Д. Вишневецкий энергично приступил к выполнению обязанностей старосты и, не имея достаточного количества регулярных воинов, стал сплачивать вокруг себя казаков, занимавшихся в Приднепровье различными промыслами — рыболовством, добычей и продажей соли, охотой и пр. Вскоре он стал их признанным и любимым лидером — атаманом Байдой. Таким образом, Д. Вишневецкий соединил в себе три самостоятельные роли: волынского князя, наместника польского короля и великого князя литовского в Среднем Поднепровье и казацкого атамана. Как староста каневский и черкасский он должен был подчиняться общегосударственной политике, но в роли казачьего атамана мог действовать, пусть и к неудовольствию государственных властей, на свой страх и риск.

Свободолюбивая натура Байды не мирилась со сковывающими его действия королевскими директивами. Существуют сведения о его конфликте с Сигизмундом, в результате которого князь-атаман в 1553 г. ушел с верными ему людьми в турецкие владения. Там, в Аккермане (современном Белгороде-Днестровском), а по некоторым данным — в Стамбуле, он провел несколько месяцев. Однако вскоре с королем произошло примирение. Сигизмунд пожаловал Дмитрию дополнительные привилегии и вернул под его управление Черкассы и Канев, после чего гордый и строптивый князь возвратился в Украину.

Очевидно, именно в это время у Д. Вишневецкого созрел масштабный i план создания укрепленного, постоянно действующего казачьего лагеря за Днепровскими порогами в районе главной переправы через реку. Вопрос о точной дате основания первой Запорожской Сечи легендарным Байдой окончательно не решен, но не исключено, что это произошло в 1552 г.

Идея создания постоянного казачьего лагеря ниже Днепровских порогов, где пересекались главные сухопутные и водные пути Северного Причерноморья, выдвигалась еще в начале XVI в. одним из предшественников Вишневецкого — Евстафием Дашкевичем. Однако она не получила практической поддержки польско-литовских властей.

Вишневецкий, вероятно, тоже предлагал такой же план королевской администрации, возможно, даже после создания казачьей базы ниже порогов. Но, судя по тому, что дальше князь-атаман действовал на свой страх и риск, его намерения не встретили в Кракове должного понимания. Сигизмунд-Август явно не желал обострять отношения с Крымским ханством и могущественным турецким султаном Сулейманом Великолепным.

Однако мысли Д. Вишневецкого относительно создания казачьего лагеря в стратегически важном месте неожиданно оказались созвучными намерениям царя Ивана IV (Ивана Грозного) распространить свою власть до Азовского и Черного морей. В 1552 г. этот царь завоевал Казанское ханство, а вскоре его войска овладели Астраханью. Из осколков Золотой Орды в качестве отдельного (зависимого от Турции) государства оставалось только Крымское ханство. Оно представляло угрозу как Польско-Литовскому, так и Московскому государствам, а прежде всего входившим в их состав (Москва тогда владела Подесеньем до Чернигова включительно) землям Украины. Иван Грозный мечтал завоевать и Крымское ханство.

Царь снарядил против крымских татар корпус русских ратников и проживавших в пределах Московского царства украинских (главным образом путивльских) казаков. Их задачей был захват опорных пунктов Северного Приазовья между нижними течениями Дона и Днепра для подготовки дальнейшего широкомасштабного наступления на крымского хана.

Вступив в контакт с командовавшим московскими силами дьяком Ржевским, Д. Вишневецкий в 1556 г. со своими каневско-черкасскими казаками двинулся вниз по Днепру и, заняв район порогов, развернул боевые действия против татар и турок в Нижнем Поднепровье. Крымский хан и турецкие военачальники не ожидали появления христианского военного лагеря у своих владений. Казакам удалось удержаться на острове в черте современного города Запорожье, известном под названием Малой Хортицы или острова Байды.

Укрепившись на Малой Хортице, у важнейшей переправы через Днепр, Д. Вишневецкий предпринимает смелые боевые рейды против татарских и турецких крепостей в низовьях Днепра и Южного Буга — Ислам-Кермена и Очакова, опустошая их окрестности и блокируя гарнизоны. О своих успехах в борьбе с татарами и турками он не замедлил известить короля Сигизмунда-Августа. Однако тот в вежливом, но уклончивом ответе на просьбу поддержать созданную Сечь («замок») людьми и боевыми средствами, фактически отказался помочь Байде.

Тогда Дмитрий, уже в качестве казачьего атамана и без согласования с польско-литовскими властями, продолжал укрепляться на каменном острове за порогами. Он заключил соглашение с донскими казаками и царем Иваном Грозным. Их общей целью стала организация совместного похода против Крымского ханства и турецких крепостей Северного Причерноморья в следующем году. Эти договоренности не составляли тайны для польского двора и отношения с королем были испорчены окончательно.

Чтобы сорвать планы союзников, ранней весной 1557 г. крымский хан Девлет-Гирей двинулся со всем своим войском на Дмитрия и почти месяц держал его Сечь в осаде, однако взять ее так и не смог. В мае Вишневецкий писал об этом Ивану Грозному, а в сентябре того же года, не получив обещанной помощи из Москвы, даже предлагал перейти со своими казаками на службу к царю. Более того, в октябре того же года князь-атаман отплыл в низовья Днепра и взял турецкую крепость Ислам-Кермен. Захваченные там пушки он отвез в основанную им Сечь на Малой Хортице и созданное им укрепление получило свою артиллерию.

Однако помощь из Москвы, как и ранее из Варшавы, все не приходила. Замыслы Ивана Грозного резко изменились. Вместо того, чтобы продолжать наступление на юг (в чем его мог поддержать весь христианский мир), он развернул свои силы против прибалтийского Ливонского ордена и вскоре ввязался в многолетнюю и губительную для Московского царства Ливонскую войну.

Прекрасно задуманный план, состоявший в том, чтобы двумя армиями с Днепра и Дона одновременно ударить по Крыму, был сорван. Вишневецкий остался один на один с Крымским ханством и стоявшей за ним Османской империей. Осенью 1558 г. Девлет-Гирей с турецкими пушками и янычарами, а также войсками молдавского князя (тоже зависимого от султана), вновь появился у порогов.

После упорного сопротивления, оставшиеся без провианта и боеприпасов казаки, не надеясь на чью-либо помощь, были вынуждены на ладьях («чайках») оставить остров и отступить вверх по Днепру к владениям Ивана Грозного. В то же время воевавший Сигизмунд-Август заключил против московского царя союз с крымским ханом, пообещав удерживать украинских казаков от нападений на его владения. Таким образом, Д. Вишневецкий, формально не выходя из подданства польско-литовской короны, фактически оказался на стороне ее врага — московского царя, поскольку вместе с ним воевал с союзником Сигизмунда-Августа — крымским ханом.

По приглашению Ивана Грозного и получив от него в качестве пожалования город Белёв с прилегающей волостью, Дмитрий в конце 1558 г. перешел на территорию Московского государства. Пользуясь тем, что российские войска были заняты в Прибалтике, крымская орда неожиданно для Ивана Грозного стремительно двинулась на Москву. Над столицей нависла угроза разорения. Однако казаки Вишневецкого к этому времени уже достигли Тулы. Благодаря мужеству ее защитников, в том числе отряда украинских казаков, хану не удалось овладеть городом и в конце 1558 г. он отошел в Крым.

Военные действия на зимний период были прекращены, однако мир не наступил и Д. Вишневецкий готовился к новому походу. В декабре 1558 г. в Москву прибыло посольство от черкесских племен Северного Кавказа с просьбой поддержать их в борьбе с Крымом. Иван Грозный, надеясь предотвратить возможное повторение нашествия татарской конницы вглубь своих территорий, согласился послать горцам помощь и назначил командующим сформированного для этой операции пятитысячного казацко-стрелецкого корпуса князя Вишневецкого. Весной 1559 г. Дмитрий на высокой воде прошел Днепровские пороги, восстановил свою Сечь у Хортицы и, оставив там небольшой отряд, соединился с донскими казаками.