Густав Ваза испытывал крайнюю нужду в денежных средствах и попытался поправить дело за счёт церкви. Это привело его к конфликту с епископами и Римом. В Швеции получили свободу проповеди лютеранские священники. Первыми новое вероисповедание приняли горожане Стокгольма — с 1525 г. богослужение стало вестись здесь на шведском языке, а год спустя Олаус Петри перевёл Евангелие с латинского на шведский язык. В 1527 г. на ригсдаге в Вестеросе король, поддержанный в первую очередь дворянством, настоял на секуляризации церковного имущества.

Официально реформацию приняли церковные соборы 1536–1537 гг. В 1539 г. было введено новое церковное устройство. Король стал главой церкви. Церковным управлением ведал королевский суперинтендант с правом назначать и смещать духовных лиц и ревизовать церковные учреждения, включая сюда и епископства. Епископы сохранялись, но власть их ограничивалась советами-консисториями.

Реформация способствовала укреплению независимости шведского государства в форме централизованной сословной монархии.

Густаву Вазе удалось укрепить не только шведское государство, но и королевскую власть. Однако, сделав многое для централизации королевской власти, Густав, верный средневековой традиции, разделил королевство на четыре части, отдав их во владения своим сыновьям Эрику, Иоанну, Магнусу и Карлу. После смерти Густава в 1560 г. его старший сын стал править под именем Эрика XIV, а три младших брата остались полунезависимыми правителями с не определёнными законом правами по отношению к королю.

Вскоре Эрик вступил в конфликт с родным братом Иоанном (Юханом), герцогом Финляндским, и большей частью шведской аристократии. 29 сентября 1568 г. в Стокгольме вспыхнуло восстание. Эрик был свергнут с престола, объявлен сумасшедшим и заключён в тюрьму. На престол взошёл его брат Иоанн (Юхан) III.

Новый король был женат на Екатерине (1526–1583 гг.), дочери Сигизмунда I Старого. Таким образом, королевич Сигизмунд имел с Ягеллонами родство по женской линии. Однако в историю он вошёл как Сигизмунд Ваза.

9 (19) августа 1587 г. группа панов — сторонников Яна Замойского — провозгласила королём Сигизмунда. Конкурирующий клан Зборовских, в свою очередь, объявил королём эрцгерцога Максимилиана. Любопытно, что литовские паны не участвовали в избрании обоих «королей», а направили своих представителей к русским послам и напрямую потребовали, чтобы царь Фёдор заявил о переходе в католичество и чтобы им немедленно было выдано для начала 100 тысяч рублей наличными. Послы сказали, что на это ответ уже дан, и другого ответа не будет.

Оба новоизбранных короля поспешили ввести в Польшу по «ограниченному контингенту» своих войск. Максимилиан с австрийцами осадил Краков, но штурм был отбит. Между тем с севера со шведским войском уже шёл Сигизмунд. Население столицы предпочло открыть ворота шведам. Сигизмунд мирно занял Краков и немедленно там короновался (27 декабря 1587 г.). Замечу, что, присягая, Сигизмунд III повторил все обязательства предшествующих королей в отношении диссидентов.

Тем временем коронный гетман Ян Замойский со своими сторонниками дал сражение Максимилиану при Бычике в Силезии. Австрийцы были разбиты, а сам эрцгерцог взят в плен. В начале 1590 г. поляки освободили Максимилиана с обязательством не претендовать более на польскую корону. За него поручился брат — император Священной Римской империи.

Но, в отличие от прежних королей Польши, Сигизмунд был фанатичным католиком. На его убеждения повлияла и мать — убеждённая католичка, и реформация в Швеции.

Взойдя на престол, Сигизмунд III немедленно приступил к гонениям на диссидентов (то есть некатоликов). В 1577 г. знаменитый иезуит Пётр Скарга издал книгу «О единстве церкви божией и о греческом от сего единства отступлении». Две первые части книги посвящались догматическим и историческим исследованиям о разделении церкви, в третьей части содержались обличения русского духовенства и конкретные рекомендации польским властям по борьбе с православием. Любопытно, что в своей книге Скарга именует всех православных подданных Речи Посполитой просто «русскими».

Скарга предложил ввести унию, для которой нужно только три вещи: во-первых, чтобы митрополит Киевский принимал благословение не от патриарха, а от папы; во-вторых, чтобы каждый русский во всех артикулах веры был согласен с Римской церковью; и, в-третьих, чтобы каждый русский признавал верховную власть Рима. Что же касается церковных обрядов, то они остаются прежними. Эту книгу Скарга перепечатал в 1590 г. с посвящением королю Сигизмунду III. Причём и Скарга, и другие иезуиты указывали на унию как на «переходное состояние, необходимое для упорных в своей вере русских».

В книге Скарги и в других писаниях иезуитов средством для введения унии предлагались решительные действия светских властей против русских.

Сигизмунд III твёрдо поддержал идею унии. Православные церкви в Речи Посполитой были организационно ослаблены. Ряд православных иерархов поддался на посулы короля и католической церкви.

24 июня 1594 г. в Бресте был созван православный церковный собор, который должен был решить вопрос об унии с католической церковью. Сторонникам унии правдами и неправдами удалось принять 2 декабря 1594 г. акт унии. Уния расколола русское население Речи Посполитой на две неравные части. Большинство русских, включая и шляхтичей, и магнатов, отказалось принять унию.

29 мая 1596 г. Сигизмунд III издал манифест для своих православных подданных о совершившемся соединении церквей, причём всю ответственность в этом деле брал на себя: «Господствуя счастливо в государствах наших и размышляя о их благоустройстве, мы, между прочим, возымели желание, чтобы подданные наши греческой веры приведены были в первоначальное и древнее единство со вселенскою римскою церковию под послушание одному духовному пастырю. Епископы [униаты, ездившие к папе. — А. Ш.] не привезли из Рима ничего нового и спасению вашему противного, никаких перемен в ваших древних церковных обрядах: все догматы и обряды вашей православной церкви сохранены неприкосновенно, согласно с постановлениями святых апостольских соборов и с древним учением святых отцов греческих, которых имена вы славите и праздники празднуете».

Повсеместно начались гонения на русских, сохранивших верность православию. Православных священников изгоняли, а церкви передавали униатам.

Православные шляхтичи во главе с князем К. К. Острожским и протестанты во главе с виленским воеводой Криштофом Радзивиллом решили бороться с унией старым легальным способом — через сеймы. Но католическое большинство при сильной поддержке короля на сеймах 1596 г. и 1597 г. сорвало все попытки диссидентов отменить унию. В итоге к уже существующей межконфессиональной розни добавился и конфликт между униатами и православными. Да и вообще Сигизмунд был человеком из другого мира, чуждый не только своим русским подданным, но и польским панам. Он носил бородку клином, как его современник, жестокий и подозрительный испанский король Филипп, с которого Сигизмунд во многом брал пример. Вместо простого кафтана и высоких сапог, какие носил Баторий и другие польские короли, Сигизмунд одевался в утончённые западные одежды, в чулки и туфли.

В ноябре 1592 г. умер шведский король Иоанн III. Сигизмунд III отпросился на год у сейма, чтобы уладить свои наследственные дела. Он короновался шведской короной в Упсале. Побыв несколько месяцев в Швеции, Сигизмунд отправился в Польшу, поручив управление страной регенту — своему дяде Карлу Зюдерманландскому (1530–1611 гг.)

На родине Сигизмунд популярностью явно не пользовался. Масла в огонь подлила и женитьба Сигизмунда на католичке — австрийской принцессе. С отъездом Сигизмунда в Польшу власть в Швеции постепенно стала переходить к его дяде герцогу Карлу Зюдерманландскому. В 1594 г. он официально был объявлен правителем государства.

В ответ Сигизмунд собрал польские войска и начал боевые действия со Швецией. Он высадился непосредственно на территории Швеции, но в 1597 г. был наголову разбит в битве при Стонгебру. Одновременно начались и боевые действия в Эстляндии, которые шли до 1608 г. с переменным успехом.