Весьма неожиданной стороной жизни Степана Семеновича была его деятельность в Цензурном комитете, куда он наверняка попал не по собственной воле. Именно он (по определению другого, более известного, цензора А. В. Никитенко, «мыслящая голова, самостоятельная») разрешил к печати стихотворения М. Ю. Лермонтова «Бородино», «Дума», «Поэт» («Отделкой золотой блистает мой кинжал»), «Русалка», «Молитва», «Памяти А. И. Одоевского», «Молитва» («Я, Матерь Божия, ныне с молитвою…»), «Из Гёте» («Горные вершины…»), «Есть речи — значенье…», «Оправдание», «Последнее новоселье», «Дары Терека», повесть «Фаталист» и другие произведения. Именно на него строчил кляузы Фаддей Булгарин, обвиняя в покровительстве неблагонадежным «Отечественным запискам», их либерализму или, как он выражался, «мартинистскому духу». Известно, что С. С. Куторга без всякой боязни вступил в спор с самим председателем Цензурного комитета, князем М. А. Дондуковым-Корсаковым, который был намерен подвергнуть «исправлениям» даже произведения лежащего в могиле Пушкина, включая те, которые русская публика знала наизусть. Печать в середине века была настолько задушена, что даже цензоры ходили под постоянной угрозой отсидки в холодной. Однажды профессор Куторга и академик Никитенко сутки провели на гауптвахте лишь за то, что пропустили в «Сыне отечества» повесть П. В. Ефебовского «Гувернантка». Государь усмотрел преступную несерьезность автора в описании внешнего вида явившихся на бал фельдъегеря и прапорщика строительного отряда путей сообщения, каковую насмешку над своими слугами не стерпел. Другой раз Куторга был посажен на десять дней за разрешение печатать какие-то немецкие вирши. Как было сказано в доносе председателя Особого комитета для надзора за печатью Д. П. Бутурлина, «пропущенные Куторгою немецкие стихи содержат в себе мистические изображения и неблаговидные намеки, несогласные с нашею народностью». К тому же томик злосчастных переводов, попавший в руки Бутурлина, оказался с типографским браком — фамилия цензора не отпечаталась, — что дало «великому инквизитору» возможность обвинить Куторгу еще и в стремлении скрыться от ответственности. «Вот почему, — пишет в своем дневнике Никитенко, — и решено было посадить Куторгу на десять дней на гауптвахту, внести это в его послужной список и спросить у министра народного просвещения: считает ли тот возможным после этого терпеть Куторгу на службе? Всё это было сделано без всякого расследования, без сношения с министром, без запроса Куторге. А последний уже лет пятнадцать как известен и в публике и на службе за полезного, талантливого ученого и благородного человека».

Первая опубликованная работа Менделеева была выполнена под руководством Куторги, который вместе с Воскресенским предложил Дмитрию заняться исследованием привезенных из Финляндии образцов минералов ортита и пироксена. Природа образования кристаллов еще не была открыта, но сама геометрия этих причудливо выраставших форм наталкивала юношу на мысль о некоем законе, определяющем это разнообразие. Позднее он напишет объемное сочинение «Об изоморфизме», от которого и начнется его извилистый и противоречивый путь к открытию Периодического закона. Отношения между Менделеевым и Куторгой с самого начала сложились наилучшие. Степан Семенович очень симпатизировал пытливому сибиряку и привлекал его к обработке материалов, жига пленных из экспедиций. Когда Куторга был в отлучке, его заменял минеролог, большой знаток кристаллических форм И И. Кокшаров, о котором Дмитрий Иванович впоследствии вспоминал с признательностью и откровенной нежностью. Ни Ку торга, ни Кокшаров не могли еще знать всего набора возможных разновидностей кристаллов — их предел будет вычислен значительно позже, — но они помогли студенту Менделееву задуматься над внутренней логикой роста кристалла и влиянием на него внешней среды.

Выпускниками Дерптского профессорского института были еще два профессора Главного педагогического — астроном Алексей Николаевич Савич и ботаник Иван Осипович Шиховский. Савич имел репутацию знатока практической астрономии и отличного наблюдателя. Именно он, проведя нивелировку пространства (824 версты) между Каспийским и Черным морями, окончательно установил, что Каспийское море лежит на десять саженей (около двадцати одного метра) ниже Черного. Этот факт сильно и надолго взбудоражил ученую публику — достаточно сказать, что даже сын Дмитрия Ивановича, Владимир, серьезно занимался проектом подъема уровня Каспийского моря с помощью запруды Керченского пролива. Савич также вывел формулы для вычисления преломления световых чумой в земной атмосфере. Он составил полное руководство для использования переносных астрономических инструмента с изложением приемов наблюдения и вычисления, которое до сих пор считается одним из лучших учебников практической астрономии не только в России, но и в Германии, где обилие пособий, в том числе и современных, делает этот факт просто исключительным. В то же время прикладные исследования отнюдь не закрыли профессору Савичу дорогу к звездам: в 1851 году он, по представлению Гаусса, получает от датского короля золотую медаль за определение орбиты кометы 1585 года по материалам наблюдения Тихо Браге. Еще через год он предлагает новый и самый удобный метод определения орбит спутников планет. Стоит ли говорить, что его лекции и статьи по использованию различных приборов и маятников оказались просто неоценимы для Менделеева в ту пору, когда он возглавлял Главную палату мер и весов? На лекциях Савича к нему пришло ощущение космоса, «вещество» которого он искал до самой смерти. Вопросы всемирного тяготения, напряжения силы тяжести с каждым годом будут волновать ученого всё сильнее и станут для него по-настоящему базовыми. А полученные от Савича знания в области летосчисления послужат появлению в 1899 году весьма оригинального предложения Менделеева об изменении старого календаря.

Профессор И. О. Шиховский оставил после себя не так много ученых трудов, но лекции его охватывали все известные на то время отрасли ботаники. Он читал в университете курсы «Органография, физиология и патология растений», «Палеонтология растений», «Обозрение семейств, родов и пород петербургской флоры», «История ботаники», «Систематика растений» и даже «Обозрение растений, употребимых в хозяйстве» для камералистов. В то время ни оранжереи, ни помещения для работы с растениями в университете не было; но Шиховский устроил ботанический сад под открытым небом, где высадил до шестисот местных растений. Своими руками и с помощью студентов он, по сути, создал университетский гербарий, используя для просушки и препарирования растений крохотную комнатку в ботаническом кабинете. Он был очень энергичным исследователем, совершил много экспедиций, в первую очередь по Скандинавии. Хотя описательный метод, используемый в то время биологическими науками, вряд ли мог полностью насытить научную жажду молодого Менделеева, всё более стремившегося к эксперименту и использованию дедукции, он все-таки весьма усердно «ботанизировал», учился детально сопоставлять сходство и различие растений. Ему это было интересно.

Зоологию и сравнительную анатомию в институте читал Федор Федорович (Иоганн Фридрих) Брандт, чье имя навсегда связано с Санкт-Петербургским Зоологическим музеем, который он создал из жалких остатков петровской Кунсткамеры. Выходец из прусской Саксонии, Брандт окончил медицинский факультет Берлинского университета, увлекся было зоологией, но докторскую диссертацию защитил всё же по медицине и хирургии. Довольно успешно начав карьеру в известной берлинской терапевтической клинике, он потом продолжил ее в Санкт-Петербургской академии и университете, но вдруг в 1831 году, будучи уже экстраординарным профессором и адъюнктом академии по медицине, бросил всё ради заново вспыхнувшего интереса к зоологии. Он становится адъюнктом по зоологии и директором еще не существующего Зоологического музея и только теперь, тридцати лет от роду, в охотку начинает свою настоящую карьеру, увенчавшуюся званием академика и славой ученого, неимоверными личными трудами создавшего одну из самых богатых зоологических коллекций в Европе. Брандт имел прямое отношение к организации зоологических экспедиций на Урал, в Сибирь, Китай и еще бог знает куда, собирал изображения каспийских рыб, бразильских обезьян и множества других хорошо известных и вовсе не ведомых существ. Кроме того, ученый успел написать огромное количество трудов по зоологии, зоопалеонтологии, зоотомии и зоогеографии, был соавтором двухтомной «Медицинской зоологии» и автором «Краткого очертания сравнительной анатомии с присоединением истории развития животных». Недаром зарубежные ученые общества, включая Парижскую академию наук, считали за честь включить его в число своих зарубежных членов.