С 1944 года Бегин развернул активную деятельность. ЭЦЕЛь развязала жестокий террор против английских властей в Палестине. 12 февраля 1942 года в Иерусалиме, Тель-Авиве и Хайфе были взорваны английские иммиграционные офисы, препятствующие въезду евреев на историческую родину. А еще через две недели там же прогремели взрывы в офисах налоговых служб, в результате чего погибло шесть чиновников и два террориста. Спустя два месяца от рук боевиков ЭЦЕЛь погиб британский министр по делам Ближнего Востока. Оружие террористы добывали разбойными акциями, а деньги – грабежами: однажды они остановили поезд, который вез зарплату рабочим, а затем похитили бриллианты на 38 тысяч фунтов. В ноябре по распоряжению Бен-Гуриона была начата операция «Сезон», поставившая еврейскую общину на порог гражданской войны. Не началась она только благодаря вмешательству Бегина. Михаэль Бар-Зоар, автор биографии Бен-Гуриона, писал об этих событиях: «по всей стране захватывали членов ЭЦЕЛь, во главе которого стоял Менахем Бегин. Их отводили для допросов в кибуцы, били. Члены “Хаганы” сдавали их британской полиции. Эта кампания легко могла перерасти в братоубийственную войну. Этого не произошло потому, что Менахем Бегин обратился с призывом к членам Иргуна: “Вы не должны поднимать оружие на молодых евреев. Это наши братья. Их обманули”. Бен-Гурион выиграл сражение в борьбе за власть, хотя победа была горькой. Слепая ненависть разделила еврейскую общину».

1945 год стал для англичан сплошным кошмаром. Еврейские террористы нападали на британские военные гарнизоны, уничтожая людей и военную технику. Их не останавливали карательные меры правительства. 29 июня 1946 года англичане начали тотальную антитеррористическую акцию под кодовым названием «Агата». В ней были задействованы практически все силы, находившиеся на тот момент в Палестине: 80 тысяч военнослужащих и 20 тысяч полицейских охраняли от боевиков подмандатные территории. В стране был введен комендантский час. В результате акции были арестованы около трех тысяч человек и захвачены склады оружия. В ответ ЭЦЕЛь взорвала бомбу в южном крыле отеля «Король Давид» в Иерусалиме, в котором размещались несколько штабов британской администрации, военная полиция и отдел специальных расследований. Общее число жертв составило 100 человек, 46 получили ранения. Но только 28 человек из погибших оказались англичанами. Военные почти не пострадали, а жертвами стали евреи – рядовые служащие отеля. После трагедии подпольная радиостанция ЭЦЕЛь заявила, что сожалеет о гибели своих соотечественников, переложив вину за их смерть на английскую администрацию отеля, не предпринявшую никаких мер для спасения людей после полученного за 25 минут предупреждения о теракте. Британское правительство назначило за поимку Бегина десять тысяч фунтов стерлингов, и ему пришлось уйти в глубокое подполье. Полгода он жил в квартале йеменских евреев в лачуге без воды и электричества, а однажды безотлучно просидел трое суток в крошечной коморке на чердаке.

Со своей будущей женой Менахем познакомился еще в 1937 году в Дрогобыче. Очаровательной 17-летней Ализе он написал спустя два дня: «Я видел вас один раз, но мне кажется, что я знал вас всю жизнь». Их переписка и редкие встречи продолжались два года. В 1939 году они поженились. Бегин предупредил любимую, что их совместная жизнь не будет легкой: не всегда в семье будут деньги и достойное жилье, им предстоят долгие разлуки, ссылки и тюрьмы. Ализа ответила, что сможет выдержать любые испытания и останется верной ему и общим идеалам, и сдержала свои обещания. Она не только разделила нелегкую жизнь мужа, но и стала для него верным другом и соратником. В семье вначале родились две дочери – Хася и Лия, а в 1943 году на свет появился сын Беньямин Зеев – будущий министр науки и депутат израильского парламента от блока Ликуд.

Летом 1947 года боевики Иргуна напали на английскую тюрьму, но англичанам удалось взять в плен 15 террористов, троих из которых повесили. В ответ боевики Бегина казнили заложников – двух английских военнопленных. Только спустя 35 лет выяснилось, что один из погибших офицеров был евреем. Массовые протесты потрясли Англию. Британцы, проживающие в Тель-Авиве, устроили еврейский погром. Даже спустя десятки лет расправа над заложниками вызывала у англичан ненависть к Бегину. А Маргарет Тэтчер заявила, что «никогда не подаст руки убийце английских солдат». Но в результате всех террористических акций уже в августе 1947 года действие британского мандата в Палестине было приостановлено, а 14 мая 1948 года Израиль стал независимым государством. Менахем смог выйти из подполья. Он и его сторонники утверждают, что именно их действия помогли евреям обрести государственную независимость.

В том же году у берегов Тель-Авива появился корабль «Алталена», принадлежащий ЭЦЕЛь, с грузом оружия, закупленным Иргуном. Операцией по перевозке оружия из Франции руководил Бегин. Молодое государство укрепляло свою мощь и крайне нуждалось в оружии, которое могло изменить ход борьбы за независимость. Но если бы оно попало в руки бойцов ЭЦЕЛь, то могло получиться, что именно эта организация внесла решающий вклад в победу. В преддверии будущих выборов соперник Бегина Бен-Гурион допустить этого не мог, потому что его убедили, что Менахем готовит захват власти. Позднее Бен-Гурион сделал в дневнике две записи, из которых становится ясно, что не было ни прямых, ни каких-либо косвенных доказательств мятежа. Однако понимая, какой у него серьезный противник, Бен-Гурион решил расправиться с ним. Он отверг все варианты перехвата груза и решил уничтожить корабль. После отказа высших офицеров ВВС разбомбить «Алталену», он приказал расстрелять судно из береговых артиллерийских орудий. И этот приказ был выполнен: корабль с грузом оружия ушел на дно. Вместе с ним погибли и 16 евреев добровольцев. И вновь только благодаря Бегину удалось избежать гражданской войны между приверженцами разных еврейских организаций. Он призвал своих бойцов не открывать огонь: «Не будет гражданской войны, когда враг стоит у ворот». Ури Мильштайн в своей книге «Рабин – рождение мифа», посвященной тем событиям, писал, что «женщины и мужчины плакали, слушая его».

Спустя некоторое время еврейские социалисты (Голда Меир, Давид Бен-Гурион, Хаим Вайцман) создали социальную инфраструктуру страны, перевезли в Палестину 70 тысяч эмигрантов, обеспечили их жильем и работой. Они по всему миру собирали денежные пожертвования от евреев, в которых нуждалось молодое государство. Израиль получил признание на мировой арене. Организация Иргун 22 июня 1948 года объявила о своем самороспуске, а Бегин создал оппозиционную правительству партию Херут (Свобода), как политическую наследницу Иргуна. «Бог избрал нас, чтобы править!» – таков был лозунг его партии. В том же году Бегин был избран в кнессет и на протяжении 29 лет находился в оппозиции однопартийному правительству, сформированному партией МАПАИ (Труд). Под руководством Бегина партия Херут выдвинула лозунг создания Великого Израиля в Палестине (в границах 1948 г.), Королевстве Иордания и на территории Ливана. Отстаивая свои убеждения, партийный лидер часто вступал в конфронтацию с политикой Бен-Гуриона, возглавлявшего партию МАПАИ. В одной из словесных перепалок Бен-Гурион, не сдержавшись, выкрикнул: «Не смейте прерывать меня! У вас пока нет ни ЧК, ни гестапо!»

В 1952 году Бегин возглавил кампанию, направленную против репарационного соглашения, подписанного правительством страны с Западной Германией. Он долго не мог войти в члены правительства. Это случилось лишь накануне Шестидневной войны в 1967 году. Бегин занимал пост министра без портфеля до августа 1970 года и покинул его после того, как большинством голосов была принята концепция «территории в обмен на мир», выдвинутая США и ратифицированная ООН. В 1956 году партия Херут вступила в коалицию с Либеральной партией, создав избирательный блок ГАХАЛ, который в 1973 году, присоединив к себе несколько мелких партий, образовал национальный блок Ликуд (Единство), который возглавил Бегин.