Чистая метафизика делится на пять разделов, которые имеют соответственно предметом своего исследования понятия, относящиеся к сущему как таковому: первые начала наук; доказательство существования бытийно-необходимого, его единства и его атрибутов; первичные и вторичные «духовные субстанции»; способ подчинения небесных и земных телесных субстанций упомянутым «духовным субстанциям». К прикладной метафизике относится наука об откровении и потусторонних воздаяниях. Как и Аристотель, Абу-Али именовал метафизику «божественной наукой», «теологией», но в «Логике восточных» и некоторых других работах данный термин используется в собственном, узком смысле и обозначает одну из двух главных частей, на которые здесь делится метафизика и из коих другая носит название «всеобщей науки» («универсальной науки»). Как показывает само ее наименование, «всеобщая наука» выступает отраслью знания, по отношению к которой «божественная наука» оказывается в подчиненном положении. Что же касается источников, положенных в основу «божественной науки», то среди них ведущая роль принадлежит «Теологии Аристотеля».

Таким образом, подобно аль-Фараби Ибн-Сина в целом следует продуманной системе, которой руководствовался составитель корпуса аристотелевских сочинений, помещая «Метафизику» между естественнонаучными произведениями Стагирита и его работами, относящимися к области практического разума. Этот составитель, следуя распространенной у стоиков традиции делить философию на логику, физику и этику, рассматривал вошедшие в «Метафизику» работы как сочинения, в которых дается трактовка фундаментальных проблем естествознания, а книгу Δ, посвященную концепции перводвигателя, вынес в конец как трактат, обеспечивающий переход от физики к этике (последние две книги «Метафизики» — М и N — считаются позднейшими вставками). В классификации наук Ибн-Сины трактовка фундаментальных проблем естествознания дается во «всеобщей науке», включающей два первых из упоминавшихся выше пяти разделов метафизики, а переход к этике и другим практическим наукам обеспечивается «божественной наукой», которая охватывает остальные три раздела метафизики, но по объему значительно уступает предшествующей ей «всеобщей науке» как в «Книге исцеления», так и в ее сокращенных вариантах. Ближайшим же образом этот переход от теоретических наук к практическим (политика, домоводство и этика) осуществляется через науку о пророчестве и откровении, каковая носит чисто утилитарный, прикладной характер. Следует при этом отметить, что, поскольку с вопросами, касающимися «божественной науки», имеет дело не только метафизика, но и физика, в частности психология, то теологическая тематика затрагивается и здесь.

Взаимосвязь теоретических наук Ибн-Сина прослеживает с точки зрения их общности по исходным принципам, по предмету исследования и по рассматриваемым в них вопросам. Так, относительно их взаимосвязи с точки зрения предмета исследования он указывает на случай, когда одна из двух каких-то наук рассматривает объект в общей форме, а другая — в специальной (например, если физика изучает человека в безотносительном смысле, то медицина — в отношении состояния его здоровья), и на случай, когда один и тот же объект исследуется двумя науками в двух разных аспектах (тело Вселенной, к примеру, изучается физикой как объект, имеющий в себе самом начало движения и покоя, а астрономией — с точки зрения его количественных характеристик).

Пересечение предметов различных наук предполагает их взаимодействие в том смысле, что одни науки опираются на другие, черпая из них свои основоположения. Такая взаимосвязь бывает троякой. Во-первых, одна из двух каких-то наук может подчиняться другой, и тогда нижестоящая наука будет черпать свои принципы из вышестоящей — например так, как наука о музыке заимствует свои основоположения у арифметики, медицина — у физики или все науки совокупно — у «первой философии». Во-вторых, обе науки могут иметь один и тот же предмет исследования, но одна из них будет рассматривать его с сущностной стороны, а другая — с акцидентальной, и тогда первая будет делиться некоторыми принципами со второй — например так, как физика, на которую опирается астрономия, делится с ней положением о том, что движение небесных тел должно быть непременно круговым. В-третьих, две пауки могут изучать объекты, выступающие в качестве видов одного какого-то рода, и тогда более простая наука будет снабжать принципами менее простую — например так, как обстоит дело с арифметикой и геометрией, которые исследуют два вида количества и из коих первая делится своими принципами со второй. Субординация наук, однако, не означает обязательную односторонность существующей между ними связи: «Большинство основоположений частной науки, подчиненной какой-то другой науке, проверяется только вышестоящей наукой, по и принципы вышестоящей науки часто проверяются нижестоящей частной наукой» (13, 530).

Классификация наук у Абу-Али может создать иллюзию, что частные науки для него служили лишь отдельными областями применения принципов, прямо или опосредствованно выводимых из метафизики как «науки наук», тем более что предметы этих наук он сам же характеризует как сущностные акциденции предмета первой философии. Более того, положение, занимаемое в последней «божественной наукой», теологией в собственном смысле слова, вообще как будто свидетельствует о служебной по отношению к ней роли не только всех частных наук, но и самой метафизики. И философия тогда оказывается «служанкой» богословия.

Дело обстоит в действительности не так, и это становится вполне очевидным, как только обозреваешь мысленным взором части, образующие его энциклопедический труд: «Книга исцеления» — это работа, почти целиком посвященная естественным и точным наукам; метафизика занимает в ней крайне незначительное место, а «божественная наука» — и вовсе ничтожное. Удельный вес «царицы наук» в ней намного меньше удельного веса той науки, которую в его время считали простым «орудием» познания, — логики, этой поистине верной «служанки» всех остальных «служанок». «Первая философия», разумеется, имела для Ибн-Сины и самостоятельную ценность, но прежде всего она нужна была ему как высшее обоснование достоверности знаний, обретенных и обретаемых человеком науки об окружающей его природе. Не переставая быть высшим синтезом и обобщением знаний в конкретных областях, философия в эпоху Ибн-Сины выполняла трудную и ответственную роль, которая ей не была свойственна в эпоху античности, — защищала аподиктическое знание от господствующей идеологии, основанной на риторике и диалектике, т. е. от притязаний на монопольное обладание истиной со стороны религии и спекулятивного богословия.

«Принципы всех наук основываются на этой науке, и, хотя ее изучают в конце, в действительности она является первой», — пишет Абу-Али о положении метафизики в системе философских наук, объясняя причину того, почему именно с нее он начинает рассмотрение указанных наук в «Книге знания» (3, 142). Однако данный порядок, по его же признанию, не соответствует «традиции и обычаю», которых придерживался и он сам. Принятый в «Книге знания» порядок изложения философских наук был взят за образец иранскими мыслителями в эпоху Сефевидов и Каджаров (Садр-ад-Дин Ширази. Мулла Мухсин Фаид, Хаджи Мулла Хади Сабзивари и др.), что, видимо, соответствовало перемещению их интереса от естественнонаучных дисциплин к метафизике, но у самого Абу-Али, за исключением этой работы, повсюду сохраняется принцип изложения, диктуемый его классификацией наук: подобно тому как в «Трактате о Хайе, сыне Якзана» авторское «я» (символ разумной души) совершает вместе со «старцем» (символ деятельного разума) мысленное путешествие по бытию с «Запада» (материальный мир) на «Восток» (мир «духовный», умопостигаемый), точно так же читатель его монументальной «Книги исцеления» продвигается под руководством автора от конкретных естественнонаучных дисциплин к их философскому обобщению в метафизике. Однако во всех его энциклопедических работах без исключения читателю предлагается предварительно изучить логику — искупаться в том «журчащем источнике», «сладкая вода» которого, как говорится в аллегорической повести, придает «созидательную силу», помогающую преодолеть стремнины на пути к вершинам человеческого знания.