо возвратиться, чтобы заняться кожевенным производством.

Летом 1849 года Зюсс вернулся в Вену и возобновил учение в политехникуме. Главными предметами его занятий были практическая геометрия и механика. Чтобы порадовать отца, Зюсс сделал большой чертеж его фабрики и получил за это 10 гульденов — огромную сумму для студента того времени. Это были первые деньги, заработанные собственным трудом. Ему приходилось ежедневно проделывать пешком далекий путь в политехникум и обедать, подобно многим студентам, за 12 крейцеров в мрачном кабачке.

Занятия были интересны. Ассистент профессора геометрии водил студентов за город и обучал их в поле с'емке и нивеллировке.

Ассистентом профессора механики был молодой поляк Цезарь Безард фон Безардовский, очень речистый и неутомимый в об'яснениях. Его карманы всегда были наполнены новыми журналами по его специальности. Он был любимцем всех студентов.

Несмотря на то, что занятия были поставлены интересно, Зюсса они полностью не удовлетворяли, и в начале 1850 года он писал своему дяде в Прагу, что техника — только практическая наука, и что даже пресловутая математика, упражняя память и сообразительность, не согревает душу. Его все больше и больше привлекала другая наука, тем более, что Вена, расположенная в богатой равнине, покрытой виноградниками, окруженной горами из молодых морских отложений, изобилующих раковинами, представляла большой контраст с Прагой. Увлекаясь палеонтологией, Зюсс успел закончить свое изучение граптолитов и в апреле 1850 года представил обществу друзей естествознания, основанному Гайдингером, готовую рукопись — первую научную работу.

В начале лета ему пришлось поехать в Карлсбад лечить печень. Здесь его внимание привлекли гранитные столбы, сложенные из нагроможденных друг на друга матрасоподобных глыб, и он начал рисовать некоторые из них.

Долина Карлсбада, врезанная в гранит, представляла по строению и ландшафту противоположность Праге, и Зюсс был неутомим в своих экскурсиях по окрестностям. Местный книготорговец предложил ему составить геологический или, как тогда называли, геогностический отдел путеводителя по Карлсбаду, который собирались издать. Книжка вышла зимой, и очерк Зюсса, помещенный в ней, был его первой печатной работой.

В то время в Праге жил знаменитый палеонтолог Иоахим Барранд. Это был человек высокого роста, внушительной наружности, бритый, в сюртуке, доходившем почти до пят. Иоахим Барранд был интимным советником герцога Шамборского (Генриха Бурбонского) и прибыл в Прагу вместе с французским двором, бежавшим от июльской революции в Париже. Очарованный богатством окаменелостей в древнейших формациях Праги, Барранд поселился в этом городе, собрал обширные коллекции и начал издание многотомного сочинения. Зюсс, по молодости лет, не знал, что, занявшись изучением граптолитов Праги, он нарушает права Барранда, который занимался этим ранее. Когда ему раз'яснили это, он написал Барранду и предложил ему свою коллекцию граптолитов и результаты их изучения. Барранд отказался принять коллекцию и поспешил напечатать свои исследования. Зюссу пришлось, печатая свою работу, исправлять в корректуре номенклатуру новых форм, согласно труду Барранда. Тем не менее, Барранд начал в печати полемику, которую Зюсс не поддержал. Зюсс начал, таким образом, свою научную деятельность, как говорится, в дурную погоду. Впрочем через несколько лет Барранд сам посетил Зюсса в Вене, и между ними возникли даже дружеские отношения, продолжавшиеся до смерти старого ученого.

Деятельность Зюсса обратила на себя внимание ученых и открыла ему доступ в венский придворный Минералогический кабинет. В то время молодой человек, хорошо владевший английским и французским языками и могущий вести переписку, был большой редкостью, и Зюссу охотно поручали ту или иную работу.

В октябре 1850 года он начал слушать лекции: по строительному искусству, по химии и практической геометрии — в политехникуме, и по теоретической астрономии — в университете. Он сдал испытание по механике. Сношения с Безардом возобновились. Последний пригласил Зюсса и еще нескольких студентов приходить к нему три раза в неделю на дом. Он обещал об'яснять новые машины, а Зюсс должен был учить студентов английскому языку, чтобы они могли понимать специальные журналы. Занятия проходили успешно.

В это время в Вене появился спрос на лакированную кожу, и Зюсс построил на фабрике отца шесть новых печей для лакировки. Но интересы его попрежнему были связаны с музеем.

Однажды, в начале декабря 1850 года, отец Зюсса шел по улице. Его остановили и предупредили, что завтра у него будет обыск. Он вернулся домой. Семья все пересмотрела, но ничего подозрительного не нашла, кроме нескольких журналов и карикатур 1848 года. Эдуард на вопросы отца заявил, что он ни в каких запрещенных обществах или делах участия не принимал. Обыск, произведенный через три дня, ничего не обнаружил; но из стола Эдуарда забрали все бумаги.

В политехникуме отсутствовали Безард и некоторые товарищи Зюсса; по слухам, они были арестованы. 16 декабря в половине седьмого утра Эдуарда Зюсса арестовали. Полицейский чиновник, в сопровождении другого чина, повел его под руку в мрачное здание в переулке Штерн, где раньше помещался женский монастырь, а теперь был расположен полицейский штаб. Народная молва называла его «отель Штерн». Когда Эдуарда вели по обширному двору, один из гулявших там арестантов воскликнул: «Вот гувернантка опять привела воспитанника». В канцелярии составили протокол. Эдуарда раздели, отобрали часы и запонки и затем повели на несколько этажей вниз. В темном коридоре открыли тяжелую дверь камеры, из глубины которой раздался возглас: «Нас уже шестеро, нет места!», но Зюсса втолкнули и быстро заперли дверь на замок.