Враждебное отношение императрицы к ростовскому митрополиту не подлежит сомнению. Истоки этой враждебности следует искать не только в посланиях Арсения, но и в нелестных отзывах его об императрице, которые он высказывал окружению и которые стали ей известны. Митрополит в числе прочего говаривал об отсутствии у Екатерины прав на престол. В изложении самой императрицы упреки Арсения выглядят так: «де величество наше неприродная и в законе нетверда и не надлежало бы ей престола принимать, но следовало бы Ивану Антоновичу».
Суд над митрополитом начался 1 апреля 1763 года, а спустя неделю, 7 апреля, Синод направил императрице приговор: «архиерейства и клобука его лишить и сослать в отдаленный монастырь под крепкое смотрение и ни бумаги, ни чернил не давать там». Приговор Синода дал Екатерине повод проявить милосердие. По сути, она оставила его без изменений, сохранив за Арсением лишь монашеский чин, что освобождало его от гражданского суда и возможности истязаний.
Синод назначил Арсению местом ссылки Ферапонтов монастырь — тот самый, где столетием раньше находился в заточении неукротимый патриарх Никон. В Синоде состоялась церемония лишения митрополита сана: его привели туда в архиерейском облачении, а вывели в простой монашеской одежде, усадили в колымагу и тут же тронулись в путь. Офицер, сопровождавший опального, в пути получил новый указ — местом ссылки был определен не Ферапонтов, а более отдаленный Корельский Никольский монастырь Архангелогородской губернии. На пропитание ему положили 50 копеек в день, причем три дня в неделю его велено было использовать на черных работах: колоть дрова, мыть полы, носить воду.
Императрица, торжествуя победу, все же чувствовала себя неловко. Это видно из ее письма к Вольтеру, в котором Екатерина пыталась изобразить себя в более благородном свете, а митрополита, наоборот, — в неприглядном, представив дело так, будто бы он воскрешает идею Никона о двоевластии. Екатерина извещала Вольтера, что Арсений, «фанатик, виновный в замысле, противном как православной вере, так и верховной власти, лишен сана и священства и передан в руки светского начальства. Я простила его, удовольствовавшись тем, что перевела его в монашеское звание». В этой информации множество неточностей — императрица зря приписала Арсению претензии на двоевластие и скрыла от фернейского мудреца факт ссылки митрополита в отдаленный монастырь, где больной старец должен был выполнять тяжелые работы.
Пребывание в монастыре на скудной монашеской пище, а также суровый режим, при котором ему разрешались прогулки лишь в сопровождении четверых солдат, не лучшим образом повлияли на строптивый характер Арсения. Вместо смирения он проявлял непослушание и раздражительность, в особенности после того, как до него донеслись слухи из столицы о двух важных событиях: о секуляризации церковных имений и о гибели Иоанна Антоновича. Арсений откровенно выражал свой протест в разговоре с караульными солдатами, говаривал им об Иоанне Антоновиче, что «невинно он смерть получил». Иногда монастырское начальство разрешало Арсению произносить проповеди, и тогда с амвона звучали обличительные слова. Все разговоры сходили ему с рук, пока в 1767 году протодиакон Иосиф Лебедев не настрочил донос в губернскую канцелярию. Об этом доносе стало известно Екатерине, и Арсений вновь привлек ее пристальное внимание. Непосредственное наблюдение за ходом следствия она поручила генерал-прокурору А. А. Вяземскому. В итоге Архангелогородская канцелярия получила указ, по которому поведению ссыльного дана была политическая оценка. Меру наказания определила сама императрица: она повелела лишить Арсения монашеского звания, облачить его в мужицкую одежду, назвать Андреем Вралем, переменить место ссылки и ужесточить режим содержания. Андрея Враля надлежало перевести в Ревель, лишив возможности общения с кем бы то ни было. Караульными были назначены солдаты, не знавшие русского языка.
Императрица понимала, что дело Арсения не украшает первые годы ее правления, и поэтому позаботилась о том, чтобы события в ее интерпретации стали достоянием не только Вольтера, но и просвещенной части французского общества. С этой целью, конечно же не без ведома Екатерины, была составлена статья о деле Мацеевича, переведенная на французский и предназначавшаяся для опубликования в газетах. Статья начинается с торжественной декларации, в которой сообщалось, что нет более милосердного и великодушного монарха, чем Екатерина, проявившая снисходительность к преступнику, выступившему «как против человеческих, так и против божественных законов». Далее следовало краткое изложение событий, к которым был причастен Мацеевич, причем без искажения. Екатерина, ознакомившись с содержанием статьи, наложила резолюцию: «Опробуется».
20 декабря 1767 года в губернской канцелярии состоялось расстрижение монаха Арсения. Сани с Андреем Вралем сопровождали два сменявших один другого офицера, каждому из которых вручалась инструкция: первый должен был везти его от Архангельска до Вологды, второй — от Вологды до Ревеля. Третья инструкция предназначалась ревельскому коменданту Тизенгаузену. О значении, придаваемом Екатериной ревельскому узнику, свидетельствует ее собственноручная записка коменданту: «У вас в крепкой клетке есть важная птичка, береги, чтоб не улетела».
Не обделен был вниманием императрицы Андрей Враль и в последующие годы. В 1769 году Тизенгаузена на посту коменданта Ревеля сменил Бенкендорф. В этой связи Екатерина отправила генерал-прокурору Вяземскому записку: «Не изволишь ли писать к нему (Бенкендорфу. — Н. П.), чтобы он за Вралем имел смотрение такое, как Тизенгаузен имел, а то боюсь, чтоб не бывши ему поручен, Враль не заводил в междуцарствии свои какие ни на есть штуки, и чтоб не стали слабее за сим зверком смотреть, а то нам от того не выливались новые хлопоты».
Насколько обоснованны опасения Екатерины? Действительно ли протест Арсения представлял серьезную угрозу светской власти. И в самом ли деле Екатерина должна была предпринять решительные меры, чтобы пресечь нависшую опасность? На поставленные вопросы можно дать отрицательный ответ: сорвать секуляризационные планы императрицы Мацеевич не мог, и это та прекрасно понимала. И если императрица уготовила бунтарю суровую кару, то эта ее акция, скорее всего, имела личную подоплеку: резкие и нелестные о ней отзывы, высказанные им еще в 1762 году. Во время второго следствия над Арсением в 1767 году доносчик писал: «Монах де Арсений говаривал слова такие: „ее да величество наша неприродная, и она де нетвердая в законе нашем и не надлежало де ей Российского престола принимать, а следовало Ивану Антоновичу, или лучше бы было, кабы ее величество за него вступила в супружество“.» Екатерина против этого текста сбоку написала: «Сии слова Арсений говорил и в 1762 году капитану Дурново, когда сей последний приезжал его брать в Синод, и так Алексеевский то не выдумал». Слова Арсения, как видим, столь глубоко задевали Екатерину, что она их помнила и пять лет спустя.
Обрушившиеся на Арсения кары осуществлялись в годы, когда императрица усердно сочиняла свой «Наказ» и созывала Уложенную комиссию. Идеи «Наказа» резко контрастировали с жестокостью, проявленной императрицей по отношению к Арсению. Поведение Екатерины кажется странным еще и потому, что Арсений до 1767 года наивно полагал, что ей неведомы подлинные его доводы против секуляризации, что она пользовалась донесениями Синода и вельмож, намеренно искажавшими его мысли, и что стоило ей почитать его подлинные донесения, как она проникнется его, Мацеевича, идеями и отменит секуляризацию.
Третье следственное дело связано с волнениями приписанных к уральским заводам государственных крестьян. Специфика этого следствия состояла в том, что следователи не ограничивались только дознанием, выявлением зачинщиков, но прибегали и к использованию воинских команд, вооруженных, помимо стрелкового оружия, еще и пушками.
Волнения начались в середине 50-х годов, вскоре после передачи казенных заводов вельможам, то есть задолго до вступления на престол Екатерины II. Они были вызваны хищнической эксплуатацией крестьян новыми владельцами. В погоне за барышами вельможи обременяли крестьян непомерно высокими нормами повала леса и жжения древесного угля: они считали для себя невыгодным использовать наемных работников, поскольку установленная казной еще в 1724 году оплата труда приписных крестьян была в три-четыре раза ниже рыночной.