Александр процарствовал со своей женой Береникой III 12 лет. По воле судьбы она была дочерью враждовавшего с ним брата, Птолемея Сотера, и эта супружеская коллизия напоминала брак ее бабушки Клеопатры III с Птолемеем VIII. В течение этого нового правления внутренняя ситуация в Египте заметно ухудшилась. Обычным явлением стали волнения в Верхнем Египте. Впрочем, все более частое вывешивание у храмов указов египетского царя об убежищах свидетельствовало о том, что либо право на убежище более не чтилось, либо эти указы были лишь поводом для нарушений, приводивших к нищете и отсутствию ощущения безопасности. В то время Египет окончательно теряет свой контроль над Киренаикой, сначала сдавшейся Птолемею Апиону (внебрачному сыну Птолемея VIII), а затем завещанной Риму в 96 году. С 89 по 88 год гарнизон Александрии поднялся против царя и призвал брата Александра, правившего на Кипре. Александр вынужден был бежать, но был убит в морском бою. Сотер II утвердился в столице, однако ему пришлось усмирять вновь восставший Верхний Египет.

Покидая Александрию, Птолемей Александр оставил бомбу замедленного действия, а именно: завещание, в котором он называл Римский Народ своим наследником — действие тщетно предпринятое, дабы хоть как-то помешать возвращению Сотера на трон. Отныне самые различные политические группы, которые могли оспорить власть в пользу Рима, располагали юридическим документом, провозглашавшим присоединение Египта к Республике. Сотер II пережил своего брата всего лишь на восемь лет. Он был последним из династии Лагидов, обладавший независимой от Рима властью. Римская Республика, раздираемая внутренними гражданскими войнами и вовлеченная в непрекращающийся конфликт против понтийского царя Митридата, не занималась больше египетскими проблемами.

Со смертью Сотера его дочь Береника III, к тому времени уже вдова Александра, оказалась единственной наследницей. Так как у нее не было ни мужа, ни сына, с которыми она могла бы править, после нескольких месяцев колебаний египетская царица решилась выйти замуж за внебрачного сына покойного царя, также именовавшегося Александром, жившего в то время на территории современной Италии.

Новый царь — протеже Суллы, с недавнего времени неоспоримого хозяина Рима, смог навязать свою волю египетскому двору. Вскоре после свадьбы Птолемей XI-Александр II, слишком поспешивший взвалить на себя одного бремя царской власти, организовал убийство своей новоиспеченной супруги и одновременно мачехи. Он поступил крайне опрометчиво. Береника, как и большинство цариц этой династии, была очень популярна среди народа Александрии. Вспыхнул один из тех жесточайших мятежей, которые периодически будоражили столицу: разбушевавшаяся толпа ворвалась во дворец и повесила молодого убийцу, удержавшегося на троне всего лишь восемнадцать дней.

После таких перипетий Египет находился на грани истощения. К счастью, в Риме не было личности, готовой воплотить в жизнь завещание Птолемея X. Двор Александрии мог принять последних внебрачных детей Сотера II — двух Птолемеев и Клеопатру. Следуя традиции, они заставили старшего Птолемея жениться на своей сестре и посадили чету на египетский трон. Чтобы избежать любых братоубийственных распрей, младшего сделали царем Кипра. Так началось жалкое правление Птолемея XII и Клеопатры VI, пышно названное «правлением Богов Филопатора и Филадельфии». Однако новый Птолемей отказался от набожности в пользу искусств, назвав себя «Новым богом Дионисом». В историю он вошел под именем «Флейтист» (Авлет). Этот коронованный поклонник искусства низвел свою династию до того, что она стала простой игрушкой в руках лидеров различных партий Рима. Нужно сказать, что такая ситуация его мало устраивала: обязанный своим царственным положением неконтролируемым капризам александрийской толпы, вместе с тем он находился под постоянной угрозой римского вторжения в случае неполучения им формального признания со стороны великой защитницы всех государств и городов Востока. Птолемей старался изо всех сил достичь звания «союзника и друга» Римского Народа, без которого легитимность его власти не была бы одобрена Римом. Он развращал политическую верхушку Рима, снабжая ее дорогостоящими «подарками», которые поглощали большую часть его собственного дохода.

Такая ситуация сохранялась до прибытия Помпея на восток в 64 году. К этому времени Митридат был окончательно разбит, и амбициозный Помпей решил перестроить на свой лад политическую географию всего региона. С превращением Сирии в одну из провинций Рима он уничтожил ту малую часть, что осталась от государства Селевкидов. Решив внутренние проблемы еврейского царства, а также урегулировав отношения с арабским государством Набатеев, ему ничего другого не оставалось, как заняться делами Египта.

Авлет поспешил направить к нему посла, однако Помпей предпочел вернуться в Малую Азию, так как Митридат только что покончил с собой. В то время единственным и лучшим союзником Лагидов была осторожность. В Римской республике в любой момент мог найтись человек, способный возглавить процесс объединения.

Однако все попытки воплотить в жизнь это присоединение были расстроены противниками данного проекта. Птолемей добился своими щедрыми дарами поддержки триумвирата, в состав которого входили Цезарь, Помпей и Красс. В 59 году Птолемей был официально признан римским сенатом. Однако в сложной политической игре, разворачивавшейся в то время в Риме, это признание требовало определенной оплаты — и этой ценой был Кипр. В 58 году правителем на остров был назначен от имени Республики Катон Утический, прежде выступавший против этого проекта. Брат Авлета, лишенный римской властью своих владений, покончил с собой.

При этом известии Александрию снова охватила смута. Авлет, уже ненавидимый из-за расточения богатств страны, обвинялся еще и в разорении острова, чья судьба с давних пор была связана с династией Лагидов. Не в состоянии противостоять и боясь повторить судьбу своего эфемерного предшественника, Авлет, оставив семью, покинул столицу, прихватив с собой ее сокровища, и уплыл на Родос. Приведенные в замешательство этим внезапным отплытием предводители александрийского вооруженного восстания решили отдать трон одновременно Клеопатре Трифане, которую Авлет отстранил от власти, и старшей дочери царя Беренике IV. Речь шла о срочных мерах, предпринятых, чтобы утвердить продолжение власти в стране, которую денежные потребности царя и незаконные поборы чиновников и сборщиков налогов привели к полной нищете и непрекращающимся смутам. Папирус из Гераклеополя, современник этих событий, рассказывает нам о жестокой реакции против одного из таких вымогателей: «На следующий день появилась еще более многочисленная толпа и настойчиво требовала помощи цариц (Клеопатры VI и Береники IV) и армии. Стратег встретил этих людей и вновь услышал о многочисленных преступлениях, совершенных перед лицом каждого из людей Гермаискоса. Жалующиеся утверждали, что они откажутся брать на себя какую-либо работу, если стратег не доложит царицам и министру финансов, что люди Гермаискоса исключены из нома». ^{14}

Клеопатра VI Трифана умерла вскоре после своего прихода к власти, оставив Беренику IV единственной царицей. Ее советники безуспешно искали ей мужа, достойного взять на себя управление страной. Среди различных намеченных претендентов один авантюрист, выдававший себя за Селевкида, чуть было не преуспел, но был разоблачен и убит вскоре после свадьбы. В конечном счете остановили свой выбор на некоем Архелае, сыне выдающегося полководца царя Понта Митридата, надеясь, что он наследовал военные способности своего отца, которые были так необходимы в сложившейся внутриполитической ситуации. Птолемей был очень грубо принят на Родосе: Катон, в это время готовившийся завоевать Кипр, посоветовал ему вернуться обратно. Наследник династии Лагидов уехал в Рим, где был очень хорошо принят Помпеем. Птолемей попытался с помощью взяток добиться военной поддержки сената для своего возвращения в Александрию, но политическая ситуация в Риме была такова, что сенат не мог прийти к согласию ни в одном вопросе. Двор Александрии, полагая, что власть царя сама собой затухала, послал в Италию сильное посольство, насчитывающее примерно сто человек, для того чтобы защищать свою точку зрения. Царь использовал свои богатства, чтобы устранить большинство послов, во главе делегации которых стоял философ Дион, прежде, чем они будут выслушаны сенатом. Это преступление не помогло ему: книги Сивилл, или, скорее, их тенденциозная интерпретация, открыли Птолемею, что даже боги противятся утверждению египетского царя при помощи римской армии.