1-я бригада торпедных катеров (в числе которых имелось 10 катеров Г-5 «волнового управления», которые должны были наводиться на противника с самолетов МБР-2), бригада траления, сторожевые корабли и катера охраны водного района (ОВР) Главной базы. В текущем ремонте (на заводе № 201): крейсер «Красный Крым», эсминец «Железняков»; подводные лодки Л-4 и Щ-207.
В капитальном ремонте подводные лодки Л-6, Д-4 и Д-6. Проходили заводские испытания подводные лодки Л-24 и Щ-216. Достраивались эсминцы «Способный» и «Совершенный».
В Одессе базировались: дивизион канонерских лодок в составе: «Красный Аджаристан», «Красная Армения», «Красная Грузия», а также старый крейсер «Коминтерн» (бывший «Кагул»).
На порт Очаков базировалась 2-я бригада торпедных катеров.
На военно-морскую базу Новороссийск базировались:
Корабли ОВР, 10-й отдельный учебный дивизион подводных лодок (7 единиц, из которых в строю в Новороссийске подводные лодки Щ-201 и М-52; подводная лодка Щ-202 — в Феодосии на испытании торпед; подводные лодки Щ-203, М-51 и М-55 — в различных видах ремонта в Севастополе, и подводная лодка М-54 — в среднем ремонте в Херсоне).
В военно-морской базе Поти находились: подводная лодка А-4 из состава 6-го дивизиона подводных лодок 2-й бригады подводных лодок, базировавшегося на Поти (остальные четыре подводные лодки находились на ремонте в Севастополе).
На военно-морскую базу Батуми базировались: эскадренные миноносцы «Фрунзе» и «Дзержинский», временно выведенные из состава эскадры и приданные ВМБ Батуми.
На ремонте в Николаеве находились: лидер «Ташкент» (на нем производилась замена вооружения: щитовые установки Б-13 заменяли на башенные Б-2ЛМ, а 45-мм пушки 21К — на автоматы 70К), эсминец «Бдительный», канонерская лодка «Красная Абхазия» и подводные лодки Щ-212, Щ-213, Щ-214 и Щ-215.
Там же, в Николаеве, на плаву достраивались: легкие крейсера проекта 68 «Фрунзе» (техническая готовность 33 %, плановый срок ввода в строй 1942 г.), «Куйбышев» (27 %, 1942 г.);
лидеры проекта 48 «Киев» (48,9 %, 1942 г.) и «Ереван» (25,4 %, 1942 г.);
эсминец проекта 7У «Свободный» (83,8 %, 1941 г.);
эсминцы проекта 30 «Огневой» (50,8 %, 1942 г.) и «Озорной» (21,2 %, 1942 г.);
подводные лодки проекта XIIIбис Л-23 (89,9 %, 1941 г.), Л-25 (63,2 %, 1941 г.);
подводная лодка проекта IХбис С-35 (40,4 %, 1941 г).
Кроме того, на стапелях находились линкор «Советская Украина», тяжелый крейсер «Севастополь», легкие крейсера «Свердлов» и «Орджоникидзе», пять эсминцев проекта 30, четыре сторожевых корабля проекта 29, три подводные лодки проекта IХбис и три подводные лодки проекта XVI.
Итого к 22 июня 1941 г. Черноморский флот имел в строю и ремонте 1 линкор, 5 крейсеров, 17 лидеров и эсминцев, 2 сторожевых корабля, 44 подводные лодки, 4 канонерские лодки, 2 минных заградителя, 12 тральщиков, 78 торпедных катеров, 24 охотника за подводными лодками.
Командованию Черноморского флота подчинялась Дунайская речная флотилия, созданная летом 1940 г. в дельте Дуная после занятия советскими войскам Бессарабии.
К 22 июня 1941 г. в состав флотилии входили: 5 мониторов («Ударный», «Железняков», «Ростовцев», «Мартынов», «Жемчужин»), 2 канонерские лодки («Буг» и «Днестр»), 22 бронекатера проекта 1125,7 катеров-тральщиков, отряд глиссеров и несколько вспомогательных судов.
Следует заметить, что сразу же после начала Великой Отечественной войны Черноморский флот стал пополняться катерами морпогранохраны НКВД. Всего к 18 июля от погранохраны было принято 105 катеров, а также учебный корабль «Комендор», вооруженный 1— 75 мм и 4—45 мм пушками.
В составе флотской авиации находилось 625 самолетов, из них 167 — гидросамолеты. (По другим данным, всего было 624 самолета, из них 138 бомбардировщиков, 346 истребителей, 140 разведчиков.)
В подавляющем большинстве истребители были представлены старыми машинами типа И-16. Лишь перед самой войной авиация Черноморского флота получила новые истребители: 16 МиГ-З и 7 Як-1.
Суда вспомогательного флота недостаточно обеспечивали нужды боевых кораблей. К началу войны в составе Черноморского флота состояли три транспорта и танкера, 33 буксира, 74 баржи, 2 мотобота и 4 плавкрана, всего 116 вспомогательных судов.
Резервом Черноморского флота были суда транспортного флота. В его составе было 102 сухогруза и грузопассажирских судна (общей грузоподъемностью 191 тыс т) и 17 танкеров (общей грузоподъемностью 125,3 тыс т). Кроме того, имелось несколько десятков рыболовецких и различных служебных судов гражданских ведомств.
С началом войны в состав Черноморского флота было мобилизовано 147 судов.
Потенциальным противником Черноморского флота были румынский и болгарский флоты. Румынский флот состоял из четырех эсминцев, одной (!) подводной лодки «Дельфинул», трех торпедных катеров, а также нескольких малых сторожевых кораблей и минных заградителей.
На Дунае румыны имели довольно мощную речную флотилию, ядро которой составляли семь мониторов. Однако выход этих мониторов в Черное море был фактически исключен.
Береговая оборона Румынии к июню 1941 г. имела в своем составе десять 152-мм и четыре 120-мм пушки.
К сентябрю 1940 г. на вооружении ВВС Румынии состояло 276 боевых самолетов, в их числе 121 истребитель (польские PAL-11, немецкие Хе-112 и английские «Харрикейн» Mk1); 55 бомбардировщиков (итальянские SM-79, германские «Блох» М.В.210, французские «Потез-63», английские «Бристоль» и «Блейнхем»); 82 разведчика румынского производства IAR-37, 38 и 39 и 18 итальянских летающих лодок «Савойя».
Кроме того, 440 самолетов имелось в летных школах и учебных частях.
Осенью 1940 г. Антонеску обратился к Германии с просьбой помочь в реорганизации румынских ВВС. С конца 1940 г. немцы начали отправку в Румынию более современных боевых самолетов: Ме-109Е и Хе-111Е.
Наконец, следует учесть, что кроме авиации Черноморского флота румынам противостояла многочисленная авиация Одесского военного округа.
Флот Болгарии был более чем анекдотичен. Самыми мощными его кораблями являлись сторожевики водоизмещением в 100 т, вооруженные двумя 47-мм пушками и двумя 450-мм торпедными аппаратами. Скорость хода их составляла 17 узлов. Построены эти суда были в 1906–1908 гг. и числились миноносцами. Было еще несколько катеров-тральщиков и катеров ПЛО. Единственной боевой силой были два торпедных катера германской постройки фирмы «Люрсен».
14 января 1941 г. было опубликовано Заявление ТАСС со ссылкой на сообщения в иностранной печати о переброске некой части немецких войск в Болгарию. 15 января Болгария опровергла заявление о нахождении иностранных войск на ее территории. Однако уже в феврале в Бургас прибыли немецкие морские офицеры-артиллеристы для установки дальнобойных орудий, а в Варну — военные инструкторы для строящихся зенитных батарей. К концу 1941 г. немцам удалось ввести в строй в Бургасе береговую батарею из двух пушек 24 cm SKL/40 с дальностью стрельбы 26,7 км.
1 марта представитель МИД Болгарии Алтынов заявил полпреду СССР А А. Лаврищеву о согласии болгарского правительства о вводе германских войск в Болгарию. Представители СССР заявили, что не разделяют решения болгарского правительства и что это ведет Болгарию к втягиванию в войну. 2 марта Болгария присоединилась к пакту Оси (Германия, Италия, Япония). 5 марта Англия разорвала отношения с Болгарией.
Главным союзником Германии на Черном море стала Румыния. 12 февраля 1941 г. Румыния разорвала отношения с Англией, и дипломаты покинули страну. В марте в Румынию и Болгарию доставили из Германии орудия береговой обороны, а в Румынию, кроме того, две тысячи морских мин.
Немцы разместили в Румынии тяжелые береговые батареи «Тирпиц» и «Бреслау». Батарея «Тирпиц» ранее защищала побережье Северного моря в районе Киля. В ее составе имелись три пушки 28 cm SKL/45. В Румынии ее установили южнее Констанцы. Там же поставили и три 17-см пушки SKC/40 батареи «Бреслау». Севернее Констанцы дислоцировались три железнодорожных орудия 28 cm lg.Br.K(E) — «Длинный Бруно».