Широкий кругозор и способность предвидения, выдающийся талант ученого и организатора позволили Иоффе осуществить реформу физики в СССР, воспитать большой отряд физиков, показать значение физики для техники и народного хозяйства. До 1954 года Иоффе был директором Физико-технического института АН СССР, а затем возглавил Институт полупроводников АН СССР.

Научная работа А. Ф. Иоффе в 1920-е годы была сосредоточена на изучении механических и электронных свойств твердого тела, с началом 1930-х годов одним из основных направлений стала ядерная физика. Ученый быстро оценил ее грядущую роль в дальнейшем прогрессе науки и техники. Поэтому физика ядра прочно вошла в тематику работ ФТИ. В то же время собственная научная работа Иоффе сосредоточилась на другой проблеме – проблеме физики полупроводников как новых материалов для электроники. Им создана методика определения основных параметров, характеризующих свойства полупроводников, и система классификации этих материалов (1931–1940). Эти работы послужили предпосылкой развития новых областей полупроводниковой техники – создания термо– и фотоэлектрических генераторов и холодильных устройств. В конце 1930-х годов Иоффе предложил механизм выпрямления тока в полупроводниках, нашедший применение при производстве диодов, и выдвинул идею плазменного термоэлектричества. Все эти работы отличали феноменальная скрупулезность и аккуратность, а также неизменное стремление свести все наблюдаемые эффекты в единую стройную схему – черты, впитанные и всеми учениками школы Иоффе.

Однако жизнь крупного физика не была безоблачной. На его судьбе отразились все методы морального террора, с помощью которого власти пытались отлучить от науки многих крупных ученых. Правда, Иоффе никогда не конфликтовал с властями, всегда подчеркивал свою лояльность и даже преданность системе, что давало ему возможность занимать крупные административные посты в науке и непосредственно влиять на государственную политику в этой области. Но власти чувствовали, что по духу он им чужой: во-первых, он работал в Мюнхене и впитал в себя дух классической науки, не зависимой ни от чего, кроме истины. Поэтому он считался «трудно управляемым», всегда имел собственное мнение и не боялся его открыто высказывать. Во-вторых, Абрам Федорович, хотя и был членом КПСС с 1942 года, но активно не участвовал в политических мероприятиях. Ну, и в-третьих, Иоффе был евреем, а власти, особенно в годы борьбы с космополитизмом, «забывали» о пятом пункте только в том случае, когда у них не было выбора – без помощи ученых-евреев трудно было решать важнейшие оборонные задачи. Так, в годы войны Иоффе участвовал в строительстве радиолокационных установок в Ленинграде, во время эвакуации в Казани был председателем Военно-морской и Военно-инженерной комиссий.

Следует вспомнить хотя бы атомную проблему или проблему создания ракетного оружия. Еще зимой 1920 года в холодном и голодном Петрограде была создана Атомная комиссия, в которой непосредственное участие принимал и А. Ф. Иоффе. Он считал необходимым проводить исследования атома быстро и напряженно и поставить работу по атомной физике в особые условия. Центром научных исследований стал Рентгенологический институт, а позже Физико-технический институт, возглавляемый им. Вокруг него объединялась плеяда талантливых исследователей. Знаменитый Ленинградский физтех, носящий сегодня имя академика Иоффе, называли по-разному: и «Парнасом новой физики», и «Могучей кучкой», и даже «Детсадом папы Иоффе». Академик И. К. Кикоин вспоминает: «Это действительно был детский сад – в том смысле, что основную силу, основную армию сотрудников института составляли студенты 1, 2, 3 курсов. Они и делали науку в Физико-техническом институте, а это значит, они делали науку – физику – и в стране. Но сад должен и плодоносить. Этот физтеховский детский сад принес свои плоды, и, я бы сказал, плоды неплохие. Например, советская атомная техника, атомная энергия – это есть плод того самого сада, который посадил и взрастил Абрам Федорович Иоффе».

У академика был особый нюх не только на талант, но он даже мог предсказать, в каком направлении тот или иной ученый сможет проявить себя с лучшей стороны. Так, Абрам Федорович способствовал переориентации И. В. Курчатова в начале 1930-х годов с сегнето-электрической на ядерную проблематику. И когда в годы Великой Отечественной войны Иоффе, как непревзойденному ученому-организатору, предложили возглавить это направление, он вновь выдвинул Курчатова, который в том тяжелом 1943 году не был еще академиком, а служил на флоте, занимаясь вопросами обезвреживания немецких мин и разрабатывая метод размагничивания боевых кораблей.

Многие физики обязаны своим ростом и карьерой Иоффе, но и завистников было предостаточно. Особенно усердствовали коллеги по академии – академик В. Ф. Миткевич и член-корреспондент А. А. Максимов. Последний не жалел бумаги, чтобы доказать, что Абрам Федорович «несознательный советский гражданин». Он писал на страницах журнала «Под знаменем марксизма»: «Самохвальство академика А. Ф. Иоффе, приписывающего себе заслугу, принадлежащую всему коллективу советских физиков и достигнутую под руководством партии и правительства, – это стиль хвастовства, сенсации, преувеличений, прямого очковтирательства». Ему вторил профессор физического факультета МГУ А. К. Тимирязев: «Надо надеяться, что советская общественность до конца вскроет, где враги и где друзья советской физики, и по достоинству оценит клеветнические заявления акад. Иоффе». Это был прямой призыв к расправе. Но Иоффе не арестовали ни тогда, ни позже. Видимо, высокий международный авторитет и в целом лояльная позиция по отношению к властям спасли его от репрессий. Тем не менее тучи сгущались, особенно в разгар кампании по борьбе с «безродным космополитизмом». Все чаще среди «безродных» упоминалось имя Иоффе. В октябре 1950 года его вызвал к себе президент АН СССР С. И. Вавилов и после продолжительной беседы предложил уйти с поста директора ЛФТИ. Абрам Федорович написал заявление с просьбой освободить его от должности директора и перевести заведующим лабораторией в том же институте. 8 декабря 1950 года Президиум АН СССР утвердил это решение и назначил директором ЛФТИ А. П. Комара.

Однако обстановка в институте оставалась тяжелой. Новое руководство открыто третировало Иоффе, и хотя он все трудное время ощущал моральную поддержку друзей-коллег, его положение порой становилось невыносимым. Атмосферу, в которой жил и работал Иоффе в тот период, хорошо передает история обсуждения его книги «Основные представления современной физики» (1949). Это была первая послевоенная книга, в которой достаточно популярно и четко излагались основы современной физики: теория относительности, статистическая, атомная и ядерная физика. Читатели приняли ее хорошо, и первые научные отзывы были весьма благожелательны. Но как только прошел слух, что Иоффе снят с должности директора института, в специальных журналах почти одновременно появились разгромные рецензии, в которых указывалось на «очень крупные идейные срывы» (и это в книге по физике!) и неувязку проблем с «диалектическим материализмом». Естественно, Иоффе выступил с традиционным признанием ошибок. С позиций сегодняшнего дня его выступление можно было бы считать непринципиальным, но кто знает, какие чувства испытывал в те дни опальный академик, какую тактику защиты он выбрал?

Иоффе был вынужден совсем уйти из института. Президиум АН СССР организовал для него специальную лабораторию полупроводников, выделил штат и помещение. В 1950 году ученый разработал теорию, на основе которой были сформулированы требования к полупроводниковым материалам, используемым в термобатареях и обеспечивающим получение максимального значения их КПД. Вслед за этим в 1951 году Л. С. Стильбансом под руководством А. Ф. Иоффе и Ю. П. Маслаковца был разработан первый в мире холодильник. Это послужило началом развития новой области техники – термоэлектрического охлаждения. Соответствующие холодильники и термостаты широко применяются ныне во всем мире для решения ряда задач в радиоэлектронике, приборостроении, медицине, космической биологии и других областях науки и техники.