Из всех находок о. Павла Пирлинга, пожалуй, самой важной оказалось собственноручное письмо Лжедмитрия папе Клименту VIII, написанное в апреле 1604 года. Факсимильная публикация текста памятника в 1898 году была всесторонне проанализирована известными лингвистами и историками И. А. Бодуэном де Куртене ⁶⁴, В. А. Бильбасовым ⁶⁵и С. Л. Пташицким ⁶⁶. Исследователи пришли к однозначному выводу, что автором документа был человек, не совсем уверенно знавший польский язык. Все догадки и предположения в теме о происхождении самозванца должны были уступить место доказательствам, и специалисты приняли версию о том, что Лжедмитрий — выходец из русских земель. Еще один важный документ, впервые опубликованный на русском языке в приложении к труду о. Павла Пирлинга «Россия и папский престол», — подробная депеша об обстоятельствах появления Дмитрия, отосланная нунцием Клавдием Рангони новому папе Павлу V в Рим 2 июля 1605 года ⁶⁷.

Подробное исследование источников, связанных с историей самозванца, провел Евгений Николаевич Щепкин в работе «Кто был Лжедмитрий I» (его труд был опубликован на немецком языке в редком славистическом издании в 1898–1900 годах) ⁶⁸. «Спрятать» так глубоко свои взгляды он имел все основания, так как выдвигал гипотезу о том, что Лжедмитрий мог быть незаконнорожденным сыном царя Ивана Грозного или его сына Ивана, — вряд ли бы обычная цензура пропустила такое в печать. В работе Е. Н. Щепкина Григорий Отрепьев и Лжедмитрий предстают двумя разными людьми. И самих Отрепьевых, по мнению исследователя, было двое, «№ 1» и «№ 2», причем происходили они соответственно из Галича и Углича. Александр Гиршберг, польский автор биографий Дмитрия Самозванца и Марины Мнишек, подчеркивал, что основой для появления человека, взявшего на себя роль убитого Дмитрия, могла быть взаимная заинтересованность служилых людей Смоленской и Северской земель в сближении со шляхтой Речи Посполитой, в первую очередь с князьями Вишневецкими ⁶⁹.

О самозванце немало размышлял один из основателей петербургской школы историков Константин Николаевич Бестужев-Рюмин ⁷⁰. Тексты его писем о Смутном времени были опубликованы посмертно в 1898 году. Эта необычная книга представляет собой редкий жанр эпистолярной беседы и состоит из писем графу Сергею Дмитриевичу Шереметеву, работавшему, правда по-любительски, над изучением времени царя Федора Ивановича и истории Лжедмитрия ⁷¹. К. Н. Бестужев-Рюмин доброжелательно направлял С. Д. Шереметева, которому казалось, что самозванец был настоящим царевичем. Свои основные тезисы о Лжедмитрий С. Д. Шереметев сформулировал следующим образом: «1) Он не Отрепьев, 2) он не сознательный обманщик, 3) Годунов не виновен в Углицком деле. К этому прибавляется: 4) он — создание Поссевина и иезуитов» ⁷². К. Н. Бестужев-Рюмин поощрял работу С. Д. Шереметева в этом направлении и размышлял: «Прежде всего, остается необъяснимым спасение царевича, а это вопрос существенный. Затем остается неясным Расстрига, откуда у него царственный вид и царственные приемы, он часто напоминает Петра. А почему? Потому что чувствует себя прирожденным царем. Ни Отрепьев, ни шляхтич не могли бы так поступать с Шуйским, так говорить с боярами» ⁷³. Все это оказало влияние и на других энтузиастов, которым было тесно в рамках официальной версии. Одним из них был драматург, журналист и издатель А. С. Суворин. Он тоже был практически уверен в том, что «Григорий Отрепьев и был царевич Димитрий». Порукой этому, по его предположению, была слишком яркая и необычная судьба самозванца ⁷⁴.

Журналистские этюды А. С. Суворина в «Новом времени», распространявшиеся в 1890-х годах тысячными тиражами, мало воздействовали на историков. Среди них, напротив, возобладал здравый скептицизм по поводу дальнейших разысканий о происхождении Лжедмитрия, которые не содержали в себе ничего нового, а все больше становились поводом для высказывания сенсационных предположений. Разговор мог быть продолжен только после появления новых источников или изучения основательно подзабытых текстов. Так поступил Сергей Федорович Платонов, обратившийся в магистерской диссертации к источниковедческому изучению русских повестей XVII века о Смутном времени. Будущему автору «Очерков по истории Смутного времени в Московском государстве» удалось впервые исследовать и опубликовать все наиболее значимые литературные памятники («Иное сказание», «Временник» дьяка Ивана Тимофеева, «Сказание Авраамия Палицына», сочинения князя Ивана Дмитриевича Хворостинина, князя Ивана Михайловича Катырева-Ростовского, князя Семена Ивановича Шаховского и другие тексты), в которых рассказывалось об обстоятельствах воцарения Лжедмитрия и его правлении ⁷⁵. Но в своей известной книге о Смуте, вышедшей первым изданием в 1899 году, С. Ф. Платонов отказался от подробного рассмотрения литературы о самозванце, считая более важным изучить обстоятельства его восхождения на трон, кем бы ни был при этом Лжедмитрий. Понимая, что от него все равно ждут определенного ответа, С. Ф. Платонов писал: «Чтобы не оставаться перед читателем с закрытым забралом, мы не скроем нашего убеждения в том, что Самозванец был действительно самозванец, и притом московского происхождения» ⁷⁶. С этим наблюдением перекликается известный афоризм Василия Осиповича Ключевского: «Винили поляков, что они его подстроили, но он был только испечен в польской печке, а заквашен в Москве» ⁷⁷.

К началу XX века накопилась большая традиция изучения истории Лжедмитрия, но его биография по-прежнему трудно поддавалась изучению и в ней оставалось еще много неизвестного. Это наглядно продемонстрировал о. Павел Пирлинг, опубликовавший сборник статей «Из Смутного времени» (1902), в котором разобрал источники, связанные с обстоятельствами появления самозваного московского царевича в Литве. Особенно важна была записка князя Адама Вишневецкого 1603 года, передававшего королю Сигизмунду III историю своего слуги, оказавшегося якобы сыном Ивана Грозного. В своих статьях о. Павел Пирлинг, образно говоря, «шел по следу» Лжедмитрия, пытался «выслушать» свидетелей. П. Пирлинг подробно выяснял, что в разное время говорили о самозванце король Сигизмунд III, канцлер Лев Сапега, воевода Юрий Мнишек и монахи-иезуиты. Как ни парадоксально, но обзор материалов «с другой стороны» приводил его к тому же выводу, которого держались русские источники: «тождество Димитрия с Гришкой Отрепьевым выдерживает хоть некоторую проверку» ⁷⁸. Итогом многолетних разысканий о. Павла Пирлинга стала его книга «Димитрий Самозванец» (1912). Оглядываясь на свой путь от исследования о взаимоотношениях России и папского престола, он признавался, что начинал работу не без увлечения проявлявшимся издали «привлекательным образом» самозваного царевича. Действительно, трудно допустить, чтобы папы Климент VIII и Павел V вступали в переписку с каким-то безвестным авантюристом, а папский нунций в Кракове Клавдий Рангони уделял ему столько места в своих донесениях. Но дальше о. Павел Пирлинг познакомился со «святая святых» ватиканского архива — документами инквизиционного трибунала, рассматривавшего конфессиональные затруднения тайного католика Дмитрия, просившего разрешения на причастие из рук православного патриарха для себя и своей невесты Марины Мнишек. Выяснилось, что все надежды на архивы Ватикана не имели под собой никакого основания, в них не было ничего, чтобы Лжедмитрий доверил только своим новым духовным отцам. В итоге о. Павел Пирлинг возвращает «долг» тем, кто всегда считал самозванца орудием католической экспансии. Он тоже видел, что «дело самозванца явилось следствием обширного и искусно выполненного заговора», но убежден, что это был «русский» заговор. И за этим стоит целая система доказательств, основанная на полном анализе источников, впервые разысканных самим о. Павлом Пирлингом. Научное исследование привело его к выводу об обмане самозванцем папской курии: «Димитрий только в начале своей карьеры обнаруживал благочестивое рвение; впоследствии главными мотивами его политики стали личные интересы и нужды русского государства» ⁷⁹.