В 1485 году за заслуги в искусстве он был избран почётным гражданином Перуджи. Через его мастерскую прошло немало учеников, чьи имена известны, так как на их количество устанавливались квоты, выдаваемые влиятельным Цехом живописцев. Во избежание неприятностей хозяева мастерских строго придерживались правил. Архивы сохранили почти все имена учеников мастерской Перуджино: Эузебио из Сан-Джорджо, Бартоломео ди Джованни, Джакомо из Перуджи, Джованни Чамбелла и самый верный ученик и последователь Джованни ди Пьетро по прозвищу Спанья. Не исключено, что Санти, обладавший определённым весом в руководстве Цеха, сумел заполучить такую квоту для малолетнего сына. Однако ни в одном архивном документе не говорится ни слова о пребывании мальчика Рафаэля в мастерской Перуджино. Да и как он мог там оказаться? Ведь после смерти отца одиннадцатилетний Рафаэль из-за судебной тяжбы, затеянной мачехой, был вынужден присутствовать на каждом судебном заседании вплоть до 13 мая 1500 года, пока не покинул Урбино в поисках работы.
Приведём один из последних примеров ошибок, которые допускаются некоторыми авторами, пишущими о Рафаэле. На состоявшейся в Урбино в апреле-июле 2009 года выставке, посвящённой раннему периоду творчества художника, была показана небольшая работа на доске. Это так называемая predella, на которой изображена сцена «Рождение Девы Марии», и вместе с другими четырьмя житийными клеймами она является составной частью большого полиптиха кисти Перуджино для церкви Санта-Мария Нуова в городе Фано.
Заказ на его написание именитый мастер получил в 1488 году, а завершил работу лишь в 1497-м. У Перуджино был непростой характер, но Вазари, который не мог его знать лично, настаивает на обратном. Известно, что у мастера нередко возникали трудности с помощниками и трения с заказчиками, чем, возможно, и объясняется почти десятилетняя задержка с завершением работы над упомянутым алтарным образом. Говорят, из-за отказа заказчика увеличить гонорар разгневанный мастер бросил начатую работу и уехал. В 1490 году в Фано побывал Джованни Санти, приступивший к написанию в левом приделе той же церкви Санта-Мария Нуова алтарной картины «Сретение», в которой сильно влияние его прославленного друга. Однако нет никаких сведений, что он побывал там с семилетним Рафаэлем, хотя известно, что ему не раз приходилось брать подросшего сына с собой, чтобы не оставлять его дома одного с мачехой.
Следует также иметь в виду, что в указанный временной отрезок, помимо Фано, Перуджино побывал в Сиене, Флоренции, Лукке и Кремоне, где его ждали новые заказы. Он редко отказывал заказчикам, сколь бы ни был перегружен делами, проявляя завидную всеядность и работоспособность. С годами его мастерская стала напоминать фабрику по изготовлению картин, по поводу которых исследователи до сих пор ломают голову над их атрибуцией. Будучи в летах, Перуджино 1 сентября 1493 года между делом выгодно женился на юной Кларе, дочери архитектора Луки Фанчелли, работавшего на мантуанское семейство Гонзага. О женитьбе имеется упоминание на одной из его картин в церкви Сан-Доменико во Фьезоле под Флоренцией, где прошло венчание и была отпразднована свадьба. Вскоре он отправил в Фано одного из помощников, дабы успокоить заказчика, выдавшего ранее аванс, и завершить работу. Но вряд ли им мог быть четырнадцатилетний Рафаэль — в таком возрасте подмастерьями не становятся.
На упомянутой доске алтарного образа, показанного на выставке в 2009 году в Урбино, одна из женских фигур с новорождённой на коленях изображена в профиль, как и на фреске «Мадонна с Младенцем», написанной отроком Рафаэлем в родительском доме. Именно это удивительное стилистическое сходство сподвигло некоторых исследователей и организаторов выставки представить «Рождение Девы Марии» как работу Рафаэля. Но остаётся загадкой, как мальчик-сирота мог оказаться в Фано? Ведь ни в одном архивном документе нет упоминания о посещении им этого городка на Адриатике, до которого от Урбино более 50 километров по дорогам, где рыскали отряды бандитов Цезаря Борджиа. Поэтому речь может идти только о предположении, хотя многое указывает на то, что каким-то совершенно неведомым образом пути юного Рафаэля пересеклись тогда с Перуджино, но никак уж не в детском возрасте, и вопрос так и остаётся без ответа.
Когда в апреле 1501 года Рафаэль впервые робко переступил порог мастерской Перуджино, которая временно располагалась тогда почти в самом центре Перуджи на улице Делициоза, мастера он не застал. Его неприветливо встретил прыщеватый Бартоломео ди Джованни, узревший в посетителе с папкой под мышкой возможного соперника. В отсутствие хозяина, который часто наведывался к жене и сыну во Флоренцию, всеми делами ведал этот завистливый подмастерье. Разговора с ним не получилось, и Рафаэль собрался было уходить, как вдруг на пороге появился сам хозяин мастерской. Услышав его имя, Перуджино воскликнул:
— Как же, мы были дружны с твоим покойным отцом! Помню, как я отговаривал его от поездки к взбалмошной маркизе в Мантую. От неё сбегали из-за её сумасбродства все художники. Не послушался, и вот что получилось. Ну а ты, молодой человек, чем порадуешь? Отец тебя нахваливал.
Рафаэль раскрыл папку и показал рисунки для почти законченного алтарного образа.
— Недурно, — сказал Перуджино, поднеся рисунок поближе к глазам, чтобы лучше разглядеть. — Побольше жёсткости. Расплывчатость и плавность линий здесь излишни, коль взялся за алтарный образ. Но Всевышнего малость приодень, иначе святые отцы голову с тебя снимут.
Вернув рисунок, Перуджино дал понять, что разговор на этом закончен, а на прощание посоветовал Рафаэлю зайти в Меняльную биржу и взглянуть на фресковые росписи.
— Там сам без лишних слов поймёшь, как нужно писать и что сегодня требуют от художника вконец зажравшиеся заказчики, — проговорил он, словно отдавая приказ.
На том и расстались. У Рафаэля осталось двойственное впечатление от визита. Было приятно, что знаменитый мастер хранит память об отце, но его высокомерие и командный тон не вызвали желания встретиться с ним снова. Он внял совету и побывал на бирже. Увиденное там его заинтересовало. Ему ещё не раз пришлось туда заглянуть с рабочей тетрадью, с которой он не расставался, памятуя о наказе отца.
Главный зал биржи в форме вытянутого прямоугольника со сводчатым потолком сплошь расписан фресками, сюжеты которых были подсказаны художнику местным учёным-гуманистом Франческо Матуранцио, большим знатоком античной мифологии. Стены от пола в рост человека обшиты деревянными панелями с искусной резьбой. В центре потолка изображение бога Солнца Аполлона, скачущего на колеснице, запряжённой четырьмя разномастными конями, а по краям несутся Юпитер, Сатурн, Марс, Венера и Меркурий, стоящие также на колесницах, которые тянут птицы и какие-то диковинные звери. Свободные места плафона украшены орнаментом из модных гротесков на золотистом фоне, искусно имитирующим мозаику. На одних стенах написаны аллегорические женские фигуры, олицетворяющие Мудрость и Правосудие, Силу и Умеренность, другие расписаны сценами из Нового Завета.
В связи с росписями Меняльной биржи высказывается предположение, что для пробы Перуджино вполне мог поручить подающему надежды юному художнику и сыну покойного друга взяться за написание одной из фресок. Конкретно указывается полукруг на одной из стен с аллегорией Силы, написанной якобы Рафаэлем в виде сидящей в кресле златокудрой красавицы с жезлом в руке. Прямых тому доказательств нет, но из архивных данных известно, что там с Перуджино работал только один помощник по имени Андреа из Ассизи, который ловко подражал манере мастера. Но о каком бы то ни было наличии в росписях биржи руки Рафаэля умалчивает даже Вазари, поэтому стоит довериться тому, что говорят архивные данные.
Памятуя о неприятном впечатлении, оставшемся от первого знакомства с мастером, Рафаэль предпочёл встречам с ним тщательное изучение его работ, которых было немало в Перудже. Возможно, тогда или несколько позже появился «Портрет Перуджино» (Рим, галерея Боргезе), который приписывается юному Рафаэлю, очень схожий с автопортретом самого Перуджино на одном пилястре левой стены в зале Меняльной биржи. Под портретом надпись: «Пьетро Перуджино, знаменитый художник, восстановивший утраченное искусство». Как позднее выяснил Рафаэль, слова принадлежали упомянутому выше Матуранцио.