Живая, творческая атмосфера кружка православных просветителей, обстановка в семье и обучение в Острожской коллегии определили духовный статус Максима Смотрицкого. Однако, как и для его отца, учителей, старших друзей, верных православию, тяжелым ударом для него стало принятие унии. Особенно удручали начавшиеся после этого захваты униатами при помощи польских солдат храмов и монастырей, погромы, чинимые в православных братских школах. Однако М. Смотрицкий прекрасно понимал, что избранная такими столпами православной ортодоксии как, скажем, И. Вишенский, позиция категорического неприятия всех шедших с Запада культурных и богословских веяний не может быть продуктивной. Закрыться от воздействия католического мира не представлялось возможным. Защищать православие и свою культурную традицию можно было, только освоив различные пласты западной культуры (в том числе и теологический). Поэтому выпускник Острожской коллегии для более глубокого ознакомления с основами католицизма в 1601 году поступает в Иезуитский коллегиум в Вильно. Полученная там подготовка была достаточной для продолжения всестороннего образования в авторитетнейших университетах Европы.

После недолгого пребывания в Бреслау (Вроцлаве), он в течение ряда лет слушает курсы лучших немецких профессоров в Лейпциге, Нюрнберге и Виттенберге (в котором столетием ранее Лютер зажег пламя Реформации). М. Смотрицкого интересует буквально все — от анатомии и астрономии до поэтики и богословия. К тридцати годам он становится энциклопедически образованным человеком. Получив фундаментальное гуманитарное образование, он добивается присуждения ему степени доктора медицины. В те же годы, глубоко проникшись поэтической культурой итальянского гуманизма, М. Смотрицкий переводит на польский язык стихи Петрарки.

Около 1608 года он возвращается в Вильно и становится одним из ведущих деятелей православного братства этого города. В том же году он издает остро полемический трактат «Антиграфы», в котором защищает основы восточной веры от нападок со стороны католиков и униатов. Искреннюю боль от унижений, которой подвергалась в те годы в Речи Посполитой православная церковь, выражает его поэтический «Тренос, или Плач» (1610). Со справедливыми укорами М. Смотрицкий обращается к перешедшим в униатство представителям духовенства и знатных домов. Особенно красноречиво он осуждает подписавшую Брестскую унию высшую церковную иерархию.

Решив полностью посвятить свою жизнь служению православной вере и духовному просвещению народа, М. Смотрицкий в 1616 году принимает монашество под именем Мелетия. В том же году, на уровне лучших западноевропейских образцов, он публикует в Вильно свою фундаментальную славянскую «Грамматику». Во многочисленных редакциях и переработках она почти на полтора столетия становится базовым учебником в школах Украины, Белоруссии и России (в частности, переиздается в Москве в 1648, 1721 и 1723 годах), а также Румынии, Болгарии и Сербии (где была в последний раз напечатана в 1755 году). Именно эта книга послужила основой «Грамматики русской» М. Ломоносова, изданной в 1755 году, и всех последующих восточнославянских грамматик.

В начале XVII века деятельность православных братств в Литве и Белоруссии, как и на западно-украинских землях, становилась все более затруднительной. Центром православной образованности оставался Киев с его Печерской лаврой и влиятельным братством. Польские власти, католики и униаты чувствовали себя здесь не столь прочно, тогда как решительную поддержку православным кругам оказывало запорожское казачество во главе с гетманом П. Сагайдачным.

С 1616 года в Киеве на Подоле начала работу братская школа, создателем и первым ректором которой стал Иов Борецкий. Этот выдающийся просветитель и церковный деятель пытался объединить лучшие православные силы и, среди прочих, пригласил преподавать в братской школе Мелетия Смотрицкого. После того, как И. Борецкий, развернувший активную работу по восстановлению Киевской православной митрополии, в 1618 году стал настоятелем киевского Михайловского Златоверхого монастыря, М. Смотрицкий принял руководство основанной им школой.

В 1620 году старания православного духовенства увенчались успехом. Киевская митрополия восстала из пепла. Возглавил ее И. Борецкий, а его друг и сподвижник иеромонах Мелетий был послан на епископскую кафедру в Полоцк. Там он публикует на польском языке несколько трактатов полемического характера, пытаясь найти путь к разумному компромиссу между христианами всех конфессий.

Преимущества западной образованности для Мелетия были очевидны, однако он считал, что это не дает папе римскому права духовной власти над православными. Не принимал Мелетий и католических догматов (нисхождения Святого Духа одновременно от Бога-Отца и Бога-Сына, первенства папства в христианской церкви, а тем более — светской власти римского первосвященника).

Восстановление православной иерархии на украинско-белорусских землях встретило ожесточенное сопротивление со стороны католиков и униатов. Польский король не решился предпринять против нее репрессивные меры, поскольку ему нужна была помощь украинского казачества в борьбе с Турцией. Однако во многих городах, особенно в Западной Украине и Белоруссии, где позиции униатов были прочнее, чем в Приднепровье, постоянно происходили антиправославные акции.

Конфессиональное противостояние с каждым годом усугублялось и в Полоцке, где постоянные козни против православия чинил униатский епископ города Иосафат Кунцевич. Но в 1623 году он был убит восставшиг ми прихожанами в Витебске.

Убийство Иосафата Кунцевича, соперника и непримиримого врага Мелетия, произвело на украинского ревнителя православия большое и тяжелое впечатление. Как чуткий и совестливый христианин он возлагал моральную ответственность за совершенное преступление и на себя, поскольку не сумел предотвратить кровавую развязку борьбы. В молитвенном смирении он оставляет епископскую кафедру Полоцка и отправляется в трехлетнее паломничество к святым местам и обителям Греции, Сирии и Палестины.

Но каково же было его разочарование от увиденного и услышанного там! Вместо высокой духовности и византийской учености Мелетий Смотрицкий столкнулся с массовым невежеством и упрямым догматизмом, закрытостью, подозрительностью ко всему новому и нетрадиционному. По сравнению с новаторством и динамизмом хорошо знакомого ему Запада, Восток производил впечатление ортодоксальной застойности.

Уровень греческого богословия, как и образованности в целом, оказался по сравнению с западной духовной культурой чрезвычайно низким. Под пеплом византийского православия тепло жизни более не ощущалось. Учиться у греков было нечему, и Мелетий решил для себя, что защищать родное и милое его сердцу православие в его теперешнем состоянии более нет смысла. Оно, как ему казалось, не может противопоставить католицизму (со всем богатством западноевропейской постренессансно-барокковой культуры) ничего действенно живого.

В душе и жизни Мелетия произошел тяжелый перелом. Вернувшись в Киев из путешествия на восток, он в 1627 году тайно, чтобы не спровоцировать разрыва отношений со своими старыми друзьями, переходит в униатство. Однако через год это становится общеизвестным и он, оказавшись чужим среди своих, переезжает на Волынь. Там Мелетий становится настоятелем униатского Дерманского монастыря, входя в роль своего среди чужих.

В последние годы жизни М. Смотрицкий публикует ряд пространных произведений, в которых отрекается от своих прежних антиуниатских выступлений и обосновывает выбор в пользу униатства плачевным состоянием мирового, в особенности греческого, православия, а также необходимостью единения всех христиан. Эти его труды, в частности, написанные в защиту униатства «Протест», «Апология» (1628) и «Параинезис» (1629) были решительно осуждены православными кругами Киева, где рядом с уже достигшим преклонного возраста Иовом Борецким видную роль начинал играть унаследовавший митрополичью кафедру Петр Могила.

Горечь от разочарования и разрыва с прежними друзьями и единомышленниками ускорила кончину М. Смотрицкого. Он умер в 17(27) декабря 1633 года.