Австрийский император на все справедливые упреки Петра обещал лишь поддержать Россию на переговорах с Турцией и ничего не совершать без согласия царя. Следующая задача Петра — переговоры с Венецией. Однако тревожная весть, хотя и с месячным опозданием, об очередном волнении стрельцов заставила Петра выехать из Вены 19 июля 1698 г . и вернуться в Москву (хотя о подавлении волнений он узнал еще в пути).

Перед длительной поездкой за рубеж Петр принял все меры, дабы гарантировать стольному граду вообще и Кремлю в частности полную безопасность. Уезжая, Петр, например, дал срочные назначения на службу в далекую провинцию всем родичам своей уже опостылевшей жены Евдокии Лопухиной, на которой его женили в 17 лет, но отношения с которой дошли до полной отчужденности. Тем более Петр был предусмотрителен, когда речь шла о стрельцах. После взятия Азова ни одно формирование московских стрельцов в столицу не вернулось. Когда «Великое посольство» отъехало за рубеж, стрельцов в Москве вообще не было! Четыре полка из-под Азова были отправлены в Великие Луки, а потом в Торопец. Оторванные на месяцы и годы от семей, от домов, от промыслов, стрельцы роптали. Около полутора сотен их бежало в конце концов в Москву. Разумеется, снова возникла интрига вокруг Софьи, к ней как будто подключилась и другая сестра — Марфа. В итоге стрельцов из Москвы выгнали. Но в Торопце, когда начался сыск беглых стрельцов, возник бунт. Теперь уже все торопецкие полки направились в Москву. Под Воскресенским монастырем боярин А.С. Шеин с войском разбил стрельцов, многих поймали и казнили.

Однако по возвращении гневного царя из-за рубежа начался грандиозный сыск стрельцов четырех бунтовавших полков. Это было начало кровавого террора. В сентябре в Москву свезли в общей сложности более 1700 стрельцов. С 17 сентября начались массовые казни. 30 сентября казнили 201 человека, за октябрь было казнено около 1 тыс. человек. Возле стен Новодевичьего монастыря, у окон кельи царевны Софьи было повешено 195 стрельцов. Несколько месяцев в Москве не прикасались к останкам зарубленных топорами и повешенных людей. В казнях участвовал сам Петр и некоторые его сподвижники. Софья была пострижена под именем Сусанны и оставлена в монастыре. Сестру Марфу постригли и отправили в Александровскую слободу. Наконец, еще в сентябре, в канун массовых казней, Петр насильно постриг в монахини свою опостылевшую супругу, преодолев при этом сопротивление церковных иерархов (ведь у Петра от Евдокии был маленький сын Алексей). В следующем 1699 г . в Москву привезли и казнили еще около семи сотен несчастных стрельцов. Отныне стрельцам и их женам запрещено было жить в Москве, а стрельцам даже поступать в солдаты.

Говоря о первых преобразованиях Петра I, необходимо помнить, что их корни находились в уходящем XVII веке. Уже тогда были введены полки нового строя (солдатские, рейтарские, драгунские), основаны первые крупные железоделательные производства. В том же XVII в. обозначились и сдвиги в области быта и культуры: при Федоре, в 1681 г ., было приказано являться при дворе в коротких кафтанах, а не в традиционных охабнях и однорядках, появились немецкое платье, первые бритобородые щеголи; основана Славяно-греко-латинская академия и т.д.

Преобразования Петра I начались со строительства азовского флота с помощью натуральной государственной повинности и чрезвычайных поборов — способах, типичных для деспотического крепостнического государства. Организация постройки возлагалась на сформированные усилиями самих дворян, духовных чинов и горожан (по указу царя!) специальные «кумпанства». Всего их было создано более 30.

Строительство велось на Дону, в воронежских лесах. Лес заготовляли в соседних с Воронежем уездах. Срок работ по указу царя был чудовищно малым — 2 года. Столь стремительные темпы работ обеспечивались огромной массой насильно согнанных работных людей. Из-за рубежа были наняты за огромные деньги специалисты, но далеко не все из них оказались подлинными мастерами. В работе активно участвовал и сам царь: и как «проектировщик», и как простой плотник, и как «менеджер».

Одновременно со строительством, и даже чуть раньше, Петр I обеспокоился о кадрах морских офицеров: для их подготовки было отправлено учиться за рубеж пятьдесят комнатных стольников и спальников.

В итоге, если не весь задуманный флот, то целая эскадра была все-таки построена в срок. В марте 1699 г . уже готовились к предполагаемому Керченскому походу, ибо Петр I считал, что, не владея Керчью, флоту нельзя было войти в Черное море.

Эскадра уже в конце апреля вышла из Воронежа и через месяц была у Азова. Летом же, 18 августа 1699 г . 22 российских корабля при громе пушечного салюта бросили якорь близ Керчи. В истории Россииэто было великое событие, удивившее и озадачившее, в частности, и османского султана и крымского хана.

Преобразования затронули также и армию. В ноябре 1699 г . появились указы о комплектовании профессиональной армии путем насильственного набора «даточных людей» (будущих рекрутов). Почти одновременно началось формирование полков из наемных вольных людей. Платили им в год до 11 руб., т.е. почти вдвое больше, чем стрельцам. В феврале 1700 г . было обнародовано устное разрешение царя отпускать на волю холопов и крестьян, с тем чтобы они шли на службу в солдаты.

В итоге первых шагов по созданию новой армии было сформировано 29 пехотных и два драгунских полка. Наряду с бывшими потешными полками (Преображенским, Семеновским, Лефортовым полками) они составили костяк новой армии.

Одновременно в новые земли Приазовья и в Азов отправляли всякого рода несостоятельных должников, а также осужденных разбойников и грабителей (кроме убийц) на поселение и заведение хозяйства в тех краях. Введены были в Азове и каторжные работы для строительства необходимых сооружений.

В области государственного управления важнейшей и первоочередной мерой стала реформа суда и налогообложения городского населения. Это была попытка введения своеобразного городского самоуправления. Прекрасно понимая крепостническую суть статуса посадского человека (и купца, и ремесленника), которого нещадно давила законными и незаконными поборами архаичная машина государственного управления, Петр I решил изъять города из-под воеводского и приказного управления в собственное, царское, подчинение, рассчитывая при этом получить от налогов в бюджет больше денег, чем раньше. И это была главная задача. 30 января 1699 г . Петр издал указ о самоуправлении городов и выборах бурмистров. Избранники образовывали собой бурмистерские палаты или ратуши, отныне ведавшие сбором доходов и управлением в городах. Главная Бурмистерская палата (Ратуша) в Москве ведала всеми выборными людьми в городах России, а ее члены с докладом прежде всего о денежных поступлениях входили прямо к государю.

Сначала система бурмистерских палат вводилась на местах на добровольных началах и с условием уплаты двойных налогов. В конечном счете жизнь заставила и добровольность самоуправления, и двойные поборы отменить. Только тогда реформа городского управления получила реальное воплощение.

В первые годы царствования Петра I громоздкая и рыхлая приказная система государственного управления структурно почти не изменялась; первые преобразования лишь намечали контуры будущих отраслей государственного управления. Например, Иноземный и Рейтарский приказы слились в новый Приказ Военных дел, вместо Стрелецкого возник Приказ Земских дел и т.д. Наряду с новыми приказами (Морской, Артиллерии, Провиантский и др.) возникали некоторые канцелярии (Главная Ближняя Канцелярия, мундирная, банная и т.п.). Плавному изменению подверглось и ключевое звено государственного управления — Боярская дума. Из сосредоточения родовитости и знатности это учреждение превращалось в собрание деятелей разного происхождения: все больше появлялось выходцев из рядового дворянства и приказных людей. Первым лицом в Думе стал простой стольник — князь Ф.Ю. Ромодановский. В думные бояре теперь почти не возводили, а в силу возраста прежние думные бояре становились меньшинством. Да и практическая деятельность Думы шла на убыль.