Патриарх Филарет имел прямое отношение к прославлению «убиенного» святого царевича Дмитрия. Именно он когда-то перенес его мощи из Углича в Москву [5]. В Житии царевича Дмитрия, вошедшем в Четьи минеи редакции Германа Тулупова 1630 года, Борис Годунов снова был обвинен в преступлении. Хотя вначале автор Жития вынужден был признать, что Годунов был «многомыслен и разумен зело», а царь Федор «возложи на него все государство правити и строити». «Той же Борис начат всеми владети и во всем волю творити», но этого ему якобы оказалось мало; вскоре ослепленный желанием «величества и славы» боярин решается на то, чтобы подослать убийц к царевичу Дмитрию и «искоренить царский корень» [6]. То, о чем писалось в житиях, со временем становилось канонической нормой в восприятии событий. Не удивительно, что известный книжник Симон Азарьин в 1650-х годах пометил в своем месяцеслове о памяти царевича Дмитрия 15 мая, как о само собой разумеющемся: «убиен бысть повелением Бориса Годунова» [7]. За более чем полвека события времен правления Бориса Годунова ушли в историю, и только гробница царевича Дмитрия в Архангельском соборе была постоянным напоминанием о прежних политических страстях, злодеях и жертвах времен Смуты. Места Годунову в кремлевской усыпальнице великих князей и царей, напротив, не нашлось, его тело вынесли из Архангельского собора во время восстания московского «мира» 1 июня 1605 года. В конце концов Борис Годунов был погребен «честно», с подобающим почетом, вместе со всей семьей в Троице — Сергиевой лавре. И сделал это не кто иной, как царь Василий Шуйский, начинавший с тяжких обвинений в адрес Годунова. Но, видимо, и ему пришлось считаться с опасностью десакрализации царской власти. С начала XVII века эта приметная усыпальница, рядом с лаврским Успенским собором, остается немым укором тем, кто торопится обвинить Бориса Годунова во всех мыслимых и немыслимых преступлениях, взывая если не к его оправданию, то хотя бы к пониманию старой трагедии о «добром царе», который стремился на словах и в делах к благу подданных.

В XVIII веке — веке дворцовых тайн — в истории царя Бориса Годунова увидели много поучительного. Первый русский историк Василий Никитич Татищев воспроизвел в своем труде апологетическую повесть «о честнем житии» царя Федора Ивановича, написанную патриархом Иовом. Естественно, что в ней о Годунове говорилось только как о «преизрядном правителе» [8]. То, что казалось легким, когда изложение историка заменяла современная летопись или документ, превратилось в непростую задачу на другом этапе развития исторической науки. Столкнувшись с противоречивыми известиями о царе Борисе Федоровиче, придворный историограф Герард Фридрих Миллер в «Опыте новейшей истории о России» вынужден был осторожничать в характеристике Годунова, «из боязни выговоров и взысканий от начальства» [9]. А «острых» тем, которые могла затронуть старая история о царе Борисе, было много: судьба малолетних претендентов на русский трон, самозванство и подлинность мощей царевича Дмитрия в Архангельском соборе, участие представителей сословий в царском избрании и делах государства. К последнему обстоятельству у современников «Уложенной комиссии» 1767 года интерес был особый. Они, естественно, искали прецедент в политической мысли Московского царства и нашли его. В 1774 году в «Трудах вольного российского собрания» была впервые опубликована «Утвержденная грамота» об избрании на царство Бориса Годунова. Некоторое время спустя ее публикацию повторил и Николай Иванович Новиков в своей знаменитой «Древней Российской Вивлиофике» [10]. Таким образом стал доступен один из основных документов эпохи Бориса Годунова, который, по мысли патриарха Иова и других составителей грамоты в 1598 году, должен был на века обосновать утверждение новой династии.

Критический настрой современников в отношении деяний Бориса Годунова все-таки продолжал влиять на историков больше, чем «Утвержденная грамота», обосновывавшая спорное право смертного взойти на опустевший престол Рюриковичей. В эпоху Просвещения казалось естественным делать выводы о человеческой природе, противопоставлять прошлое и современность, извлекать уроки из истории. Уже в первой полноценной истории Смуты, написанной князем Михаилом Михайловичем Щербатовым, все обвинительные акценты были беспощадно обозначены. Особенно претил автору «Истории Российской», некогда еще и заметному участнику действий «Уложенной комиссии», фальшивый дух избрания Бориса Годунова на царство: «…и тако происки и вопли наименее просвещенных решили судьбу государства» [11]. Он называет выборы царя «игралищем» и не верит в искренность ни Бориса Годунова, ни его сестры «Великой монахини» (Щербатов как будто намеренно использует созвучие этого никогда не существовавшего сана Ирины Годуновой с титулом «Великой монархини», принадлежавшим Екатерине II). У Щербатова также не было веры ни «сановникам», ни «усердию народа»: «а обыкновенно, где принуждение и страх, тут, дабы сокрыть и самое свое отвращение, люди силятся излишне являть знаки» [12]. Когда М. М. Щербатов доходит до рассказа о преследовании Борисом Годуновым «вельмож», то слышны нотки обиды родовитого человека, заново переживавшего старые времена. Возможно, он даже адресует императрице завуалированные опасные намеки на смерть Иоанна Антоновича и Петра III: «Однако при всем том, что царь Борис ни делал, дабы знатные роды в совершенную к себе покорность привести, воспоминание пролитые крови царевича Димитрия, сумнение о смерти царя Феодора Иоанновича, происки, учиненные для его избрания, и гонение Романовым, питали их огорчение и неудовольствие». М. М. Щербатов ярко резюмирует верный на все времена девиз аристократического фрондера: «Они были верны Отечеству и Государю, но ненавидели похитителя». Продолжая обвинять Бориса Годунова, историк пишет: «Гонением и нещастиями других спокойствие не приобретается, но удобно и врагов своих благодеяниями к себе преклонить. Сие кажется основанное на естестве сердца человеческого правило неизвестно было царю Борису; или подозрения толико дух его терзали, что затушали в нем всю мудрость, правосудие и предвидение» [13]. Подробно рассказав о временах правления Бориса Годунова и появлении самозваного царевича Дмитрия, Щербатов заключает: «Не было никакого преступления, которого бы он не готов был соделать для достижения своих намерений». Впрочем, было и многое, за что, по мнению историка, можно все-таки назвать Бориса Годунова «мудрым государем», несмотря на его «преступления». Успехи в «содержании мира с окружными народами», внимание к «военному чину», «правосудию», укрепление границ, сохранение и приумножение казны, развитие торговли, вспомоществование бедным во время голода. Однако итог неутешителен для Бориса Годунова, не заслужившего, в отличие от Петра Великого, высшего признания: «Мог бы сей назваться великой Государь и отец отечества, если бы не хищность, не разврат, не убийства и преступления его до престола довели» [14].

С таким портретом Бориса Годунова не согласился другой историограф — Николай Михайлович Карамзин. Он рано заинтересовался историей Бориса Годунова, посвятив ей яркие строки в своих «Исторических воспоминаниях, вместе с другими замечаниями, на пути к Троице и в сем монастыре», опубликованных в журнале «Вестник Европы» в 1802 году. Стоя над могилами семьи Годуновых, он размышлял о преходящем значении власти и дел правителя, которому уже тогда посвятил отдельный очерк, чтобы опровергнуть «несправедливость наших летописцев». Н. М. Карамзин сделал акцент на том, как умело управлял царь Борис Годунов страной, показав неслучайный характер благоприятного отзыва о нем самого Петра Великого [15]. Время Бориса Годунова впоследствии подробно было изучено Карамзиным в «Истории государства Российского», и историк внес определенные коррективы в свои ранние взгляды. Из карамзинского труда многие открывали свою историю в XIX веке (а кто-то так и остался на всю жизнь с оценками прошлого, позаимствованными из «Истории государства Российского»). У историографа был простор для написания целой повести о Борисе Годунове, где на весах истории были взвешены все деяния великого царя, но, одновременно, и убийцы царевича Дмитрия. Карамзин тоже вспоминал о титуле «отец отечества», пожалованном Петру в 1721 году по древним римским образцам. Подробно описав начало правления Годунова, историк заключал: «Но время приближалось, когда сей мудрый Властитель, достойно славимый тогда в Европе за свою разумную Политику, любовь к просвещению, ревность быть истинным отцем отечества, — наконец за благонравие в жизни общественной и семейственной, должен был вкусить горький плод беззакония и сделаться одною из удивительных жертв суда Небесного».