После выхода из госпиталя Даян был направлен на штабную работу и установил тесные связи с британской военной разведкой на Ближнем Востоке. В конце 1942 года, когда после поражений при Эль-Аламейне и под Сталинградом угроза вторжения стран Оси в Палестину уменьшилась, Даян вернулся в Нахалал и занялся земледелием. Однако пять лет спустя, когда обострилась борьба с арабами и усилилась подготовка к войне, угрожавшей разразиться после провозглашения еврейского государства, он вернулся на службу в Хагану и занялся организацией бронетанковых и артиллерийских частей.
Когда началась война евреев за независимость (18 мая 1948 г.), Даян, ставший к тому времени майором, возглавил военные действия в секторе Иорданской долины, защищая родную Дганию от численно превосходящих сил сирийской армии. Из Дгании он возвратился на центральный фронт и командовал подразделениями, захватившими Рамле и Лидду. Назначенный после первой победы командиром батальона, Даян считался только с собственными установлениями, подбирая нужных людей и технику из других подразделений. Вскоре он заслужил репутацию храброго, толкового командира, совершившего ряд рейдов против более многочисленных арабских частей. Даян был вызван к Бен-Гуриону (первому премьер-министру и министру обороны Израиля), которого просто очаровал. Эта встреча способствовала быстрому продвижению Даяна по служебной лестнице во вновь организованной Армии обороны Израиля (ЦАХАЛ). Уже в августе Даян, получивший чин подполковника, продемонстрировал также и свои дипломатические способности, приняв участие в переговорах с целью окончания войны. Ко времени окончания войны в 1949 году он уже был генерал-майором и возглавил Южное командование.
После окончания военных действий Даян остался служить в армии и стал одним из главных сторонников «военной линии». Он работал над созданием Израильских сил обороны (ИСО), потому что Израиль, как и прежде, был окружен врагами, помышлявшими о его уничтожении. В 1953 году он стал начальником штаба ИСО. Даян провел реорганизацию и заменил многих старших командиров на молодых, более агрессивных офицеров. Он сократил число вспомогательных подразделений и вместе с тем усилил пехоту и бронетанковые части. Даян создал элитную авиационную часть и следил за тем, чтобы армия в целом состояла из отборных подразделений. От подчиненных командиров Даян требовал продолжения операции, если их потери не достигали по крайней мере 50 %. Своим людям (среди которых он был весьма популярен) Даян обещал не оставлять на поле боя раненых на произвол противника.
Израильские акции возмездия все более усиливались. После особенно резкого осуждения Израиля Советом Безопасности ООН за нападение на иорданскую деревню Кибия в декабре 1953 года ушел в отставку с постов премьер-министра и министра обороны Бен-Гурион. Однако перед своим уходом он отозвал Даяна с учебы в Англии и назначил его начальником генерального штаба. «Старик», как называли Бен-Гуриона сподвижники, восхищался умом Даяна, его нетрадиционными методами и уважением к нему со стороны армии, и генерал в военно-политическом плане продолжал проводить линию «старика».
В 1956 году, во время кризиса, охватившего весь Ближний Восток, Даян получил возможность испытать свою армию на деле. Не дожидаясь формального объявления войны, он сосредоточил свои десантные войска на горных дорогах в нужных местах и провел молниеносное наступление на Египет силами бронетанковых войск и мотопехоты. Утром 29 октября израильские войска перешли границу на трех участках. В течение ста часов непрерывных боев египетская армия была разбита и окружена. Синай и сектор Газа были оккупированы, шесть тысяч солдат взяты в плен вместе с огромным количеством вооружений и боеприпасов. Почти все время Даян, вместо штаба, провел на передовой. Он не мог иначе: «Мое место – среди бойцов на передовой линии».
Сразу же после завершения боевых действий Даян приступил к созданию военного управления в секторе Газа. Он стремился выявить среди арабского населения силы, готовые сотрудничать с Израилем, хотя бы для того, чтобы обеспечить нормализацию жизни населения этого района. Надо сказать, что Даян отчаянно сопротивлялся уходу израильтян с Синайского полуострова в обмен на международные гарантии и пытался убедить вернувшего власть Бен-Гуриона не уступать давлению со стороны мирового общественного мнения. Когда ему стало ясно, что отвод войск неизбежен, он предложил, чтобы Израиль передал Синайский полуостров Египту, а не войскам ООН, с тем чтобы получить непосредственно от египтян гарантии свободы судоходства и спокойствия на границах.
Наступило десятилетие относительного затишья. Разумеется, что полная эвакуация войск с Синайского полуострова стала для Даяна «горькой пилюлей». Но он сумел проявить при этом чувство юмора. В январе 1958 года он закончил свою службу на посту начальника генерального штаба, демобилизовался из армии и вступил в партию МАПАИ, ожидая, что Бен-Гурион предложит ему место в партийном руководстве. Его решением вернуться к политической деятельности ветераны партии были недовольны, усматривая в нем соперника по борьбе за лидерство. Тем не менее, Даян принял участие в выборах 1959 года и был избран в кнессет. Глава правительства Бен-Гурион назначил его министром сельского хозяйства, что явно не удовлетворило амбиций генерала, да и не принесло реальных плодов. Именно тогда он понял разницу между армией, где отдают и выполняют приказы, и гражданским министерством. Даян оставил этот пост, и новый премьер-министр Леви Эшкол в 1963 году передал ему портфель министра финансов.
Спустя год Даян окончательно подал в отставку. Он занялся работой в рыболовецкой фирме и написанием «Дневника Синайской кампании», но в 1967 году, незадолго до Шестидневной войны, правительство Израиля назначило его министром обороны. Хотя подчиненные Даяна уже в основном разработали план войны, именно он руководил наступлением, в ходе которого 5 июня был нанесен упреждающий удар с воздуха, уничтоживший большую часть египетских воздушных сил на аэродромах. Даян не только нанес поражение Египту меньше чем за неделю, но и захватил у Сирии стратегически важные Голанские высоты. То, что произошло между понедельником 5 июня и субботой 11 июня 1967 года, вошло в мировую историю. Шесть дней израильская армия удерживала фронт по периметру, протянувшемуся вдоль Суэцкого канала, Суэцкого пролива, залива Акаба, долины реки Иордан и Голанскими высотами. Даян активно участвовал в осуществлении боевых операций. Его фотографии в джипе в песках Синая обошли газеты всего мира. Характерно, что, будучи к тому времени давно лицом штатским, он появлялся на фронтах исключительно в военной форме. Шестидневная война принесла Даяну славу.
Став министром обороны, он играл важную роль в управлении оккупированными территориями, и, надо признать, что после 1967 года израильская политика на оккупированных территориях была весьма успешной. Об успехе политики Даяна свидетельствовало и пресечение деятельности террористов в Иудее и Самарии, их ликвидация в полосе Газа, широкое участие арабов в выборах в местные органы власти на Западном берегу реки Иордан. Даже после того, как Голда Меир в 1969 году возглавила правительство, Даян остался на своем посту. Постепенно между ними установились нормальные отношения и появилось взаимное уважение.
Слава Даяна лишь временно померкла после первоначального поражения, вызванного внезапным нападением египтян в октябре 1973 года – война «Судного дня» («Йом-Киппур»), когда израильтяне понесли беспрецедентные потери. Хотя Даяну все же удалось одержать победу, он подвергся критике за то, что его армия оказалась не подготовленной к войне, и после окончания войны ушел в отставку. Правда, комиссия Аграната, расследовавшая причины неудач, сняла с Даяна обвинение в личной ответственности за это. Однако в состав правительства, сформированного Ицхаком Рабином в 1974 году после отставки Голды Меир, он не был включен. Во власть он вернулся при весьма неожиданных обстоятельствах. После победы на выборах в 1977 году блока правых партий Ликуд Менахем Бегин, занявший кресло премьер-министра, предложил Даяну портфель министра иностранных дел. Тот принял предложение. Вместе с Бегином он сыграл решающую роль в переговорах, приведших к достижению мира между Израилем и Египтом. В 1980 году он вышел из правительства из-за разногласий по палестинской проблеме.