Вернувшийся из татарского плена в Запорожье, князь Василий Борисович Шереметев с рейтаром Иваном Кулагиным подтвердили, что хан действительно так напуган запорожцами, что даже отправил к королю своего посланца с отказом тому в помощи. То же сообщали и другие беглецы и пойманные татары.

В январе 1664 г. Серко двинулся крекам Буг и Днестр, где побил много турок. После взятия турецкого города Тягина Серко повернул на север на украинские города, лежащие на Буге. Как доносил сам Серко царю: «Услыша же о моем, Ивана Серка, приходе, когда я ещё с войском к городу и не подошёл, горожане сами начали сечь и рубить жидов и поляков, а все полки и посполитые, претерпевшие столько бед, неволю и мучения, начали сдаваться. Через нас, Ивана Серка, обращена вновь к вашему царскому величеству вся Малая Россия, города над Бугом и за Бугом, а именно: Брацлавский и Калницкий полки, Могилёв, Рашков, Уманский повет, до самого Днепра и Днестра. Безвинные люди (этих мест) обещались своими душами держаться под крепкою рукою вашего царского пресветлого величества до тех пор, пока души их будут в телах, и врагам креста Господня не поддаваться и не служить»[51].

Действительно, Серку не сдался только один город — Чигирин, но и тот был осаждён. Успехи Серка вдохновили на мятеж и бывшего гетмана Ивана Выговского. Поляки сделали его сенатором, но тот всё равно считал себя обойдённым. Однако вскоре Выговский был захвачен польским полковником Махоцким и расстрелян.

После разгрома королевских войск у Новгорода-Северского гетман Брюховецкий отправился на Правобережную Украину и сжёг Черкассы, после чего пошёл к Каневу.

Отряд Серко двинулся к Бужину. Там 7 апреля 1664 г. на него напал Стефан Чарнецкий с двухтысячной польской и татарской конницей. После почти двухнедельных боёв поляки и татары были разбиты запорожцами и русскими из отряда Касогова.

Между тем Брюховецкий с московским воеводой Петром Скуратовым стояли обозом под Каневым. 21 мая на них напали поляки и татары, но были отбиты. В тот же день Брюховецкий и Скуратов вошли в Канев, на следующий день под город явился сам Чарнецкий с хорунжим коронным Собеским, полковником Маховским, Тетерей и татарами. Бой под Каневым продолжался целый день, и только к вечеру неприятель отступил и стал в версте от города. Шесть дней всё было тихо, а 29 мая Чарнецкий, отпустив свои обозы к Ржищеву, двинулся опять под Канев и всеми силами атаковал гетманскую пехоту. Та дрогнула и опрокинулась на московский солдатский полк Юрия Пальта, но солдаты выдержали натиск. В тот же день Чарнецкий отошёл от Канева и встал в десяти верстах на Днепре выше города. 2 июня он пошёл к Корсуни, оставив под Каневым небольшой отряд конницы, чтобы прикрыть его отступление. От Корсуни Чарнецкий пошёл за Белую Церковь к местечку Ставищи, попытался взять его штурмом, но потерпел неудачу, потеряв при этом, как доносили в Москву, три тысячи человек. Чарнецкий сам был ранен и вскоре умер.

Весной 1665 г. военные действия начались удачно для русских: Брюховецкий и Протасьев отправили из Канева любенского полковника Григория Гамалею, который 4 апреля вошёл в Корсунь. Поляки, обороняясь, сожгли город, и Гамалея привёл в Канев всех его жителей с жёнами и детьми.

Преемник Чарнецкого Яблоновский 21 мая под Белой Церковью был разбит высланными из Канева русскими и калмыками.

Гетман Брюховецкий выступил из Канева под Белую Церковь, но, узнав, что татарская орда собирается в Цыбульнике и хочет напасть на русский лагерь, что казацкий полковник Опара «отводит города от царской руки», отступил к Каневу, под Мотовиловку. Здешние жители присягнули царю и перебили стоявших у них польских гайдуков. Но слухи о наступлении орды оказались ложными. Орда не приходила, отряды Яблоновского и Тетери ушли в Польшу, польские гарнизоны оставались только в Белой Церкви, Чигирине, Корсуни (в малом городке) и Умани, да ещё Опара с небольшим отрядом стоял под Корсунью. Брюховецкий, расквартировав войска по правобережным городкам, перешёл на левый берег Днепра, остановился в Гадяче и отправил царю гонца и известием, что едет в столицу «видеть его пресветлые очи».

13 сентября 1665 г. гетман со своими спутниками предстал перед государем. Приём был обычный, посольский, все целовали царю руку и были спрошены о здоровье. 15 сентября гости били челом, «чтоб великий государь пожаловал их, велел малороссийские города со всеми принадлежащими к ним местами принять и с них денежные и всякие доходы сбирать в свою государеву казну, и послать в города своих воевод и ратных людей».

Царь велел сказать Брюховецкому, чтобы тот представил свои просьбы в письменном виде; тот подал царю в письме следующее: «1) Для усмирения частой шатости и для доказательства верности к государю всякие денежные и неденежные поборы от мещан и поселян погодно в казну государеву сбираются; по всем городам малороссийским кабаки будут только на одну горелку, и приходы кабацкие отдаются в государеву казну; туда же идут сборы с мельниц, дань медовая и доходы с купцов чужеземных. 2) Стародавние права и вольности казацкие подтверждаются. 3) После избрания каждый гетман обязан ехать в Москву и здесь от самого царя будет принимать булаву и знамя большое. 4) Киевским митрополитом должен быть святитель русский из Москвы». 5-я статья определяла численность царского войска и в каких городах ему стоять. «6) На войсковую армату (артиллерию) назначаются города Лохвицы и Ромен. 7) Московские ратные люди не должны сбывать по рынкам воровских денег. 8) Не должны называть казаков изменниками».

Статьи эти были приняты царём, кроме одной, 4-й, о митрополите. Царь сказал, что прежде об этом он должен посоветоваться с константинопольским патриархом.

Брюховецкий загостился в Москве до конца декабря 1665 г., а между тем ещё в сентябре стали приходить из Малороссии дурные вести и требования скорейшего возвращения гетмана.

Правобережный гетман Дорошенко в сентябре 1665 г. начал военные действия, напав на браславского полковника Дрозда, верного Москве. Браславцы оказались в окружении и не могли добыть даже воды. Но 22 сентября Дрозд сделал вылазку на неприятельские шанцы, перебил всех находившихся там ратных людей Дорошенко, взял восемь знамён и дал возможность браславцам добыть воду. Овруцкий полковник Демьян Васильевич Децик разбил сторонников Дорошенко между Мотовиловкой и Паволочью. Западные казаки появились на левой стороне, но были перебиты.

В ноябре 1665 г. Дорошенко удалось всё-таки взять Браславль (Бряслав). Полковник Децик покинул Мотовиловку и отступил к Каневу, а оттуда поехал в Переяслав к наказному гетману. В войске его начались болезни, часть его казаков перешла на Левобережье, а на западной стороне из верных казаков не осталось никого, кроме тех, которые были в Каневе.

Казаки Дорошенко и поляки заняли Мотовиловку, которая находилась всего в 35 верстах от Киева. Чтобы защитить столицу, киевский воевода князь Никита Львов послал под Мотовиловку рейтарского майора Сипягина. В полночь Сипягин подошёл к городу, велел своим ратным людям перелезть через стену и отбить ворота. Поляки и казаки начали стрелять, но рейтары всех их перебили и выжгли город.

И Москва, и Варшава давно устали от войны. В феврале 1664 г. в ставку короля Яна Казимира под Севском прибыл из Москвы посланник стряпчий Кирилла Пущин с царской грамотой с предложением нового съезда уполномоченных. Литовский канцлер Христофор Пац объявил посланнику, что с королевской стороны комиссары готовы, и что съезду быть в Белёве или в Калуге.

1 июня 1664 г. под Смоленском в селе Дуровичи состоялся первый съезд русских и польских послов. Но, как и следовало ожидать, мирный процесс увяз в бесконечных спорах. Послы разъехались в сентябре 1664 г., договорившись начать новые переговоры не ранее июня 1665 г., после окончания польского сейма.

Между тем в 1664 г. маршалок Юрий Любомирский поссорился с королём и королевой. Сейм приговорил его «к потере достоинства, имущества и жизни». Любомирский бежал в Силезию, но шляхта Великой Польши поднялась на его защиту, и Любомирский в результате стал во главе «рокоша» и начал боевые действия против королевских войск.