Чуть позже Джефферсона включили в состав делегации на Второй континентальный конгресс. На этом историческом форуме одним из основных стоял вопрос о выработке документа, получившего впоследствии название Декларации независимости. В состав комиссии по ее составлению вошли Бенджамин Франклин, Джон Адамс, умеренные представители Пенсильвании и Нью-Йорка Дикинсон и Ливингстон и Томас Джефферсон. Томасу поручили самостоятельно составить текст. Всего за 17 дней ему удалось выполнить эту сложнейшую, не имеющую аналогов работу. 4 июля 1776 года исторический документ был принят с минимальными изменениями. По своей сути Декларация явилась политическим кредо ее автора. Впервые в человеческой истории было провозглашено, что народ является единственным вершителем своей судьбы, что власть правительства основана лишь на «согласии управляемых» и если народ решит, что власть угрожает их «безопасности и счастью», его «право на революцию не подлежит никакому сомнению».
Как только текст Декларации появился в прессе, на улицы Филадельфии высыпали люди. Перед зданием, где заседал Конгресс, собрались тысячи ликующих американцев. В городе звонили колокола. Народ праздновал рождение своего независимого государства. С тех пор в США 4 июля стало главным национальным праздником, в появлении которого решающую роль сыграл Томас Джефферсон.
1 июня 1779 года автор Декларации независимости был избран губернатором Виргинии и пробыл на этом посту до 1782 года. Его отказу баллотироваться в третий раз способствовали смерть жены и пошатнувшиеся хозяйственные дела. Политику больше импонировали мирные труды над «Заметками о Виргинии», которые он писал по просьбе секретаря французского посольства в Филадельфии. Книга стала одним из лучших трудов о Виргинии и до сих пор читается с неослабевающим интересом.
Но долго наслаждаться литературными трудами Джефферсону не пришлось. В конце 1782 года Конгресс решил направить его послом во Францию. 8 июня 1782 года Джефферсон отбыл к берегам французского королевства. 30 августа в селении Пасси он встретился с Франклином и прибывшим из Гааги Адамсом. Им надлежало выработать дипломатические основы сотрудничества с европейскими странами, условия заключения договоров с Англией, Гамбургом, Саксонией, Пруссией, Данией, Россией, Австрией, Венецией, Римом, Неаполем, Тосканой, Сардинией, Генуей, Испанией, Португалией, Оттоманской империей, Алжиром, Тунисом и Марокко. Кроме того, предстояло обновить договоры с Францией, Голландией и Швецией. Главной задачей стало налаживание торгового сотрудничества.
Закончив эту важную и сложную работу, Франклин наконец-то мог подать в отставку. 10 марта 1785 года Джефферсон вместо него был назначен послом и занимал этот пост до 1789 года.
Дела у преемника пошли довольно вяло. Впрочем, в том не его вина. В задачи Франклина входило сохранить союз с Францией в противовес Англии и способствовать развитию американской торговли с ведущими европейскими странами. Европейские государства, занятые своими проблемами, мало интересовались новым торговым партнером. На первых порах договор удалось подписать только со слабенькой Пруссией. Джефферсон утешал себя тем, что в случае войны американский флот сможет найти приют в прусских гаванях. Но вскоре эта страна отвергла договор. Было отчего прийти в уныние. Однако в 1789 году американский Конгресс одобрил посольскую деятельность Джефферсона и продлил его полномочия еще на три года. Но срок этот отбыть ему не довелось. Президент Вашингтон решил назначить его государственным секретарем.
В обязанности Джефферсона входило руководство внешнеполитической службой, проведение цензов, гарантирование патентов, наблюдение за работой федеральных служб, контроль над употреблением государственной печати, публикация законов, рассмотрение трений между штатами, определение границ между штатами и другое.
С первых же дней у Джефферсона стали складываться непростые отношения с главой департамента финансов и лидером федералистов А. Гамильтоном. Тот стремился превратить США в строго централизованную индустриальную державу. Сторонника «фермерской республики» и демократа Джефферсона это не устраивало.
Госсекретарь видел опасность как в крайней централизации, грозящей республике монархической формой правления, так и в чрезмерной самостоятельности отдельных штатов.
Главный конфликт между ними разразился по поводу создания национального банка. В конце концов Гамильтон победил. Конгресс утвердил представленный им законопроект, а Вашингтон подписал Закон об учреждении Банка Соединенных Штатов. В июле 1793 года Джефферсон подал в отставку. Он понимал, что этот факт означает негативное отношение большинства в правительстве к его курсу. Вашингтон просил его задержаться, поэтому только в январе следующего года госсекретарь оставил свой пост и покинул Филадельфию.
Томас направился в Монтиселло, где ждала его красавица дочь Мэри. Марта уже успела выйти замуж, подарить ему внука и жила по соседству. Отныне все внимание бывшего государственного деятеля заняли семейные и хозяйственные хлопоты. Он решил перестроить свой дом и намеревался создать лучшее хозяйство в Соединенных Штатах. В течение нескольких лет Джефферсон занимается проблемами улучшения своих полей и ферм. Но тут на его пути встало извечное проклятие Юга – рабство.
Ненавидевший рабство Джефферсон был очень мягким хозяином. Он боролся с телесными наказаниями, стимулировал труд рабов увеличением заработка. Но все это мешало ему в полной мере воспользоваться результатами рабского труда, который эффективен только при нещадной эксплуатации. Пытался хозяин Монтиселло заниматься и развитием ремесел. Он планировал производство поташа, потом создание гвоздильни и даже делал ключи, замки, цепи, строил мельницу.
Занятый всеми этими делами, Джефферсон, казалось, совсем отошел от политики. Но шло время, и жизнь сельского помещика постепенно стала надоедать. Томас чувствовал, что «домашнее заточение» негативно отражается на его разуме.
Еще в 1792 году вместе с противником политики Гамильтона Медисоном он организовал первую оппозиционную партию в истории Америки. Чтобы предостеречь от возврата монархии, ее стали называть республиканской. Во второй половине 90-х годов партия стала набирать силу. Республиканцы понимали, что только авторитет Вашингтона поддерживает федералистов и стоит тому уйти с поста президента, как республиканцы смогут рассчитывать на победу на выборах. Они стали искать лидера, который пользовался бы не меньшим, чем у Вашингтона, авторитетом, и нашли его в Джефферсоне. Автор Декларации независимости дал согласие баллотироваться на президентских выборах 1796 года.
Пожалуй, единственный в истории Соединенных Штатов кандидат в президенты не стал проявлять никакой активности. Он спокойно жил в Монтиселло, предоставив республиканцам заниматься предвыборной кампанией. И все же для победы над Джоном Адамсом ему не хватило всего четырех голосов. Второе место давало право на пост вице-президента.
В 1800 году Джефферсон вновь выдвинул свою кандидатуру на президентских выборах. На этот раз избирательную кампанию развернули с большим размахом. Была издана биография лидера республиканцев, а единомышленники вице-президента даже написали песню: «Джефферсон и свобода». 12 декабря 1800 года в Монтиселло прискакал гонец с запиской о победе.
С первых же дней новый президент нарушил введенные Вашингтоном традиции, согласно которым престиж президента поддерживался дистанцией между руководителем страны и народом, а также внешней пышностью церемониалов и быта. На церемонию введения в должность Джефферсон пришел пешком, в скромной одежде и без парика. Из обихода ушли вычурные обращения и остался только «мистер». Президент отказался от четверки лошадей с эскортом в ливреях. Он предпочитал выезжать верхом, но, правда, с охраной. Послания к Конгрессу перестали зачитываться им лично и просто направлялись по почте (эта традиция сохранялась вплоть до 1913 года). Частые застолья в его доме славились непринужденностью обстановки и интересными беседами. Даже свой день рождения президент хранил в тайне, чтобы избежать каких-либо церемоний, например бала по этому поводу, который давался при предыдущих правителях.