В правление Карла V (перв. пол. XVI в.) для усиления влияния на дела провинций была сделана попытка перенести в Нидерланды систему управления в духе абсолютизма. Основные полномочия государя перешли к его наместнику — генеральному стадхаудеру. По реформе 1531 г. при наместнике сложилось несколько административных органов (в последующем эта административная организация сохранилась в южной части Нидерландов — Бельгии). Важнейшим был Государственный совет. В нем решались общеполитические и административные дела, вопросы военной безопасности, церковного, центрального и местного управления, а также внешней торговли. Составляли его представители аристократии.

В 1560-е гг. из совета выделился узкий его состав под названием Консульты во главе с наместницей Маргаритой Пармской и кардиналом. Остальные члены совета играли формальную роль. Собирался совет только по усмотрению самого наместника.

Тайный совет ведал законодательной работой. Традиционно его составляли правоведы-легисты под руководством одного из вельмож. Кроме разработки проектов внутренних законов и распоряжений наместника, этот совет рассматривал судебные дела, контролировал работу низших судов, давал рекомендации наместнику по замещению вакантных должностей в центральной и местной администрации.

Финансовый совет управлял королевским доменом, осуществлял общее руководство финансовой и налоговой политикой. Состоял он из трех вельмож и трех специалистов, а также нескольких чиновников. У этого совета были специальные внутренние ведомства: Счетная и Казначейская палаты (по взиманию налогов) и Монетный двор.

Органом высшего суда и судебного надзора был Большой Совет, который состоял из профессиональных правоведов. Специализированные судебные ведомства решали наиболее важные — ленные и торговые споры.

Местная администрация представляла только наместника и подчинялась ему. Ее составляли разного рода должностные лица (местные стадхаудеры, бальи, маркграфы и т. п.), полномочия которых были одновременно и административными, и судебными. Земли и провинции исторически располагали значительной автономией.

Традиционным представительным органам — Генеральным штатам, провинциальным штатам (собраниям) — в реализации государственной власти принадлежало незначительное место, и оно все более сокращалось. Созывались Генеральные штаты только по распоряжению короля, в личном присутствии стадхаудера и только для вотирования налогов. Никаких содержательных обсуждений политических дел там не допускалось. Депутатский состав штатов был традиционным и включал преимущественно представителей дворянства, католического духовенства и городской аристократии; в некоторых провинциях к участию допускались и старосты сельских общин (там, где не было городов).

К середине XVI в. утверждаемая испанской короной система управления и политика испанской монархии вошла в резкое противоречие с социально-политическими стремлениями населения Нидерландов. Страна, и особенно ее города, стала центром мировой морской торговли. Сложился значительный слой богатейших буржуа, связанных с торговлей и ремесленно-мануфактурным производством. Влиятельное, хотя и немногочисленное местное дворянство было недовольно военными авантюрами императора, для которых Нидерланды постоянно служили плацдармом, грабительской налоговой политикой. Общественное недовольство аккумулировалось в массовой поддержке городами и крестьянством распространившегося по Европе реформационного течения кальвинизма. Правительство усилило политическое и идеологическое давление на провинции. Был реорганизован епископат католической церкви, укреплены суды инквизиции. Однако кальвинистская проповедь свободы вероучения и покорности властям лишь до тех пор, пока они не вступают в противоречие со «словом Божиим», стала религиозным оправданием сложившейся оппозиции.

С 1562 г. поддержка нового кальвинистского вероучения приобрела характер вооруженного сопротивления властям. Тогда же оформились оппозиционный Союз дворян и близкая к ним Лига господ во главе с голландским принцем Оранским. В апреле 1566 г. дворянская оппозиция предъявила петицию наместнице с требованиями послабления кальвинистам, восстановления «вольностей и свобод», возобновления Генеральных штатов. Это было началом политической борьбы. В августе во Фландрии началось мощное Иконоборческое восстание, направленное против католичества.

Борьба с Испанией за независимость (1566–1618 гг.) и за государственное самоопределение растянулась почти на полвека. Поворотным моментом стало прямое вторжение испанских войск и налоговое давление на страну. Это вызвало широкое восстание городского населения и партизанскую борьбу, включая морскую. Начиная с 1572 г. собравшиеся Генеральные штаты стали формировать самостоятельную администрацию.

Вильгельм Оранский был признан Штатами законным единственным стадхаудером. За счет конфискованных церковных земель начато формирование новой армии. В 1574 г. установлено синодальное правление общей кальвинистской церкви. В ходе восстания на севере были ликвидированы прежние административные советы, на их место Генеральные штаты организовали Военный (1576) и Генеральный (1577) советы, которые стали играть роль правительства в формирующемся государстве.

В октябре 1576 г. Генеральные штаты, собравшиеся в Генте, объявили о взятии государственной власти в свои руки. По сути, была провозглашена республика. Однако это спровоцировало распад страны и нарастание социальных расхождений. Южные провинции откололись. Голландия и Зеландия объявили о своей автономии. Под их лидерством в январе 1579 г. семь северных провинций заключили Утрехтскую унию, которая оформила федеративное политическое единство их союза и создала основу будущей государственности. Новый подъем городского движения и борьбы с испанской армией завершился провозглашением независимости от Испании в 1581 г. (актом о низложении короля Филиппа).

Нарастание социальных противоречий, двойственная политика дворянско-католического блока во главе с принцем Оранским, вмешательство Франции привели в итоге к полному отделению южных провинций от Северной федерации (1585). Одновременно военные неудачи и ряд внешнеполитических обстоятельств, а также возрастание военной мощи морского флота Федерации вынудили Испанию заключить с Нидерландами в 1609 г. перемирие на 12 лет. Условиями перемирия были признание существующих границ, невмешательство в торговлю Нидерландов с колониями в Ост-Индии и в целом согласие с независимостью Провинций. Окончательное государственное самоопределение Соединенных провинций и международное его признание были установлены по Мюнстерскому мирному договору, ставшему частью Вестфальского мира 1648 г. Испания устанавливала мир с Республикой, признавала ее государственные и торговые интересы в колониях. Ликвидировалось номинальное подчинение Провинций Германской империи.

Государственное самоопределение провинций было неразрывно с формированием принципов нового конституционного строя.

Конституционную роль для образовавшейся Республики Объединенных провинций играл акт о заключении Утрехтской унии 23 января 1579 г. (в 26 статьях). Им была заложена новая форма государственного единства, определены пределы государственных полномочий Республики и сохранявших автономию семи провинций.

Провинции образовывали конфедеративный союз, в котором объединенным властям принадлежали военно-политические и финансовые полномочия. Конфедерация провозглашалась неразделимой. Военно-политические основы союза предусматривали обязанность совместной защиты, а также помощи против государственных посягательств сеньоров, принцев и т. д. Основой для совместных действий становилась общая военная организация — в виде милиции на принципе всеобщей мужской воинской повинности (от 18 до 60 лет). Только с общего согласия всех провинций могли решаться главные политические вопросы: о войне и мире, перемирии, о заключении внешних союзов, повышении налогов. В финансово-хозяйственной сфере конфедерация предполагала общие налоги (на вино, пиво, зерно, животных, с засеянных земель и др.), согласованные меры о введении общей монеты. Объединенная армия должна была содержаться за счет общих субсидий. Провинции обязывались соблюдать заключенную унию (тем самым не выходить из нее).