Осенью 1784 года Самборские прибыли в Санкт-Петербург. Андрей Афанасьевич приступил к исполнению своих новых обязанностей. Будучи наставником великих князей, он одновременно отправлял должность настоятеля Софийского собора, заложенного в Царском Селе в 1780 году и открытого в 1788-м.
Среди петербургских священников Самборский выделялся своим вольнодумием, которое проявлялось уже в самой его внешности: он брил бороду, одевался на манер английского священника. Митрополит Новгородский и Санкт-Петербургский Гавриил пытался увещевать Самборского. «Знаешь ли, что из Киева пишут? — говорил он ему. — Неурожай в хлебе оттого, что ты бороду бреешь, новую ересь заводишь! Брадобрение подает повод к расколам и к возмущениям народным. Что ты умничаешь? Отрасти бороду, или предам и предаю тебя суду Божию».
В лице Самборского Михайло Сперанский впервые соприкоснулся с тем людским кругом, в котором ему предстоит впоследствии вращаться. Обстоятельства жизни самого Андрея Афанасьевича многое объясняют в том покровительственном отношении, которое проявлял он к сыну своих черкутинских знакомых. Смышленый попович напоминал Самборскому его самого — молодого, полного еще сил и благих надежд.
Покинул родительский дом Михайло на десятом году жизни [16]. Летом 1781 года Михаил Васильевич отвез сына во Владимир, где с помощью мужа своей сестры — протодиакона при Владимирском архиерее Матвея Богословского — устроил его на учебу в епархиальную семинарию. Мальчику назначена была, таким образом, обыкновенная для выходца из поповской семьи стезя.
В документах Владимирской семинарии Михайло был впервые записан под фамилией Сперанский.Ее придумал для черкутинского поповича, внушавшего своими способностями большие надежды, Матвей Богословский. Эта фамилия была образована от латинского слова «spero», или «sperare», который соответствует русскому «надеяться». Ни отец, ни дед Михаилы (и, скорее всего, никто из его предков) никакой фамилии вообще не имели [17].
В сохранившемся в архиве списке наличного состава учащихся Владимирской семинарии к началу 1782 года в числе учеников школы инфимы (начального отделения семинарии) под № 11 записано: «Покровской округи [18], села Черкутина, попов сын Михаил Михайлович Сперанский,11 лет [19]. Дан ему указ о получении пономарского дохода в том же селе». Рядом с этой записью, на полях, помета: «Способен».Подобные пометы стоят напротив фамилии «Сперанский» и в других семинарских бумагах. Так, в списке учащихся риторики за 1784 год помечено: «доброго успеха»,за 1785 год — «понятен».А в списке учащихся класса «философов» за 1786 год рядом с фамилией «Сперанский» стоит замечание — «острого понятия».
Обучавшиеся вместе со Сперанским семинаристы впоследствии вспоминали, что учился Михайло хорошо только у тех преподавателей и по тем предметам, которые не требовали механической зубрежки. По воспоминаниям И. П. Фаворского, учившегося вместе со Сперанским, «во Владимирской семинарии товарищи прозвали его Спасовы Очи, потому что он все знал, все понимал, все видел, по их мнению».
В эти годы Владимирская семинария переживала настоящий расцвет. Обеспокоенная упадком русского духовенства императрица Екатерина решила перестроить систему воспитания будущих священнослужителей. Расходы на епархиальные семинарии в 1780 году были увеличены сразу втрое. Одновременно в программу обучения ввели целый ряд новых предметов, причем в основном общеобразовательного характера: историю, физику, географию, арифметику и другие.
В первом и втором классах семинаристы должны были изучать краткий катехизис, русское правописание и грамматику. В третьем классе — латинскую и церковнославянскую грамматики, перевод с русского на латинский и арифметику. В четвертом («синтаксическом») классе им надлежало изучить историю и географию, в пятом («пиитическом») — классическую поэзию, произведения которой семинаристы переводили на русский язык, основы классической мифологии и церковный устав (Типик). Программа шестого класса («риторов») предполагала преподавание риторики и библейской истории. Кроме того, в рамках этого класса продолжалось изучение церковного устава. В седьмом классе («философов») семинаристам преподавались: логика, метафизика, политическая история, естественная история (естествознание) и история философии (в основном античной). Все эти предметы считались в то время составными частями философии. Восьмой («богословский») класс предполагал изучение семинаристами герменевтики, догматики, нравственного богословия, апологетики и истории церкви, пасхалии, Кормчей книги и «Книги о должностях пресвитеров церкви», которая должна была заучиваться семинаристами наизусть. Этот класс имелся тогда из-за недостатка учителей не во всех духовных семинариях: в частности, во Владимирской семинарии богословского класса не было.
Методика обучения в духовной семинарии была преимущественно схоластической. Преподаватели не ставили перед собой цели развить в своих учениках любознательность и способность самостоятельногомышления. Однако была в этой методике и положительная сторона. Семинаристы посвящали много времени и сил изучению церковнославянского, древнегреческого и латинского языков, но при этом должны были беспрестанно упражняться и в современном русском языке. Им постоянно задавали писать сочинения, в которых главным считались не свободные размышления по той или иной теме, но строгое расположение материала и систематическое изложение мыслей. Из семинаристов получались хорошие составители канцелярских документов, способные изложить их тексты в красивых выражениях и понятным слогом.
До поступления Сперанского в семинарию в практике духовных учебных заведений широкое распространение имели телесные наказания: провинившихся в чем-либо семинаристов нещадно били розгами, палками, ремнями и т. п. Во Владимире это битье совершалось, как правило, на монастырском дворе в присутствии массы любопытных, многие из которых собирались сюда специально, дабы полицезреть, как учат уму-разуму будущих попов, послушать их истошные вопли. В умиравшем от скуки провинциальном городе такое зрелище представляло собой развлечение не последнего рода.
Однако, вскоре после того как Михайло Сперанский стал семинаристом, в семинарию поступила из столицы инструкция, строго запрещавшая телесные наказания учеников, причем запрет был наложен не только на битье палками, но даже на простые пощечины и тычки, драние за уши или волосы. Более того, наставникам семинаристов предписывалось воздерживаться от любых вообще деяний, так или иначе посрамляющих воспитанников, затрагивающих их честь и достоинство. Инструкция безжалостно изгоняла из лексикона учителя словечки типа: «уши ослиные», «осел», «скотина». Конечно, процветавшая в семинарии практика физических и моральных истязаний учеников не могла исчезнуть враз — можно с уверенностью предположить, что она продолжала иметь место, но, безусловно, масштабы ее должны были уменьшиться. Неизменным в воспитании семинаристов осталось одно: стремление внушить им некий безотчетный страх, преклонение перед власть предержащими выработать автоматизм послушания начальству. Семинария и в тот период, когда обучался в ней Сперанский, продолжала служить школой угодничества, лицемерия и лести. Подавляющее большинство семинаристов успешно оканчивали эту школу, проявляя требуемые ею свойства с первых же лет обучения. Бывало, ректор семинарии входил в какой-нибудь класс — лица семинаристов мгновенно покрывались бледностью, а руки их начинали часто и мелко дрожать. При появлении же архиерея будущих священнослужителей буквально сотрясало от страха. Архиерей спрашивал у кого-либо из семинаристов заданный урок, который семинарист накануне выучивал досконально, но у того от страха язык отсыхал, горло сжималось, и нельзя было услышать от него не только ответа, но даже и простого звука. Учитель пояснял архиерею, указывая на онемевшего семинариста: «Оробел-с». И архиерей с улыбкой отпускал несчастного, выспрашивая при этом его фамилию, с тем чтобы запомнить его как человека, способного повиноваться властям.