Еще в 1903 году впервые появилось письмо-упреждение, касающееся провокатора Азефа. Тогда Азеф, сидя в кругу однопартийцев, испугался до истерики: рвал на себе рубаху, плакал. Но убедившись, что авторитет его не поколеблен, пришел «в шутливое настроение».

В 1905 году Азеф принимает активное участие в перевозке значительного количества оружия для вооруженного восстания через Финляндию на пароходе «Джон Крафтон».

Азеф тщательно готовит рад покушений на великого князя Николая Николаевича, на великого князя Владимира Александровича, на генерала Трепова, на начальника петербургского охранного отделения, на Клейгельса, Дурново, адмирала Дубасова… Но все эти покушения кончаются провалом. Когда Первая Государственная дума была распущена, в Териоках (Финляндия) состоялось совещание «перводумцев» для выработки революционного воззвания к народу, армии и флоту. Азеф активно участвует в этом совещании и предлагает принять радикальные меры.

После роспуска Первой Государственной думы Боевая организация планирует убийство премьер-министра Столыпина. Однако вмешательство Азефа в подготовку сорвало этот теракт, а вскоре сам Евно складывает с себя обязанности руководителя террористической группы.

Еще в середине октября 1905 года, после выхода царского Манифеста, Азеф выступил за роспуск Боевой организации и за прекращение террора, за недопущение вооруженного восстания в Москве. В дни декабрьского Московского восстания Азеф выдал полиции эсеровскую «динамитную» мастерскую, почти весь состав Боевой организации, предотвратил покушения на Дурново и Николая II и полностью парализовал работу боевой дружины эсеров.

Политические убийства высших сановников империи и великого князя Сергея, родственника императора, были совершены под руководством Азефа и… с молчаливого одобрения полицейского начальства! Это кажется безумием, отрицанием всякого здравого смысла… но нет сомнения в том, что полиции было известно о готовящихся эсерами-боевиками покушениях. Неведомая «третья сила» использовала полицию для расправы над царедворцами и одновременно для уничтожения революционного подполья. Сложность разоблачения Азефа заключалась в том, что «великий провокатор» действительном был организатором террора и одновременно получал за это деньги из полиции.

В 1906 году Азеф снова вернулся к пропаганде террора. Но в конце 1906 года, украв из партийной кассы 20 тысяч рублей, уезжает за границу. В 1907 году Азеф возвращается в Россию и готовит убийство самого императора Николая II. Тогда казалось, что Азеф делал все, чтобы уничтожить монарха. Но террористический акт провалился, как отмечают многие эсеры, не по вине Азефа… В то же время Азеф успешно выдавал полиции «летучие отряды» эсеровских террористов. В 1907 году Азеф был вновь избран в ЦК партии эсеров. Летом 1907 года он выезжает за границу, но в октябре того же года снова возвращается в Россию…

Частые обыски, аресты, провалы подпольных организаций, хорошо подготовленных террористических актов наводили на мысль о том, что полицейский осведомитель «свил гнездо» в руководстве эсеров.

В то же время в начале 1906 года в руки эсеровского ЦК попадают показания агентов саратовской охранки против Азефа, а через полгода – свидетельство чиновника одесского политического сыска Сорокина. Но в предательство своего лидера террористы не верят… Один из эсеров-боевиков Татаров упорно твердит, что в руководстве партии есть предатель и что этот предатель – Азеф, об этом он узнал от своего родственника, служившего в полиции. Однако тогда словам Татарова не поверили, и Азеф остался вне подозрений. Комиссия «по расследованию» посчитала, что распространение позорящих слухов о главе Боевой организации задевает честь партии. На этом основании «предательство» Татарова посчитали вполне доказанным и постановили его «убрать». Азеф постарался, чтобы приговор был приведен в исполнение в кратчайшие сроки. Боевик Назаров убил Татарова ножом, причем в завязавшейся борьбе с ним и бросившимися защищать сына родителями Назаров ранил мать Татарова.

Осенью 1907 года появляется письмо Саратовской организации эсеров с неопровержимыми фактами предательства Азефа, легко поддающимися проверке. Однако проверке они подвергнуты не были. О письме «саратовцев» стало известно трем членам ЦК партии эсеров (Ракитникову, Гершуни, Чернову), но предательство со стороны Азефа казалось им настолько невероятным, что его даже не стали рассматривать.

Все обвинения Азефа в «двойной игре» априори были признаны лидерами эсеров результатом интриг полиции, которая хочет опозорить и тем обезвредить одного из самых «ценных» лидеров партии. Азеф считался незаменимым «гением террора», стоящим выше всяческих подозрений… Гершуни был возмущен этими «оговорами» Азефа и заявил: «Это все из-за того, что Ивана Николаевича ни разу не арестовали. Сегодня обвинили его, завтра возведут такую же гнусность на меня, послезавтра на третьего…» И добавил: «Азеф – провокатор! Тогда и на отца родного нельзя положиться». Вместе с тем Гершуни поручил расследовать факты, изложенные в письме одному из саратовских эсеров, но последний был вскоре арестован, а затем умер и сам Гершуни. До 1908 года Азеф продолжает руководить боевиками…

В начале 1908 года видный революционер, эсер В. Бурцев начинает собственное расследование провокаторской деятельности Азефа, но встречает сопротивление со стороны руководства партии. Члены ЦК и, главным образом, Савинков обвиняют самого Бурцева в желании дискредитировать партию и ЦК. Но после грандиозного февральского 1908 года провала «Летучего боевого отряда Северной области» даже в ЦК заговорили о том, что кто-то из членов ЦК находится в контакте с полицией.

Азефа знали как человека скрытного, замкнутого, угрюмого и молчаливого, но эти особенности относили к «скромности гения». В то же время некоторые товарищи по партии знали, что Азеф живет не по средствам, он – завсегдатай злачных мест и публичных домов, любит роскошь, карты, женщин. Источник доходов Азефа вызывал вопросы…

Весной 1908 года Бурцев довел до сведения Центрального комитета партии эсеров, что собрал достаточно свидетельств, чтобы объявить об измене Азефа. ЦК был вынужден создать комиссию по расследованию этого дела, однако комиссия пытается обелить Азефа.

По настоянию Бурцева в октябре 1908 года в Париже состоялся третейский суд, в котором приняли участие авторитетнейшие революционеры: П. Кропоткин, В. Фигнер и Г. Лопатин. На суде Бурцев заявил, что бывший директор Департамента полиции А. Лопухин подтвердил «провокаторство» Азефа. Вскоре Лопухин подробно рассказал о предательстве и провокаторской деятельности Азефа в рядах партии лидерам эсеров Чернову, Савинкову и Аргунову. Даже когда стало известно, что Лопухин подтвердил подозрения Бурцева, один из членов ЦК партии эсеров бросил Бурцеву: «Азеф и партия – одно и то же…»

Мало кто тогда верил в предательство Азефа. «Если Азеф – провокатор, так мы все – провокаторы!», «…если Азеф – провокатор, то нам пришлось бы всем пустить себе пулю в лоб», – заявляли члены Центрального комитета партии эсеров. Савинков писал: «Я был связан с Азефом дружбой. Долговременная совместная террористическая работа сблизила нас. Я знал Азефа как человека большой воли, сильного практического ума и крупного организаторского таланта. Я видел его на работе. Я видел его неуклонную последовательность в революционном действии, его спокойное мужество террориста, наконец, его глубокую нежность к семье. В моих глазах он был даровитым и опытным революционером и твердым решительным человеком. Это мнение в общих чертах разделялось всеми товарищами, работавшими с ним… Ни слухи, ни письмо анонимное 1905 года (о письме 1907 г. я узнал только во время суда над Бурцевым), ни указания Бурцева не заронили во мне и тени сомнений в честности Азефа… моя любовь и уважение к Азефу ими поколеблены не были». Фанатики из боевой организации эсеров грозили «перестрелять весь ЦК», если будет решено казнить Азефа за предательство.

В то же время начальник Московского охранного отделения С. Зубатов писал, что Азеф был личностью «…на все смотрящей с точки зрения выгоды, занимающейся революцией только из-за доходности и службой правительству не по убеждению, а только из-за выгоды». А. Спиридович давал следующую характеристику Азефу: «Редкий эгоист, он руководствовался в своих поступках только личными интересами, для достижения которых считал пригодными все средства – до убийства и предательства включительно…»