Софья (в Риме её называли Зоей) Палеолог была дочерью морейского деспота Фомы Палеолога и приходилась племянницей императорам Константину XI и Иоанну VIII. Деспина Зоя провела детство в Морее и на острове Корфу. В Рим она приехала вместе с братьями Андреем и Мануилом после смерти отца в мае 1465 года. Палеологи поступили под покровительство кардинала Виссариона, который сохранил симпатии к грекам. Константинопольский патриарх и кардинал Виссарион пытался возобновить унию с Русью с помощью бракосочетания.
Прибывший в Москву из Италии 11 февраля 1469 года Юрий Грек привёз Ивану III некий «лист». В этом послании, автором которого, по-видимому, был сам папа Павел II, а соавтором — кардинал Виссарион, великому князю сообщалось о пребывании в Риме преданной православию знатной невесты — Софьи Палеолог. Папа обещал Ивану свою поддержку в случае, если тот захочет посвататься к ней.
В Москве не любили торопиться в важных делах и над новыми вестями из Рима размышляли месяца четыре. Наконец, все размышления, сомнения и приготовления остались позади. 16 января 1472 года московские послы отправились в далёкий путь.
В Риме москвичи были с честью приняты новым папой Сикстом IV. В подарок от Ивана III послы преподнесли понтифику шестьдесят отборных соболиных шкурок. Отныне дело быстро пошло к завершению. Через неделю Сикст IV в соборе святого Петра совершает торжественную церемонию заочного обручения Софьи с московским государем.
В конце июня 1472 года невеста в сопровождении московских послов, папского легата и многочисленной свиты отправилась в Москву. На прощанье папа дал ей продолжительную аудиенцию и своё благословение. Он распорядился повсюду устраивать Софье и её свите пышные многолюдные встречи.
Софья Палеолог прибыла в Москву 12 ноября 1472 года, и тут же состоялось её венчание с Иваном III. В чём причина спешки? Оказывается, на следующий день праздновалась память святого Иоанна Златоуста — небесного покровителя московского государя. Отныне и семейное счастье князя Ивана отдавалось под покровительство великого святителя.
Софья стала полноправной великой княгиней Московской.
Сам факт, что Софья согласилась поехать искать счастья из Рима в далёкую Москву, говорит о том, что она была смелая, энергичная и склонная к авантюрам женщина. В Москве её ожидали не только почести, оказываемые великой княгине, но также враждебность местного духовенства и наследника престола. На каждом шагу ей приходилось отстаивать свои права.
Иван, при всей своей любви к роскоши, был бережлив до скупости. Он экономил буквально на всём. Выросшая в совершенно другой обстановке, Софья Палеолог, напротив, стремилась блистать и проявлять щедрость. Этого требовало её честолюбие византийской принцессы, племянницы последнего императора. К тому же щедрость позволяла приобрести друзей среди московской знати.
Но лучшим способом утвердить себя было, конечно, деторождение. Великий князь хотел иметь сыновей. Желала этого и сама Софья. Однако, на радость недоброжелателям, она родила подряд трёх дочерей — Елену (1474), Феодосию (1475) и опять Елену (1476). Софья молила Бога и всех святых о даровании сына.
Наконец её прошение было исполнено. В ночь с 25 на 26 марта 1479 года на свет появился мальчик, наречённый в честь деда Василием. (Для матери он всегда оставался Гавриилом — в честь архангела Гавриила.) Счастливые родители связали рождение сына с прошлогодним богомольем и усердной молитвой у гроба преподобного Сергия Радонежского в Троицком монастыре. Софья рассказывала, что при подходе к монастырю ей явился сам великий старец, держащий на руках мальчика.
Вслед за Василием у неё родились ещё два сына (Юрий и Дмитрий), затем две дочери (Елена и Феодосия), потом ещё три сына (Семён, Андрей и Борис) и последней, в 1492 году, — дочь Евдокия.
Но теперь неизбежно возникал вопрос о будущей участи Василия и его братьев. Наследником престола оставался сын Ивана III и Марии Борисовны Иван Молодой, у которого 10 октября 1483 года в браке с Еленой Волошанкой родился сын Дмитрий. В случае кончины Державного он не замедлил бы тем или иным способом избавиться от Софьи и её семейства. Лучшее, на что они могли надеяться, — ссылка или изгнание. При мысли об этом гречанку охватывали ярость и бессильное отчаяние.
Зимой 1490 года в Москву приехал из Рима родной брат Софьи, Андрей Палеолог. Вместе с ним вернулись московские послы, ездившие в Италию. Они привезли в Кремль множество всякого рода умельцев. Один из них, приезжий лекарь Леон, вызвался исцелить князя Ивана Молодого от болезни ног. Но когда он ставил княжичу банки и давал свои микстуры (от которых тот едва ли мог умереть), некий злоумышленник добавил в эти микстуры отраву. 7 марта 1490 года 32-летний Иван Молодой скончался.
Вся эта история породила множество слухов в Москве и по всей Руси. Общеизвестны были неприязненные отношения между Иваном Молодым и Софьей Палеолог. Гречанка не пользовалась любовью москвичей. Вполне понятно, что молва приписала ей и убийство Ивана Молодого. В «Истории о великом князе Московском» князь Курбский прямо обвинял Ивана III в отравлении собственного сына Ивана Молодого. Да, такой поворот событий открывал путь к престолу детям Софьи. Сам Державный попал в крайне сложное положение. Вероятно, в этой интриге Иван III, приказавший сыну воспользоваться услугами тщеславного лекаря, оказался лишь слепым орудием в руках хитроумной гречанки.
После гибели Ивана Молодого обострился вопрос о наследнике престола. Было два кандидата: сын Ивана Молодого — Дмитрий и старший сын Ивана III и Софьи Палеолог — Василий. Притязания Дмитрия-внука подкреплялись тем, что его отец был официально провозглашённым великим князем — соправителем Ивана III и наследником престола.
Державный оказался перед мучительным выбором: отправить в темницу либо жену и сына, либо сноху и внука… Убийство соперника во все времена было обычной ценой верховной власти.
Осенью 1497 года Иван III склонился на сторону Дмитрия. Он распорядился подготовить для внука торжественное «венчание на царство». Узнав об этом, сторонники Софьи и княжича Василия составили заговор, который предусматривал убийство Дмитрия, а также бегство Василия на Белоозеро (откуда перед ним открывалась дорога в Новгород), захват хранившейся в Вологде и на Белоозере великокняжеской казны. Однако уже в декабре Иван арестовал всех заговорщиков, в том числе и Василия.
В ходе расследования выяснилась причастность к заговору Софьи Палеолог. Не исключено, что именно она была организатором предприятия. Софья добыла яд и ждала подходящего случая, чтобы отравить Дмитрия.
В воскресенье 4 февраля 1498 года 14-летний Дмитрий был торжественно объявлен наследником престола в Успенском соборе московского Кремля. Софья Палеолог и её сын Василий на этой коронации отсутствовали. Казалось, их дело окончательно проиграно. Придворные бросились угождать Елене Стефановне и её коронованному сыну. Однако вскоре толпа льстецов отступила в недоумении. Державный так и не дал Дмитрию реальной власти, предоставив ему в управление лишь некоторые северные уезды.
Иван III продолжал мучительно искать выхода из династического тупика. Теперь ему первоначальный замысел не казался удачным. Державному стало жалко своих юных сыновей Василия, Юрия, Дмитрия Жилку, Семёна, Андрея… Да и с княгиней Софьей он прожил вместе четверть века… Иван III понимал, что рано или поздно сыновья Софьи поднимут мятеж. Предотвратить выступление можно было только двумя способами: либо уничтожить вторую семью, либо завещать престол Василию и уничтожить семью Ивана Молодого.
Державный на этот раз избрал второй путь. 21 марта 1499 года он «пожаловал… сына своего князя Василь Ивановичя, нарекл его государем великим князем, дал ему Великыи Новъгород и Пьсков в великое княженье». В итоге на Руси появились сразу три великих князя: отец, сын и внук!
В четверг 13 февраля 1500 года в Москве сыграли пышную свадьбу. Иван III выдал свою 14-летнюю дочь Феодосию замуж за князя Василия Даниловича Холмского — сына знаменитого полководца и предводителя тверского «землячества» в Москве. Этот брак способствовал сближению между детьми Софьи Палеолог и верхушкой московской знати. К сожалению, ровно через год Феодосия умерла.